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生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧

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基于Python语言使用DESeq2方法进行bulk-RNAseq的差异表达分析

统计 python import 对象数据

注意：读入的数据进行转置，是因为使用pydeseq2包进行分析时，count矩阵需要的是行为样本，列为基因名称，和R语言中的DESeq2包刚好相反。

2024-04-15

580

conda命令在创建环境时报错问题解决

conda file line python3 缓存

清除conda缓存：有时候，conda的缓存文件可能会损坏。运行以下命令来清除缓存：

2024-04-15

2580

空间转录组学习手册合辑

工具可视化 methods slide 测试

近年来空间转录组的各类平台层出不穷，其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Scanpy等工具分析空转的学习手册，包含代码、学习手册、测试文件和输出结果。希望这些资料可以帮助大家完成各平台空间转录组分析的一站式学习。

2024-03-04

1300

一行代码将PDB文件的几条链分割为多个PDB文件

null path pdb 函数数据库

如果是PDB数据库的蛋白，只需要PDB蛋白的id，然后通过get.pdb函数获取即可。

2024-01-15

1410

harmony包整合多批次单细胞数据以去除批次效应（batch effect）

变量对象教程数据算法

单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入单细胞专题 | 7.单细胞下游分析——常规分析流程案例一单细胞专题 | 8.单细胞类型注释之SingleR包详解单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？单细胞专题 | 10.细胞周期分析单细胞专题 | 11.最新版cellphoneDB细胞通讯分析

2023-12-26

1.3K0

RNAseq数据分析中count、FPKM和TPM之间的转换

数据库数据分析 count 函数数据

现在常用的基因定量方法包括：RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是：通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示，以便于后续差异分析。

2023-12-14

4K0

aPEAR：一个用于通路富集网络自主可视化的R包

对象教程可视化数据网络

生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析该包主要包括下面方法或对象

2023-11-16

7360

全网最详细的imagJ教程：imagJ自动细胞内荧光点计数

background bit file 教程软件

（1）因为荧光图片荧光点是亮的，而背景是黑色的，所以将black background 勾选上。Process----Binary----options,在跳出的页面中勾选上Black background。

2023-10-27

1.3K0

基于单细胞转录组数据评估细胞代谢激活分数

数据分析对象可视化数据原理

method有4种：VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。

2023-10-24

2060

python的下载安装以及环境变量的配置

python 程序配置软件系统

Downloads 》》Windows 跳转页面：https://www.python.org/downloads/windows/

2023-09-18

4300

文献 | 对免疫检查点阻断的反应、耐药性和毒性的标志

基础开发模型数据系统

使用免疫检查点封锁 (ICB) 在癌症治疗方面取得了前所未有的进展。然而，反应仅限于一部分患者，免疫相关不良事件 (irAE) 可能会产生问题，需要停止治疗。迫切需要深入了解影响 ICB 反应和毒性的宿主内在和外在因素。在过去十年中，我们对宿主内在因素（如宿主基因组、表观基因组和免疫）的影响的理解有了长足的发展，对这些因素以及肿瘤和免疫的共同进化有了更深入的了解。此外，我们开始了解急性和累积暴露——宿主内部和外部（即暴露组）——对宿主生理和治疗反应的影响。这些共同代表了当今对 ICB 的反应、耐药性和毒性的标志。建立在这些标志上的机会是有充分理由的。

2023-09-06

3770

WGCNA + ssGSEA的组合分析

paste pdf 视频数据字符串

生物信息数据分析教程视频——16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估

2023-09-06

4200

美国德州理工大学健康科学中心（TTUHSC）生物信息学、计算基因组学博后及博士生招聘

网站数据分析 https 软件开发数据

德州理工大学健康科学中心 Texas Tech University Health Sciences Center 全美医学排名前一百，其中临床全美排名19（U.S. News）。德州理工大学是R1大学。它是全美第二大大学（1900英亩），也是德州唯一包含本科和研究生院及法学院和医学院于一体的综合性大学。

2023-09-06

2790

scMetabolism包用于评估单细胞代谢激活分数

数据分析对象可视化数据原理

method有4种：VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。

2023-09-06

3350

GSEA结果的网络可视化

pdf 可视化视频数据网络

aPEAR包可以通过检测相似路径的聚类并将其可视化为富集网络，简化路径富集分析结果，其中节点和边分别描述路径和它们之间的相似性。这减少了重叠路径的冗余，并有助于注意数据中最重要的生物学问题。

2023-09-06

4160

GEPI | 一种用于从科学生物医学文献中大规模挖掘分子相互作用的新型Web工具

web 工具可视化事件搜索

文献：Erik Faessler and others, GEPI: large-scale text mining, customized retrieval and flexible filtering of gene/protein interactions, Nucleic Acids Research, 2023;, gkad445, https://doi.org/10.1093/nar/gkad445

2023-09-06

2600

多组差异表达分析的可视化

data element text 可视化数据

总共4个分组的差异分析，频率为4的基因就是共同的差异表达基因。我们选择3个来显示：

2023-09-06

2920

pRRophetic：从肿瘤基因表达水平预测临床化疗反应

数据库数据分析教程可视化数据

oncoPredict：一个用于预测体内或癌症患者药物反应和细胞系筛查数据的生物标志物的R包

2023-09-06

6710

oncoPredict：一个用于预测体内或癌症患者药物反应和细胞系筛查数据的生物标志物的R包

数据库数据处理函数数据芯片

Cancer Therapeutics Response Portal (CTRP)

2023-09-06

1.2K0

使用python批量下载文献

python download line path url

2023-09-06

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