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生信修炼手册

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整理NAD+代谢相关基因

数据库 sql https http 网络安全

来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法

生信修炼手册

2022-04-20

5100

scrapy实践之settings的配置

python scrapy http 数据分析

items定义了需要从网页中提取的结构化信息，middlewares称之为中间价，用于对request和response请求进行封装，pipelines用于对item近一步处理，比如去重等操作，而settings则用于设置各种信息。

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2020-11-25

6050

scrapy实践之中间件的使用

http scrapy selenium tcp/ip python

在scrapy框架中，Downloader Middlewares 称之为下载中间件，可以对爬虫的requests请求进行封装处理，典型的应用有以下3种

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2020-11-25

4790

IP代理在网络爬虫中的应用

tcp/ip 数据分析 api http 费用中心

通过用户代理我们可以将普通的爬虫程序伪装成浏览器，而IP代理的作用则是用于突破目标服务器对同一IP访问频率的限制。

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2020-11-02

3960

对图标的坐标轴进行调整

坐标轴包含了标题，刻度线，刻度标签等多个元素，通过对各个元素进行个性化调整，可以使得图片更加美观。在matplotlib中，包含了一系列函数，可以对各种元素进行调整

生信修炼手册

2020-08-28

1.5K0

点线图和阶梯图的画法

python matlab numpy http

在普通折线图的基础上，有两种特殊的折线图，分别是阶梯图和点线图，首先来看下阶梯图，下图是一个典型的生存曲线

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2020-08-20

1.8K0

使用python urllib进行网页爬取

网站爬虫自动化 http

编写一段程序，从网站上抓取特定资源，比如自动化的下载kegg colorful pathway的通路图，这样的程序就是一个基础的网络爬虫了。在python中，通过内置模块urlib, 可以实现常规的网页抓取任务。

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2020-05-28

1.8K0

CADD数据库简介

数据分析 http

衡量一个变异位点的影响时，通常都是给定一个变异类型，比如synonymous SNV 等，来表明其影响。CADD独创了一种打分算法，来衡量变异位点的有害程度。

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2020-05-11

3.3K0

ABSOLUTE评估肿瘤纯度

ABSOLUTE是评估肿瘤纯度的常用软件之一，它可以利用肿瘤样本的CNV和SNV等信息，对肿瘤纯度进行估计，该软件采用R语言进行编写。

生信修炼手册

2020-05-11

2.1K0

minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇

编程算法硬件开发 node.js http

在芯片分析中，使用探针的信号强度来衡量表达量，但是探针的信号强度会受到噪声的干扰，所以需要去除背景噪声。

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2020-05-11

1.6K0

beta 值和 M 值: 衡量样本甲基化水平的金标准

http node.js serverless

在甲基化芯片中，一次检测的是很多细胞的甲基化状态。对于某个CpG 位点来说，有些细胞的这个位点是甲基化的，而另外的细胞是非甲基化的。

生信修炼手册

2020-05-11

4.3K0

Circos 软件的安装详解

对象存储 http perl

circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。

生信修炼手册

2020-05-11

1.2K0

PolyPhen:分析人类非同义突变对蛋白质的影响

蛋白质是生命活动的基本单位，研究位于编码区的基因组变异，最重要的一点就是分析该变异是否会影响蛋白质的结构与功能。之前的文章中介绍了SIFT软件，本篇介绍另外一款软件PolyPhen-2。

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2020-05-11

3.2K0

ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

http actionscript 数据库 sql 存储

在研究SNP时，我们有类似1000G，HapMap, Exac 等数据库，提供了不同人群中的频率信息。对于HLA的研究而言，也有存储频率信息的数据库-ANFD。

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2020-05-11

1.2K0

HLA Epitope Registry-HLA抗原表位数据库

数据库 http sql 存储

抗原表位指的是抗原分子中决定抗原特异性的特殊化学基因，抗原通过抗原表位与对应的抗原受体想结合，从而引起免疫应答反应。一个抗原分子可以含有多个抗原表位，抗原表位的性质，数目和空间结构决定了抗原的特异性。

生信修炼手册

2020-05-11

9660

SIFT score 预测基因突变对蛋白质功能的影响

SIFT是Sortig Intolerant From Tolerant的缩写，是一款软件，基于氨基酸序列的同源性和物理性质来预测氨基酸的替换对蛋白质功能是否造成影响，用来评估基因变异的有害程度。

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2020-05-10

2.9K0

PubMeth: 癌症相关的甲基化基因数据库

http 数据库 sql c++

在DNA甲基化与疾病的研究中，最常见的一个问题就是，是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化。回答这样的问题，需要大量的文件检索工作。

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2020-05-09

5900

gnomAD 数据库简介

http 数据库 sql

gnomAD 是一个学术联盟组织，这个组织收集和整理了各种大规模的外显子和全基因组测序数据，并面向全世界免费开放。在它的第一个版本中，只包含了外显子测序的数据，称为Exome Aggregation Consortium(ExAc)。

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2020-05-09

2.7K0

KEGG API 用法详解下篇

http ide 数据库 sql

根据提供的kegg 标识符，返回特定的记录，多个标识符之间用+ 连接，一次最多允许10个标识符，格式如下

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2020-05-09

9110

KEGG API 用法详解上篇

http 数据库 sql 编程算法 php

对于大多数的数据库而言，API接口可以方便的从数据库中检索数据。kegg 数据库的API 链接如下：

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2020-05-09

6930

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