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生信修炼手册

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使用biopython解析kegg数据库

api python 数据库 sql

KEGG数据库称之为基因组百科全书，是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据，官方提供了对应的API。

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2021-01-25

1.4K0

进化树在biopython中的可视化

进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系，在物种进化，亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中，通过Bio.Phylo子模块，可以方便的访问和展示树状结构中的信息

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2021-01-11

1.3K0

使用biopython查询NCBI数据库

数据库 sql python 数据分析

NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一，集成了pubmed,genebank等子数据库。最简便的用法当然是直接在网站上检索，为了方便检索，NCBI提供了自己的检索系统，称之为Entrez。

生信修炼手册

2021-01-11

1.2K0

序列比对在biopython中的处理

数据库 sql python

序列比对是生物信息学分析中的常见任务，包含局部比对和全局比对两大算法，局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。

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2021-01-11

2.6K0

使用pyBigWig模块查看bigwig文件中的内容

python intervals

bam, bedgraph, bigwig是3种常见的存储测序深度信息的文件，都可以方便的导入IGV浏览器进行查看，其中bigwig最为常用。在chip_seq, atac_seq中，通常都会提供该种格式的文件，来来可视乎测序深度的分布。

生信修炼手册

2020-12-24

2.7K0

使用pysam操作BAM文件

pysam模块对samtools和tabix进行了封装，可以在python程序内部来操作和访问相关的文件，具体地，支持以下4种文件

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2020-12-24

1.5K0

conda:基于python的软件管理系统

python anaconda https 网络安全

python语言在发展的过程中，经历了python2到python3的迁移，对应的包也出现了多个版本。如何在一台服务器上同时安装不同版本的python,不同版本的package, 而且不互相干扰，是一个令人头痛的问题。

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2020-12-11

9420

使用python自动化发送邮件

html tcp/ip python 数据分析

smtplib模块是对SMTP协议的封装，用于发送邮件；email模块用于构建邮件内容，支持以下3种形式的邮件

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2020-12-11

7250

使用python将word文档转换为PDF文档

windows python html 数据分析

对于windows系统的编程开发，微软一开始提供了基于VB语言的接口，后来又推出了.NET框架。对于word等offices套件的自动化操作，由于原生支持的特性，采用这些语言是最为方便且灵活的，唯一的缺点就是这些语言的学习成本相对较高。

生信修炼手册

2020-12-11

6.9K1

使用python-docx模块读写word文件

word文档的自动化处理是一件比较头痛的事情，因为深耕于windows操作系统，对于跨平台需求的word文档编辑，是非常痛苦的一件事。在python的生态环境中，提供了python-docx这个模块，可以方便的进行跨平台的word文档处理，但是只适合word 2007以后的文档，即后缀为docx的文档。

生信修炼手册

2020-12-11

1.4K0

scrapy实践之settings的配置

python scrapy http 数据分析

items定义了需要从网页中提取的结构化信息，middlewares称之为中间价，用于对request和response请求进行封装，pipelines用于对item近一步处理，比如去重等操作，而settings则用于设置各种信息。

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2020-11-25

6050

scrapy实践之中间件的使用

http scrapy selenium tcp/ip python

在scrapy框架中，Downloader Middlewares 称之为下载中间件，可以对爬虫的requests请求进行封装处理，典型的应用有以下3种

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2020-11-25

4790

获取用户代理的多种方式

python 爬虫数据分析

用户代理可以将普通的爬虫请求伪装成浏览器发出的请求，从而绕过目标网站的反扒机制。获取用户代理，最基本的方式就是在自己的浏览器中进行查看，图示如下

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2020-11-25

4920

初识scrapy爬虫框架

爬虫 scrapy python

框架是为了解决特定的业务场景而开发的一套高质量代码，通过框架避免了重复造轮子的低效模式，可以更加专注于具体业务相关的代码。在python中，scrapy就是一个主流的爬虫框架，可以通过如下方式进行安装

生信修炼手册

2020-11-09

3360

python爬虫开发的学习路径

数据分析数据库 sql python

网络爬虫是一个从网站上自动下载数据，并进行格式化整理的计算机程序，近几年网络爬虫工程师这一职位，也是相当多火热。python作为一个全能型选手，进行爬虫开发也是不在话下。

生信修炼手册

2020-11-02

3470

在seaborn中设置和选择颜色梯度

数据分析 python matlab numpy

seaborn在matplotlib的基础上进行开发，当然也继承了matplotlib的颜色梯度设置, 同时也自定义了一系列独特的颜色梯度。在seaborn中，通过color_palette函数来设置颜色，用法如下

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2020-11-02

3.5K0

极坐标系在数据可视化中的巧妙运用

python matlab numpy

常规的柱状图，散点图等展示形式，都是在笛卡尔坐标系中进行展示，是使用最为广泛的图表。这些图表在展示信息方面具有扎实的基础，但是却缺乏了一丝创意。

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2020-09-28

1K0

seaborn更高效的统计图表制作工具

matlab python numpy 编程算法

seaborn是建立在matplotlib上的一个高度封装的模块，针对数据的统计学描述，统计了一系列相关的可视化功能。

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2020-09-28

1.3K0

设置坐标轴刻度的位置和样式

在matplotlib中，通过子模块ticker可以对坐标轴刻度的位置和样式进行设置。刻度线分为major和minor ticks, 通过以下4个函数可以对其位置和样式进行设置

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2020-09-23

2.8K0

使用matplotlib绘制3D图表

python matlab numpy 图像处理

除了绘制经典的二维图表外，matplotlib还支持绘制三维图表，通过mplot3d工具可以实现，只需要在axes对象中指定projection参数为3d即可，常见的折线图，散点图，柱状图，等高线图等都可以进行三维图表的绘制，只需要同时提供x,y,z三个坐标轴对应的值即可，下面来看下具体用法

生信修炼手册

2020-09-23

9340

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