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文章/答案/技术大牛

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图形化开放式生信分析系统开发

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开箱即用版本满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV

相关代码和workflow文件可以访问笔者github项目地址或这gitee项目地址

SliverWorkspace

2023-10-07

7860

GATK Germline_SNP_INDEL_2.0 分析遗传病（耳聋）

容器镜像服务生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-12-12

7220

使用宏基因组的方法快速鉴定新冠病毒SARS-CoV2

容器镜像服务 html ssh 生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-12-07

1.3K0

新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Nanopore）

容器镜像服务网络安全 ssh 生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-11-30

8420

新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Illumina）

容器镜像服务生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-11-09

1K0

靶向分析流程(Pipeline)中的数据质控

从输出文件${sn}_fastp.json文件中获取过滤前后Q20,Q30比例,总的reads

SliverWorkspace

2022-08-28

6150

NMPA已注册肿瘤小Panel试剂盒生物信息学内容对比

Bwa 0.7 版本和GATK 3.4将fastq文件碱基比对至hg19（GRCh37）人类参考基因组上生成bam文件，并根据基因组坐标对bam文件进行排序，然后对基因组复杂区域进行序列比对优化。

SliverWorkspace

2022-08-13

5240

基于docker的生信基础环境镜像构建

容器镜像服务生物基因

这里参考snakemake的写法，每个分析步骤创建一个yaml文件，里面是用到的软件及版本。首次运行检测该步骤环境存在，不存在先安装软件初始化。

SliverWorkspace

2022-08-11

1.3K0

生信分析整合IGV对结果可视化比对和审核

1、编辑和加载参考基因组和需要比对的数据库文件，例子里用到了gnomad和clivar,还有refgene。

SliverWorkspace

2021-09-13

1.2K0

分析流程设计器校验规则优化

分析流程设计器校验规则优化，某些节点任务，作为终止任务不能有子任务，不能作为后续任务的输入节点。

SliverWorkspace

2021-08-31

5500

使用Gatk Germline spns-indels Pipeline分析遗传病(耳聋)

云计算生物基因

这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇，本文尝试使用Gatk Germline spns-indels Pipeline来分析遗传病（耳聋）数据这次没有拿到遗传病的室间质评的

SliverWorkspace

2020-09-11

1.1K0

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