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文章/答案/技术大牛

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育种数据分析之放飞自我

生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS

专栏作者

351

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567347

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80

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半分钟搞定Centos安装R4.3

入门系统源码 centos 数据分析

大家好，我是邓飞，数据分析离不开Linux系统，所以，如何在Linux系统中安装R语言，可以有效的避免入门数据分析，劝退力量很大。如果还有没有劝退，那就在Linux系统中安装R语言包……

2024-04-10

1240

配合力为负值咋整啊？？？

博客模型设计数据数据分析

大家好，我是邓飞，作为育种数据分析的段子手，数据分析水平不敢保证，但是段子确实香。经常有小伙伴抛出各种育种数据分析相关的问题，当问题比较多了，我觉得应该写一篇博客了，毕竟，别人问你一个问题，再没有抛过去一篇博客，什么话都不说更爽的了，暗爽。

2024-03-25

610

plink文件使用Haploview进行单倍型分析

数据分析 file 教程解决方案数据

大家好，我是邓飞，之前写了Haploview进行单倍型分析的教程（Haploview做单倍型教程一文打尽），有示例数据和操作流程，但是有些朋友用自己的数据分析时，会有各种问题，最近星球上有小伙伴发了一个帖子，叙述了自己的问题，各种尝试，还是错误，淡淡的忧伤和砸电脑的冲动……

2023-12-20

3010

计算配合力（附代码和数据）以及常见问题解答

数据分析公众号模型设计数据

可以认为，玉米侧交试验，是一个NCII的试验，在玉米实际的育种中，由于其测用结合的特性，应用广泛。

2023-11-23

4050

批量对显著性SNP进行注释：bedtools

数据分析 fwrite txt 编码博客

虽然，饭要一口一口的吃，注释要一个一个的进行，否则走的太快……。然鹅，不批量彰显不出数据分析师的骄傲。

2023-11-13

2160

plink2.0和plink1.9的忧伤笔记

虽然plink2.0已经存在好久了，但是一直用的都是plink1.9，因为语法熟悉。更主要是plink2.0语法变动太大，害怕步子迈得太大了……

2022-12-13

1.6K0

GAPIT使用plink数据进行GWAS分析

大家好，我是邓飞。hmp格式是一种基因型格式，但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据，今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。

2022-12-13

1.1K0

主成分分析PCA并给出解释百分比

大家好，我是邓飞，有时候我们做PCA图，图很漂亮，我们解释一通，充满自信。但是，你知道这个图解释变异的百分比吗？如果解释度很低，那也意义不大。这我们就需要在PCA图中，将PC1和PC2的解释百分比附上面，比如PC1解释8%的变异，PC2解释4%的变异，那么这个PCA图可以解释12%的变异。

2022-12-13

1.3K0

如何使用plink进行二分类性状的GWAS分析并计算PRS得分

编程算法数据分析

这篇博客，用之前GWAS教程中的示例数据（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程），把数据分为Base数据和Target数据，通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析，然后通过PRSice-2软件，进行PRS分析。最终，选出最优SNP组合，并计算Target的PRS得分，主要结果如下：

2022-12-13

2.2K0

育种中PCA分析可视化

很多软件可以分析PCA，这里介绍一下使用plink软件和R语言，进行PCA分析，并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。

2022-12-13

4170

一文搞定GCTA软件的学习

数据分析编程算法

前面的几节中，我们介绍了GCTA计算G矩阵，和单性状遗传力的计算，它本质上就是GBLUP的估计，但是速度快很多。本节我们介绍，两性状遗传力和遗传相关的计算。

2022-12-13

8250

如何在箱线图添加显著性--代码分享

数据分析 r 语言

多个水平的箱线图，可以展示不同水平的分布、平均值、方差等信息，也可以把显著性甚至多重比较加上去，R语言包这方面越来越友好了，代码都封装好了，十分流畅！

2022-12-13

1.5K0

GWAS分析中协变量的区分（性别？PCA？不同品种？）

编程算法数据分析

plink进行GWAS分析时，协变量都要是数字协变量，因子协变量需要转化为dummy变量（哑变量）然后与数字协变量合并，通过--covar进行合并。

2022-12-13

1.4K0

多基因风险预测模型1--先立Flag

大家好，我是邓飞。我要系统学习掌握多基因风险评分（PRS）和孟德尔随机化（MR），并建立一个专栏，欢迎感兴趣的小伙伴一起交流学习。

2022-12-13

2470

植物碰撞动物的火花--数据分析进阶

数据分析硬件开发

本来，植物育种的数据分析都是随机区组、增广试验、空间分析之类的，当碰到动物育种的领域，系谱信息、个体动物模型就出来了，更别提多性状模型、基因组选择、基因与环境互作，这些都是进阶的内容。

2022-12-12

3750

我的农学转数据分析之花花草草

神经网络机器学习深度学习人工智能数据分析

数据分析界育种知识最好、育种界编程最扎实、段子讲得最好的数据分析师，所以：编程+数据分析+育种，就是我的日常工作了。

2022-12-12

4710

统计遗传学：第九章，GWAS+群体分析+亲缘关系分析

本篇，使用数据和代码演示的形式，展示了GWAS分析、群体结构分析、亲缘关系分析三部分内容。我又重演了一遍，修正了一些bug。文中代码和数据我回头专门整理相关博文进行分享。

2022-12-12

2K0

统计遗传学：第八章，基因型数据质控

数据处理数据分析

大家好，我是飞哥，本章节是理论+实操，干货满满，这里我将书中的数据用代码进行了实现，你可以下载相关的数据，用我整理好的代码进行操作，666！

2022-12-12

1.2K0

统计遗传学：第四章，GWAS分析

腾讯云测试服务数据分析数据库 sql

大家好，我是邓飞，今天继续介绍《统计遗传学》这本书，本次介绍第四章：GWAS分析，主要是综述介绍，具体的实操介绍要到八九十章节。

2022-07-27

1.3K0

统计遗传学：第三章，群体遗传

前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。

2022-07-27

6930

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