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python读写json文件
json
编程算法
python
上述文件截取自fastp软件产生的json输出结果，最外围是一个字典，而字典的值既可以是基本的数据类型，比如数值，字符串，又可以是列表，字典等数据结构，相互嵌套，就构成了整个json文件。
生信修炼手册
2020-05-18
2.3K
0
KEGG Brite 数据库
数据库
sql
json
http
html
KEGG被称为京都基因组百科全书，是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库，肯定需要对数据进行分门别类的整理。除了将各种数据拆分到不同的子数据库中之外，KEGG还对所有的数据进行了更加细致的功能分类，这些功能分类的信息就存储在brite 数据库中。
生信修炼手册
2020-05-09
992
0
使用fastp对NGS数据进行质量过滤
json
adapter
overlap
sequence
umi
fastp是最近新出的一款NGS数据质量过滤工具，相比传统的QC工具，有两个主要特点，第一个就是运行速度快，第二个就是提供了质控前后数据详细统计结果。github地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
4.7K
0
使用TCGAbiolinks进行生存分析
xml
json
TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能，还提供了各种各样的下游分析功能，生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一，通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。
生信修炼手册
2019-12-19
1.3K
0
使用UPORA对peak进行注释
json
官方文档
UROPA是一个命令行工具，可以对基因组区域进行注释，这里的基因组区域要求是BED格式，比如chip，ATAC_seq等数据产生的peak区间。同时需要提供一个GTF格式的基因组注释信息，比如从UCSC,ensemble,ncbi等数据库下载的参考基因组文件。在注释结果中不仅给出了peak在基因组中的定位，还会给出对应的正负链，与基因的距离，对应的基因类型等较为全面的注释信息。官方文档网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
673
0
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