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科研猫

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Oncomine数据库已终止服务！万字长文含泪总结常用医学公共数据库【建议收藏】

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在肿瘤研究中，Oncomine是非常重要的样本数据库，它整合了GEO、TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据，是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，且自带分析和统计功能，旨在挖掘癌症基因信息。

2022-04-09

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TCIA数据库 : 不认识我？我哥是TCGA！

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肿瘤免疫疗法在多种恶性肿瘤的临床治疗上取得了显著效果，然而还是存在大部分患者对于免疫疗法没有响应的问题。为了更好的理解肿瘤和免疫细胞相互作用，科学家对来自TCGA和其他几个大型肿瘤研究项目，共20种实体瘤的NGS数据进行分析。TCIA研究发表在Cell Rep（1区，IF9.423分）上：

2022-04-09

2.3K0

Oncomine数据库已终止服务！万文长篇含泪总结常用医学公共数据库【建议收藏】

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在肿瘤研究中，Oncomine是非常重要的样本数据库，它整合了GEO、TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据，是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，且自带分析和统计功能，旨在挖掘癌症基因信息。

2022-04-09

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组学科研工具 | MetaboAnalyst 5.0，代谢组和转录组联合分析的利器

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科研猫近期课程：【线上】零基础数据挖掘、免疫浸润和临床模型3.5-3.6 线上精讲班

2022-04-09

9.7K0

强势推荐！亲师兄总结的单细胞数据库汇总！

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单细胞测序技术能够揭示每个细胞独特的基因表达特征，精细区分细胞类型，深入系统的研究细胞间的相互作用关系，在肿瘤研究、免疫研究、神经生物学研究、发育研究等领域发挥着重要作用。

2022-04-09

5.8K0

好消息！重压之下，Sci-Hub新年首更！

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科研界女神、Sci-Hub 创始人 Alexandra Elbakyan 今日发了一条推特，立刻引来科研圈的关注。Elbakyan 表示：「 Sci-Hub 更新了，现在用户可以实时查看下载统计、每月统计等，并在将来会增加更多内容。」

2022-02-28

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临床试验：“说谎”的职业受试者

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药物临床试验指的是在病人或者志愿者身上进行的药物研究,目的是确定试验药物是否有效和安全。

2020-07-28

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免疫相关基因预后模型构建，这个套路不香吗?

大家好，今天向大家分享的是2020年4月发表在Frontiers in Genetics (IF=3.517) 杂志上的一篇文献《Novel Immune-Related Gene Signature for Risk Stratification and Prognosis of Survival in Lower-Grade Glioma》。文章基于TCGA数据库和CGGA数据库中的脑胶质瘤相关数据，利用单因素、多因素Cox回归分析及Lasso算法构建了六个免疫相关基因签名（gene signature，或者叫标记基因），并建立了预后诺模图，可有效地进行风险分层和预测原发性LGG的整体生存。

2020-07-22

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医生必备技能，万字长文让你明白临床模型研究应该如何做

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对于大部分临床医生来说，往往是没有能力去做基础科研的，因为没有时间、经费和实验室。但是每家单位对文章的要求又是这么强硬，没有文章就无法进职称，该怎么办？

2020-04-27

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“个性化”GSEA分析 - Do GSEA with specified gene set

首先，让我们再简单回顾下GSEA的操作过程，（1）我们需要按顺序排列好的gene list用于分析，（2）需要参考基因集pre-defined gene set，那么这个从哪里来呢？这么跟大家说吧，在GSEA中富集出来的基因功能类或者基因集合都是提前定义好的，谁定义的呢？当然是GSEA官方或者一些权威数据库（比如KEGG通路数据库，Gene Ontology数据库等）。举个例子，有哪些基因隶属于p53 signaling pathway或者MAPK singaling pathway是不需要我们操心的，有专家已经帮我们定义好了。那么，如何去查看或者下载这些预定义好的基因集合呢？打开如下链接：

2020-03-31

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E-SCI、SCI和SCI-E，傻傻分不清？

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说到这些E-SCI、SCI和SCI-E词汇，就不得不提一下汤森路透集团，它是全球专业的智能信息提供商。汤森路透集团最早推出了的三个期刊引文索引数据库，分别是科学引文索引『Science Citation Index Expanded, SCIE』，社会科学引文索引『SocialScience Citation Index，SSCI』和艺术与人文引文索引『Arts & Humanities Citation Index，A&HCI』。这三大类期刊引文索引数据库，就是大家俗称的“SCI”。

2020-03-31

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最新！多基因风险评分：67.6万人的多数据库分析揭示影响人类寿命的内驱因素

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3月23日，Nature Medicine（IF：30.6）杂志发表了一篇多数据库的GWAS基于多基因风险评分/polygenic risk scores (PRSs)的队列研究。

2020-03-26

2.3K0

2019年期刊影响因子（IF）早知道：详细教程

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影响因子是某一期刊的文章在特定年份或时期被引用的频率，是衡量学术期刊影响力的一个重要指标。许多著名学术期刊均会在其网站上注明期刊的影响因子，以表明其在对应学科的影响力；许多知名学府也以学术期刊的影响因子作为评判研究生毕业的主要标准。

2020-03-13

3.4K0

快投稿了，怕期刊影响因子（IF）猛跌怎么破？

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致力于为全球提供优质的科研数据与分析的科睿唯安（Clarivate Analytics）, 每年均会通过期刊引证报告（Journal Citation Report，JCR）公布的上一年度期刊影响因子（Impact Factor，IF），备受科研界全体人员的关注。

2019-11-27

1.7K0

TCGA数据库挖掘肿瘤相关基因突变（1）

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TCGA（The Cancer Genome Atlas）是美国国家癌症研究所（NCI）和美国人类基因组研究所（NHGRI）共同开发的大型肿瘤研究项目，旨在通过应用高通量、多组学的肿瘤基因组分析技术，加深人类对肿瘤的认知，从而提高肿瘤的预防、诊断和治疗。

2019-11-14

6.6K0

【科研猫·绘图】献礼国庆70年，R语言绘制中国地图

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建国70周年大庆即将到来，各行各业都在积极筹备迎接祖国的生日，在这个举国欢腾的时刻，我们决定以一种特殊方式来表达自己对祖国母亲的祝福:一副用R语言绘制的中国地图。

2019-09-28

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从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（3）

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前面两期（从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1）；从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（2））中我们给大家讲解了网络图的构造，以及构建蛋白互作网络的一个权威数据库：STRING数据库。我们给大家布置了一个研究课题：如何从100多个差异表达的基因当中快速锁定重要的关键基因。按照之前的思路，这个课题分了如下几个分析步骤：1、从基因列表到蛋白互作；2、从蛋白互作到互作网络；3、从互作网络到关键基因。

2019-09-24

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【科研猫·绘图】从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（2）

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前面一期从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1）（此链接可入）中我们给大家讲解了网络图的构造，以及在文章当中构建网络图需要用到的两个资源：STRING数据库和Cytoscape软件。

2019-09-24

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从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1）

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“很多网友留言想看网络图，今天他来了，你看他一身华彩，绚丽多姿，别问落地价，因为paper无价！”。

2019-09-24

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GEO数据库挖掘（2）--快速锁定目标数据

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在上一期的推文 GEO数据库挖掘（1）--SCI文章速成，我们讲解了关于GEO数据库的背景知识，想必大家也了解了GEO是一个非常实用和权威的基因表达谱数据库。那么如何检索自己想要的数据呢？

2019-09-24

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