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PGG.MHC--人类主要组织相容性复合体基因数据库和分析平台
一个可以进行在线HLA imputatation和关联分析的网站,要不要试试呢?有点疑惑的是并没有把HAN.MHC这个参考放上去,毕竟这个有1万人的样本量,应该相对更准确的。
用户1075469
2023-01-11
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娱乐版HLA分型网页升级了
之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄傲的事,因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的,数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟,这是谷歌中国网页框架,直接搬来的。
用户1075469
2020-06-23
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2019年主流测序仪参数对比
大浪淘沙,好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里,还余下几家大的公司屹立在市场上,有的正在垄断市场(Illumina),有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio),还有的是国产的希望(华大智造)。今天,让我们来再看一下它们主流机器的参数,来对比下机器的性能。
用户1075469
2020-03-03
1.2K0
做了个简陋的网页娱乐版HLA分型
可以用snp芯片数据实现HLA分型,任意的SNP芯片,只要位点数足够即可(几十万)。
用户1075469
2020-03-03
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探索一个消费级基因检测结果
最近生信技能树公众号抽奖,中了一个基因检测试剂盒,挺开心的,给我老婆检测了一下,恭喜她成为我们家第一个有基因检测数据的人。感谢陕西图灵生物的奖品。检测是采用消费级基因检测常用的snp芯片,60万左右的位点,拿到的结果大概有13M左右的样子。很友好地给了我原始数据,下面探索一下原始数据。
用户1075469
2020-03-03
4900
几个肠道微生物检测方法的对比
由安吉莉娜·茱莉助推的基因检测仍在持续火热,蓝海逐步成为红海。而早就有人把目光投向了肠道微生物群的检测,最近一段时间ncs的接力发表足以说明它的火热,检测公司国外有ubiome等,国内也有多家公司进行这个检测。下面,我们来管中窥豹,看看几个检测方法的比较,只说我用搜索引擎找到的公司,无任何偏好性。
用户1075469
2020-03-03
3K0
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