腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
返回腾讯云官网
生信修炼手册
专栏作者
举报
877
文章
1731840
阅读量
181
订阅数
订阅专栏
申请加入专栏
全部文章（877）
数据库（209）
sql（207）
编程算法（184）
网络安全（91）
python（77）
https（77）
生物基因（76）
http（66）
数据分析（63）
html（38）
硬件开发（34）
numpy（31）
go（27）
github（26）
机器学习（25）
git（24）
神经网络（24）
matlab（22）
深度学习（21）
开源（21）
na（19）
线性回归（16）
ftp（16）
对象存储（15）
存储（14）
linux（13）
人工智能（13）
java（12）
tcp/ip（12）
android（11）
api（11）
网站（11）
data（10）
javascript（9）
node.js（9）
file（9）
plot（9）
perl（8）
r 语言（8）
xml（8）
scikit-learn（8）
数据结构（8）
腾讯云开发者社区（8）
聚类算法（8）
case（8）
panel（8）
文件存储（7）
adapter（6）
cell（6）
ld（6）
list（6）
matplotlib（6）
reference（6）
其他（5）
c++（5）
php（5）
bash（5）
json（5）
bash 指令（5）
爬虫（5）
正则表达式（5）
count（5）
map（5）
model（5）
官方文档（4）
express（4）
监督学习（4）
决策树（4）
axes（4）
block（4）
dot（4）
error（4）
input（4）
sample（4）
sequence（4）
可视化（4）
react（3）
jquery（3）
typescript（3）
打包（3）
ide（3）
容器镜像服务（3）
黑石物理服务器（3）
图像处理（3）
容器（3）
自动化（3）
unity（3）
scrapy（3）
大数据（3）
windows（3）
axis（3）
bi（3）
db（3）
edge（3）
merge（3）
min（3）
nan（3）
overlap（3）
pandas（3）
path（3）
pipeline（3）
scale（3）
summary（3）
target（3）
time（3）
umi（3）
window（3）
内容分发网络 CDN（2）
ios（2）
actionscript（2）
arm（2）
批量计算（2）
命令行工具（2）
腾讯云测试服务（2）
svg（2）
serverless（2）
koa（2）
分布式（2）
keras（2）
selenium（2）
anaconda（2）
es（2）
emr（2）
flink（2）
accessibility（2）
add（2）
apply（2）
background（2）
barcode（2）
capture（2）
csv（2）
diff（2）
dp（2）
encode（2）
figure（2）
frame（2）
ggplot2（2）
heatmap（2）
marker（2）
matrix（2）
nas（2）
patch（2）
pdf（2）
profile（2）
ref（2）
reverse（2）
rules（2）
structure（2）
tree（2）
txt（2）
var（2）
view（2）
web（2）
技巧（2）
软件（2）
索引（2）
图表（2）
费用中心（1）
NLP 服务（1）
tensorflow（1）
css（1）
ajax（1）
云数据库 SQL Server（1）
sqlite（1）
access（1）
jar（1）
analyzer（1）
unix（1）
centos（1）
apache（1）
spring（1）
日志服务（1）
访问管理（1）
vr 视频解决方案（1）
xslt & xpath（1）
云联网（1）
shell（1）
spark（1）
html5（1）
卷积神经网络（1）
hive（1）
erp（1）
gui（1）
面向对象编程（1）
grep（1）
cdn（1）
gcc（1）
安全（1）
数据处理（1）
processing（1）
特征工程（1）
jupyter notebook（1）
分类算法（1）
迁移（1）
验证码（1）
absolute（1）
alias（1）
analysis（1）
attributes（1）
average（1）
bezier（1）
boxplot（1）
branch（1）
bug（1）
cgi（1）
channel（1）
colors（1）
compare（1）
conda（1）
config（1）
copy（1）
dataframe（1）
date（1）
dba（1）
dbi（1）
default（1）
diagram（1）
difference（1）
display（1）
distance（1）
distribution（1）
dom（1）
double（1）
download（1）
duplicates（1）
environment（1）
exists（1）
expression（1）
extend（1）
filter（1）
filtering（1）
find（1）
fixed（1）
flags（1）
frequency（1）
fs（1）
geo（1）
gpu（1）
graph（1）
header（1）
histogram（1）
identity（1）
import（1）
inheritance（1）
int（1）
intervals（1）
label（1）
latex（1）
loading（1）
mask（1）
max（1）
mean（1）
metadata（1）
mkdir（1）
navigator（1）
output（1）
package（1）
png（1）
position（1）
postscript（1）
prefix（1）
ps（1）
range（1）
relationship（1）
restart（1）
ribbon（1）
seaborn（1）
search（1）
server（1）
set（1）
sf（1）
sh（1）
sort（1）
sse（1）
state（1）
submit（1）
tiles（1）
tools（1）
traits（1）
transform（1）
unique（1）
using（1）
variant（1）
vector（1）
version（1）
表格（1）
二进制（1）
基础（1）
排序（1）
芯片（1）
搜索文章
搜索
搜索
关闭
bwa 软件用法简介
编程算法
github
git
开源
BWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列；BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1M bp的序列；其中BWA-MEM是最新开发的算法，对于高质量的测序数据，其比对的速度更快，精确度更高，对于70-100bp的reads, BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时，效果比BWA-backtrack 算法的效果更好。总而言之，通常情况下，选择BWA-MEM算法就好。
生信修炼手册
2020-05-11
2.7K
0
bcftools安装简介
github
git
开源
bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具，它可以处理VCF格式，也可以处理VCF对应的二进制文件。
生信修炼手册
2020-05-11
4.1K
0
breakdancer检测结构变异
github
git
开源
breakdancer 是一款结构变异检测软件， 专门针对双端测序数据进行开发，github地址如下
生信修炼手册
2020-05-11
1.2K
0
opitype:对HLA I型基因进行4位分型
容器镜像服务
容器
github
git
HLAminer软件可以同时对HlA I型基因和II 型基因进行分型，但是分型结果中不可避免的会存在假阳性的结果。为了提高分型结果的准确性，不同的研究团队都在开发新的工具和算法，Opitype是一款专门针对HLA I型基因进行分型的软件，可以提供精确的4位分型结果。
生信修炼手册
2020-05-11
1.6K
0
sleuth:基于TPM值的差异分析
github
git
开源
kallisto等alignment-free转录本定量软件，会给出TPM值的定量结果。基于这种类型的结果进行差异分析时，有两种策略可以选择。
生信修炼手册
2020-05-08
3.5K
0
salmon:sailfish的升级版本
github
git
开源
salmon 是sailfish 的升级版，其内存消耗更少，速度更快，准确度更高。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
705
0
STAR:转录组数据比对工具简介
github
ftp
git
开源
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。软件的源代码保存在github上，地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
5.1K
0
barrnap:预测基因组上的核糖体RNA
github
git
开源
在前面的文章中，我们介绍了RNAmmer这款rRNA预测软件，这个软件只有大学和科研机构的用户可以免费使用。本着开源的精神，有个科研团队开发了barrnap这款软件，完全开源免费，github链接如下
生信修炼手册
2020-05-08
996
0
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具
github
git
开源
https
网络安全
对于基因组组装而言，kmer count是最基础的分析内容之一，传统的kmer count工具在kmer长度小于32时，有着较好的性能，但是对于较大长度的kmer, 内存消耗和运行速度都差强人意。随着测序读长的不断增加，一款能够支持较大kmer的计数，而且性能良好的工具就显得非常的有必要。
生信修炼手册
2020-05-08
734
0
HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型
bash 指令
bash
github
git
开源
HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
474
0
GenomeScope评估基因组大小和杂合度
github
git
开源
基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析，对以上几个指标进行简单评估，核心就是通过kme 分布来进行评估。
生信修炼手册
2020-05-08
1.4K
0
jellyfish:快速计算kmer分布
github
git
开源
jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。
生信修炼手册
2020-05-08
2.2K
0
使用IDR软件处理生物学重复样本的peak calling
github
git
开源
对于chip_seq, atac_seq等实验而言，生物学重复样本的peak calling结果很难完全一致。对于多个生物学重复样本的peak calling结果, 如何筛选出最终的可以代表这一组样本的peak是一个难题。
生信修炼手册
2020-05-07
3.2K
0
强烈推荐！Encode官方的ATAC数据分析流程
https
github
编程算法
网络安全
git
Encode不仅共享了大量的组学数据，还开源了自己的数据分析pipeline, ATAC的pipeline网址如下
生信修炼手册
2020-05-07
2.3K
0
引用2000多次的ATAC经典文献也在用的peak calling软件-Genrich
github
android
git
开源
这篇文章中，使用了Genrich这个软件来进行peak calling。该软件适用于chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq等多种文库的peak calling，源代码保存在github上，链接如下
生信修炼手册
2020-05-07
1K
0
MR-base:高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站
emr
https
github
网络安全
git
通过孟德尔随机化研究，可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系， 比如使用的很广泛的两样本MR分析
生信修炼手册
2020-05-07
4.9K
0
Juicer:Hi-C数据处理分析的利器
https
github
网络安全
git
开源
通过Hi-C数据可以分析TAD,chromatin loops等染色质空间结构的基本单元，加强我们对染色质三维结构的认知。面对海量的Hi-C数据，如何高效完成数据分析成为了一个挑战。
生信修炼手册
2019-12-19
2.2K
0
CNCI:转录本蛋白编码潜能预测工具
github
https
git
开源
网络安全
CPC是一款使用率非常高的lncRNA预测软件，但是它也存在一些问题。利用二代测序得到的转录组数据，我们组装得到的转录本往往是不完整的，基于非全长的转录本去预测lncRNA，如果这个lncRNA和蛋白编码基因存在overlap,那么很容易造成误判；其次对于没有物种注释的物种，其效果也很差。
生信修炼手册
2019-12-19
2.1K
0
LDSC分析实战
github
git
开源
通过对单个表型的GWAS分析结果进行连锁不平衡回归分析，可以鉴定是否存在混淆因素，同时估计遗传力的大小；对于多个不同表型的GWAS分析结果进行分析，则可以计算表型间的遗传相似度。
生信修炼手册
2019-12-19
3.5K
0
GWAS分析中使用PCA校正群体分层
数据分析
https
github
网络安全
git
GWAS通过分析case/control组之间的差异来寻找与疾病关联的SNP位点，然而case和control两组之间，可能本身就存在一定的差异，会影响关联分析的检测。
生信修炼手册
2019-12-19
4K
0
点击加载更多
社区活动
腾讯技术创作狂欢月
“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！
立即发文
Python精品学习库
代码在线跑，知识轻松学
立即查看
博客搬家 | 分享价值百万资源包
自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼
立即体验
技术创作特训营·精选知识专栏
往期视频·千货材料·成员作品 最新动态
立即查看
领券
问题归档
专栏文章
快讯文章归档
关键词归档
开发者手册归档
开发者手册 Section 归档