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alona:一个用于单细胞RNA-seq分析的web工具

alona是一个基于网络的生物信息学服务,旨在分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。该服务使用一些最流行的scRNA-seq算法执行处理、分析和可视化...

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TCGA数据库:miRNA数据下载与整理

关于miRNA的基础知识可参考文章:医学科研实验基础知识笔记(十一):非编码RNA。

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TCGA数据库:ATAC-Seq数据的下载整理及其可视化

每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装,否则就是一团乱麻,不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和...

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Nature子刊|复旦大学肿瘤医院雷群英团队发现支链氨基酸分解代谢在胰腺导管癌发生发展中的新机制

胰腺癌(Pancreatic Cancer)是一种恶性程度很高,诊断和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤,约90%为起源于腺管上皮的导管腺癌(Pancreatic d...

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Cell:机器学习将如何改变生物医学

这篇文章探讨了机器学习在改进诊断和治疗方面的应用。概述了机器学习如何改变生物医学的三个广泛领域:临床诊断、精确治疗和健康监测,目标是通过一系列疾病和正常的衰老过...

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Nature|癌症基因组学如何改变诊断和治疗

当古希腊医生希波克拉底首次描述癌症时,他只发现了两种形式:非溃疡形成性癌和溃疡形成性癌。在19世纪末,医生在显微镜的帮助下发现癌症具有多种细胞形式。

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生物信息学入门必须了解的名词

生物信息学(bioinformatics):综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟,基...

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生信人的R语言视频教程-语法篇-第二章:与R语言的第一次约会(R语言安装和下载)

下载地址为:https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、...

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生信人的R语言视频教程-语法篇-第一章:与R的第一次相亲

R:为什么选择我?而不是其他高级语言,比如Python,Java,C,C++....那么多编程语言?

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肿瘤免疫细胞浸润与临床相关性分析

Profiles of immune infiltration in colorectal cancer and theirclinical significa...

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RNA-seq的counts,RPM, RPKM, FPK值到底有什么区别?

现在常用的基因定量方法包括:RPM, RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分...

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一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程

我按照上面文章思路,写了TCGA数据分析部分的代码,当然模拟的数据不是文章的肿瘤数据,数据是TCGA-STAD转录组和临床的数据,分析的基因是我随便找的基因,所...

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48个实用的生信在线工具强烈推荐,不看是你的损失!

在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。

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R语言数据分析与挖掘(第九章):聚类分析(2)——层次聚类

层次聚类根据划分策略包括聚合层次聚类和拆分层次聚类,由于前者较后者有更广泛的应用且算法思想一致,因此本节重点介绍聚合层次聚类算法。

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R语言数据分析与挖掘(第七章):因子分析

因子分析(factor analysis, 简称FC)又称因素分析,基于相关关系而进行的数据分析技术,是一种建立在众多的观测数据的基础上的降维处理方法。其主要目...

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基因芯片数据分析(一):芯片数据初探

简单地讲,基因芯片就是一系列微小特征序列的(通常是DNA探针,也可能是蛋白质)的集合,它们可以被用于定性或者定量检查样品内特异分子的成份。比如说,基因芯片可以检...

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医学生信文献第10期:一篇肿瘤领域入门必读综述——新一代癌症标志物

在人类肿瘤的多 级发展过程 形成的六 个生物功 能构成了癌症的 特征。这些 特征为分析复 杂的肿瘤性疾病 提供了一个 组织原则。这六个 特征包括:持久 的增殖信...

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R语言数据分析与挖掘(第五章):方差分析(3)——协方差分析

为了更好的帮助大家理解,下面简要介绍相关结构,大家也可以自行回顾一下本公众号推送的回归分析与方差分析模型的结构;

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R语言数据分析与挖掘(第五章):方差分析(2)——多因素方差分析

在实际应用中,更多出现的是包含多因素的试验和处理。多因素试验与双因素试验背后的基本思想是一致的。与单因素方差分析不同,在双因素方差分析中因素间可能会有交互作用。...

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R语言数据分析与挖掘(第六章):主成分分析(1)——主成分分析概论

在许多领域的研究与应用中,往往需要对反映事物的多个变量进行大量的观测,收集大量数据以便进行分析寻找规律。多变量大样本无疑会为研究和应用提供了丰富的信息,但也在一...

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