生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧
171 篇文章
189.6K 次阅读
251 人订阅

全部文章

DoubleHelix

4分+基于SEER数据库挖掘原发性肝淋巴瘤的发病率、预后因素和生存结局

大家好,这次给大家分享一篇2020年5月发表在Front Oncol杂志上的文章,2019年影响因子4.848,仍然是一篇基于SEER数据库的文章,重点研究影响...

38031
DoubleHelix

利用WGCNA识别肺鳞状细胞癌关键基因巧妙发4分+

今天解读的这篇文章是2020年发表在International Journal of Molecular Sciences杂志上(影响因子4.183)。题目是I...

30865
DoubleHelix

生物医学领域科研工作者的软件和工具清单-3.0版本

微软的Office和金山的WPS,大家不陌生,应该都有。WPS免费,Office需要破解,这里提供破解版下载地址:

42931
DoubleHelix

癌症研究不知道做什么?来关注这个数据库,或许可以给你一些思路

如果做肿瘤研究,不知道做什么基因或者蛋白,也不知道从何处入手?那给你推荐一个数据库,或许可以给你提供一些思路。这个数据库就是:The Pathology Atl...

22320
DoubleHelix

腾讯CentOS云服务器挂载云硬盘与硬盘分区

我对Linux不是很熟悉,我在学习的过程中记录了很多笔记,在去年发过一篇文章:CentOS 7系统服务器上安装R和Rstudio,并在浏览器中运行Rstudio...

1.6K44
DoubleHelix

基于肿瘤微环境基因构建I-III期结肠癌免疫预后模型(IF=6.68)

今天解读一篇发表在EBioMedicine上的文章,影响因子6.68。文章通过建立了一个肿瘤微环境风险评分panel,并证明其可作为I-III期结肠癌患者生存预...

24740
DoubleHelix

GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析

关于GEO数据库认识和在线使用教程,参考文章:GEO数据库使用教程及在线数据分析工具。关于GEO数据库的R包:Bioconductor:GEOquery包,我们...

1.2K23
DoubleHelix

Bioconductor:GEOquery包

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GEOquery/inst/doc/GE...

92811
DoubleHelix

clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析

本地的KEGG分析参考文章:KEGG数据库使用及通路分析教程,GO参考文章:FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的...

64321
DoubleHelix

为什么选择GSEA分析?和KEGG和GO分析有什么区别?

但是,一般的差异分析(GO和Pathway)往往侧重于比较两组间的基因表达差异,集中关注少数几个显著上调或下调的基因,这容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学...

2.6K62
DoubleHelix

生信人的R语言视频教程-语法篇-第十二章:面向对象编程(S3类与S4类)

面向对象是一种对现实世界理解和抽象的方法,是计算机编程技术发展到一定阶段后的产物。早期的计算机编程是基于面向过程的方法,例如实现算术运算2+3+4=9,通过设计...

15010
DoubleHelix

生信人的R语言视频教程-语法篇-第十一章:R中的网络爬虫

用任何语言做爬虫必须要了解的就是网页语法,网页语言无非就是HTML,XML,JSON等,因为正是通过这些我们才能在网页中提取数据,过多的就不再描述,大家可以自行...

16520
DoubleHelix

TCGA数据库:生存分析

本文介绍生存分析,其实,在R中,生存分析很简单,大家在网上能找到无数的文章。利用survival包就可以。就是按照下列公式就可以完成简单的生存分析。

48622
DoubleHelix

生信中各种ID转换

1.Uniprot ID mapping 可以很方便地把 ID 转换为其他 ID 类型, 所包含的类型十分全面【https://www.uniprot.org/...

1.4K50
DoubleHelix

常用生物信息 ID的介绍

Gene ID 也称Entrez ID,EntrezGene ID ,是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎, 其对不同的 Gene 进行了...

44130
DoubleHelix

FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具

点击Add dataset ,粘贴我们的基因。我们也可以导入数据集(基因集),可以是我们差异分析获得的差异表达基因【参考文章:TCGA数据库:GDCRNAToo...

39730
DoubleHelix

细胞骨架与自噬之间的关系

肌动蛋白的细胞骨架动力学通过促进囊泡货物的生物发生和运输,在大多数形式的细胞内运输中起着至关重要的作用。越来越多的证据表明,肌动蛋白动力学和膜细胞骨架支架在巨噬...

25520
DoubleHelix

TCGA数据库:GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析

23020
DoubleHelix

TCGA数据库:SNP数据的下载整理及其可视化

单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基...

86430
DoubleHelix

关于百度CEO李彦宏在医学期刊Cell Research 发表医学论文所引来的舆论

就在昨日,在医学领域有一个人成了很多科研的的话题,Baidu的CEO李彦宏在Cell Research 杂志(IF=17.848)发表论文的信息。李彦宏并非简单...

19310

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券