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旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧
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生物信息学初识篇——第二章：序列比对（3）
数据库
sql
正则表达式
之前用EMBL的双序列比对工具做全局比对，虽然很快就出结果了，但至少也要经历一两秒钟的时间。而数据库中有几百万条序列，全部比对一遍，耗时太长。因此，我们需要快速的数据库相似性搜索工具。目前世界上广泛使用的就是 BLAST。它可以在尽可能准确的前提下，快速的从数据库中找到跟某一条序列相似的序列。BLAST 是 Basic Local Alignment Search Tool 的首字母缩写，直译过来就是基本局部比对搜索工具。BLAST 的基本原理很简单，要点是片段对的概念。所谓片段对是指两个给定序列中的一对子序列，它们的长度相等，且可以形成无空位的完全匹配。
DoubleHelix
2019-08-07
6.1K
0
R语言基础教程——第9章：字符串操作
grep
编程算法
正则表达式
perl
R通常被用来进行数值计算比较多，字符串处理相对较少，而且关于字符串的函数也不多，用得多的就是substr、strsplit、paste、regexpr这几个了。实际上R关于字符串处理的功能是非常强大的，因为它甚至可以直接使用Perl的正则表达式，这也是R的一个理念，作为语言就把向量计算做到极致，作为环境，就在各领域都集成最好的。R中有grep系列的函数，可以用最强大的方式处理字符串的所有问题
DoubleHelix
2019-08-06
2.5K
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