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张锋团队:一种新型可编辑的蛋白质递送系统
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和大家分享一篇张锋团队最近发表在Nature上的研究“Programmable protein delivery with a bacterial contractile injection system”,一种可编辑的蛋白质递送系统,有望将任何蛋白精准地递送到目标细胞,与CRISPR/Cas9技术一样,这也是从细菌中获得启发和改造的一项技术。自然界内存在这样一些内共生菌,它们寄生在宿主体内,当宿主攻击有机体时,它会分泌一些因子杀伤有机体为宿主提供营养,与宿主互利共生;上述运输因子到有机体内的系统称作收缩注射系统(Contractile injection systems , CIS)。
一只羊
2023-09-01
288
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对多种测序平台的测序数据进行差异表达基因(DEG)分析
对多种测序平台的测序数据进行差异表达基因(DEG)分析 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷
一只羊
2023-03-06
404
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冷肿瘤 热肿瘤
免疫检查点阻断疗法(ICB)是肿瘤研究的热点,免疫检查点分子负向调控 T 淋巴细胞激活,维持机体免疫平衡,该机制被肿瘤细胞利用从而发生肿瘤免疫逃逸;ICB 可重新激活免疫细胞,从而发挥抗肿瘤效果。
一只羊
2023-03-06
399
0
空间转录组学简介
na
在我的印象中,自2020年开始,“Spatial transcriptomics”开始成为生信这条大街上最靓的仔,一时风头无两,频频登上CNS顶刊和其旗下大子刊。这么火的话题,怎么能不来凑凑热闹!别忘了,站在风口上,我也能飞起来!
一只羊
2023-02-09
690
0
bloom filter 简介
编程算法
数据结构
Bloom Filter 是一种有效的数据结构,可使用少量内存,在大量元素列表中进行快速查找。
一只羊
2022-11-30
589
0
基于 ggplot2 的 confusion matrix 可视化
python
confusion matrix 经常被用来表示两个类别重合的程度,比如在分类任务中,我们可以用 confusion matrix 来展示预测的 label 与真实的 label 在多大程度上是一致的。
一只羊
2022-11-30
804
0
PaperR-(4)-2022-10
https
网络安全
Nature Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids
一只羊
2022-11-30
391
0
IGV 自定义 Reads 颜色
umi
IGV 经常被用于可视化检查 NGS 测序数据。由于它可以非常直观地展示突变信息,所以它被大量应用于肿瘤诊断行业以及 NGS 相关的科研领域中。
一只羊
2022-11-30
642
0
PaperR-(3)-2022-09
https
网络安全
数据结构
深度学习
python
Automated reconstruction of whole-embryo cell lineages by learning from sparse annotations
一只羊
2022-11-30
349
0
MRD指导下的实体瘤精准辅助/巩固治疗
fs
panel
MRD 的概念最早在白血病诊疗中提出,是指白血病诱导化疗完全缓解(complete response, CR)后(或者骨髓移植治疗后),在体内残留少量白血病细胞的情况,用于预测复发风险和指导后续治疗。MRD 的表述包括三种,分别为可测量残留病灶(Measurable Residual Disease)、微小残留病灶(Minimal Residual Disease)及分子残留病灶(Molecular Residual Disease)。在实体瘤中,通常使用分子残留病灶的概念,其具体定义可概述为:经过治疗(通常为根治性治疗)后,传统影像学(包括 PET/CT)或实验室方法不能发现,但通过液体活检发现的癌来源分子异常,代表着肿瘤的持续存在和临床进展可能[1]。
一只羊
2022-11-30
464
0
卡方检验简介
distribution
医疗研究会产生大量不同类型的数据,最容易识别的是定量的数据。例如,直腿抬高 (SLR) 的受试者能够将腿抬高大于 0 度,这让我们可以计算两组的平均 SLR,并进行 t 检验。但并不是所有的数据都有这种定量特性。
一只羊
2022-11-30
1.6K
0
多组学分析助力膀胱癌化疗新策略
na
膀胱癌是常见的泌尿系统肿瘤,根据有无肌层浸润分为非肌层浸润膀胱癌(NIMBC)和肌层浸润膀胱癌(MIBC)。NIMBC五年生存率可达85%;MIBC五年生存率60%,预后较差。尽管靶向治疗、免疫治疗等新型治疗方案进入临床,以顺铂为基础的化疗仍然是肌层浸润膀胱癌的常规药物治疗方法。
一只羊
2022-11-30
386
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TargetMine - 多组学数据整合和药物靶点分析平台
数据库
sql
go
鉴定合适的靶点(如基因、蛋白质、非肽基因产物和信号通路)进行表征是注释基因功能、药物发现和理解各种疾病发病机制的最关键步骤之一。TargetMine是一个综合数据仓库系统,主要用于候选靶点排序和早期药物发现。TargetMine基于InterMine构建。InterMine是一个灵活有效的框架,整合了多种生物数据库,使用户只在单个入口进行查询,即能够导航到不同的生物数据库。
一只羊
2022-11-30
446
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单细胞组学简介
https
http
网络安全
html
我们知道生命过程是建立在细胞时空动态调控的基础上的。比如,胚胎发育过程中,随着时间推进,细胞不断分裂、分化、成熟;其过程同时也受到空间信息的调控,比如周边细胞的细胞间通讯。
一只羊
2022-11-30
825
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R记录 - 最近在学习写一个R包
https
网络安全
html
编程算法
因为课题需要,最近需要实现一个数据可视化的功能。因为ggplot2提供了扩展接口,所以就想着基于ggplot2实现这个功能。看了一些文档之后(见文末),就开始动手实现了。
一只羊
2022-08-30
211
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R语言作图入门——软件安装,数据导入
r 语言
https
网络安全
腾讯云开发者社区
小仙最近受到了一个打击,之前小仙以为自己写的教程已经比较适合入门了,初学的选手就跟着就能画出图。但是小仙却忽略了一点,粉丝们可能来自不同的行业,拥有不同的专业背景。有些同学可能在特定的情况下接触到了R语言,在下定决心要自己试试的时候,却不知如何入手。
一只羊
2022-04-19
606
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R语言作图——Beeswarm plot拓展
r 语言
javascript
腾讯云开发者社区
上次给大家分享了蜜蜂图的画法,这篇文章是在上次文章的基础上进行了一些拓展。蜜蜂图基本的作图语句可以看这里 https://mp.weixin.qq.com/s/XgtoTiz_aUNWmobvjPRSIQ
一只羊
2022-04-19
277
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R语言作图——Beeswarm plot
腾讯云开发者社区
当小仙又打下"今天"这两个字的时候,小时候每天一篇日记的恐惧好像又回来了,过去这么久,我的文学功底果然没有一点长进!
一只羊
2022-04-19
392
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R语言作图——Circular bar plot
r 语言
不知不觉,距离小仙上次发文已经过去五个多月了。R语言作图系列的更新频率跟理想中的一月一次差别有点忒大了,不得不让小仙陷入深深的反思,对于时间的规划也有了一些新的感悟。
一只羊
2022-03-29
405
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有趣有用的PCA
数据分析
文件存储
PCA (Principal component analysis,主成分分析) 是一个经典的数据降维方法,可以将高维数据映射到低维空间中,使得低维空间中点在新坐标轴(主成分)上的坐标间方差尽可能大。PCA被广泛应用于各行各业的数据分析,其中当然也包括生物数据的分析。
一只羊
2021-10-13
886
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