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生信修炼手册

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HLAreporter : HLA分型软件简介

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从示意图可以看出，一个HLA Allel 可以分成四个字段，在加上最后的修饰后缀，共5个字段；在定义HLA 分型结果的分辨率时，会根据分型结果的最大位数来判断，如果只给出了字段一，即血清学分类的信息，代表是2位的分型结果；如果最多给出了字段二，即对应的蛋白信息，代表是4位的分型结果；如果最多给出了字段三，即CDS区信息，代表是8位的分型结果；如果分型结果给出了最后的后缀，代表是9位的分型结果。

生信修炼手册

2020-05-11

1.8K0

HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

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PCR-SBT方法是世界卫生组织WHO推崇的HLA 分型的金标准，其实就是指的直接测序，无论是WGS, WES, RNA_seq 数据都可以。近几年来涌现了很多的软件，支持从NGS测序数据直接确定HLA Allel, HLAminer 就是其中之一。

生信修炼手册

2020-05-11

1.1K0

minfi 分析甲基化芯片数据-数据导入篇

硬件开发 bash bash 指令 html https

如果要用这个包进行分析，首先需要在R中将我们的芯片数据读取进来，就是常说的import data。对于minfi 来说，其设计思路是通过读取SampleSheet.csv 文件，在事先约定好的目录结构中查找所有样本的原始数据，来自动化的读取所有样本的信息。

生信修炼手册

2020-05-09

1.3K1

Glimmer:识别微生物中的蛋白编码基因

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Glimmer软件采用马尔科夫模型识别微生物中的蛋白编码基因，主要是针对细菌，古菌和病毒。该软件由The Institute for Genomic Research(TIGR)开发，已经用于上千个细菌，古菌，病毒基因组的注释。

生信修炼手册

2020-05-08

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HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型

bash 指令 bash github git 开源

HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下

生信修炼手册

2020-05-08

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