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R语言交流中心

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R语言批量处理Pubmed数据库文献信息

PubMed数据库作为最流行的文献检索数据库。本身提供了很多供用户使用的检索功能，关键词筛选机制。今天给大家介绍一个在R中进行PubMed数据库挖掘的工具包RISmed。其实这个包主要是利用了NCBI提供的API进行功能的封装，操作的简化。更多的详细参数参数可以参见：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/。另外一个包则是主要进行对pubmed数据库中检索的结果进行进一步的标准化和拆分，主要涉及有摘要英文文本分词、词频统计的功能，摘要内文本基因名的频率统计的功能。首先我们先看下包的安装：

2021-04-19

2.3K0

R语言基于tm包开启文本挖掘

今天我们看下文本挖掘在R语言中是如何被实现。文本挖掘作为自然语言处理的一个分支，主要目的是一个抽取有效、新颖、有用、可理解的、散布在文本文件中的有价值知识，并且利用这些知识更好地组织信息的过程。本次主要给大家介绍下tm包的使用。首先看下包的安装：

2020-12-30

1.1K0

R语言实现基因组信息的筛选

sqlite android 数据库 sql

今天给大家介绍一个R语言中的数据对象TxDb,此对象可以完美支持sqlite数据库导入，并且减少了检索的耗时，主要用来存储大量的基因信息数据。目前在R中存在大量数据存储的包，具体的框架及数据包如图：

2019-12-04

2K0

R语言相识生物信息学

数据库 sql https http 网络安全

R在生物信息分析中有着极其重要的重要，无论我们做什么样的分析，我们都离不开强大的R。无论是统计学分析，还是想得到漂亮的图形，R都成了我们工作必不可少的一部分。无论是统计学算法，还是测序深度、覆盖度、热图、火山图、Peak、PCA、共表达网络、GO、KEGG的图形化，甚至很多TCGA等数据库数据的下载，我们无一例外都可以用R实现。接下来，我们介绍几个比较有用的网站论坛，希望对广大学习生物信息的同志们有所帮助。

2019-07-31

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