腾讯云开发者社区-腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

科技记者

专栏作者

170

文章

164113

阅读量

35

订阅数

中国人的GWAS填充参考之南医大和女娲参考

http 腾讯云开发者社区网站

前面的参考：在线snp imputation网站知多少（三个中国人参考）南医大参考

2022-11-08

4080

搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）

容器镜像服务 http https ubuntu windows

之前分享过一个 qiime2 studio 图形界面的笔记(QIIME2图形界面版（Q2STUDIO）），是 qiime2 团队自己造的轮子，不过最近 qiime2 团队好像转向了利用 galaxy 轮子QIIME 2 2021.4 发布（qiime2 支持 galaxy 啦），还把官方的宣传和安装视频转载到过公众号，不过之前没有加字幕，看起来还是有点困难的，重新加了中英文字幕并校对了下。

2022-11-08

9150

在线snp imputation网站知多少（三个中国人参考）

http https 网络安全

最近又搜索了下SNP imputation，发现随着中国人多个万人基因组项目的完成，我们自己的参考也已经建立，但是一般只局限在课题组内部，不公开，只提供了在线填充服务。不过，这也是极好的，如果样本不多可以考虑用一下，暂时发现有3个，基本上都类似于Michigan Imputation Server的模式。

2021-08-20

9280

ade4TkGUI可视化统计和绘图

gui http html 网站 windows

在学习肠型的时侯发现了这个包，发现有图形界面，于是学习和分享一下！内容基本翻译自官网：http://pbil.univ-lyon1.fr/ade4TkGUI/home.php?lang=eng 一

2020-06-16

4560

GWAS和群体遗传学笔记

最近听了菲沙基因的网课，记录一下！多数是其课程ppt的截图，如有侵权，立马删除。声明，和这个公司无利益相关，只是为了学习和分享知识。

2020-06-16

2.2K0

16S流程知多少

http 数据库 sql https 网络安全

16S流程的选择还真不少，除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。

2020-06-09

9310

ubiome类似数据dada2处理探索2

http https 网络安全 html 容器镜像服务

首先把usearch申请下载到工作目录，然后docker挂载到home，当然如果linux就直接省了这一步了，可以下载（安装）好直接使用。

2020-03-03

6190

画个草原之旅路线图

https github http 网络安全 git

这周的六天时间，去了祖国的内蒙古，体验了草原的辽阔，人民的好客，精准扶贫开发的进展。由于报了个以大巴车为主要交通工具的团，行程两千公里以上，跨越半个中国，我突发奇想觉得画个路线图是一个多么好玩的事，于是，我一路上用地图记录经过和几个大的地点，决定使用R语言来画个图看看。

2020-03-03

4910

肠型分析学习笔记

http r 语言 html

肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：

2020-03-03

1.2K10

SNP2HLA学习笔记

java http https github 网络安全

HLA基因，位于6号染色体上短臂上，长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统，有几十个基因座位，每个基因座位又有几十个等位基因，且呈共显性表达。由于MHC基因位于同一条染色体上，其多基因座位上的基因型组合相对稳定，很少发生同源染色体间交换，这就构成了以单元型（HAPLOTYPE，即在同一条染色体上紧密连锁的一系列等位基因的特殊组合）为特征的遗传。按中国人常见的A座位基因有13个，B座位基因有30个计算，可组成的单元型约有13×30＝390种之多。

2020-03-03

1.1K0

探索一个消费级基因检测结果

硬件开发 http 网站

最近生信技能树公众号抽奖，中了一个基因检测试剂盒，挺开心的，给我老婆检测了一下，恭喜她成为我们家第一个有基因检测数据的人。感谢陕西图灵生物的奖品。检测是采用消费级基因检测常用的snp芯片，60万左右的位点，拿到的结果大概有13M左右的样子。很友好地给了我原始数据，下面探索一下原始数据。

2020-03-03

4880

环境微生物学课题组揭示除草剂麦草畏微生物代谢机制及其应用前景

2016年7月15日，美国微生物学会（ASM）旗下杂志《应用与环境微生物学》（Applied and Environmental Microbiology）在线发表了南京农业大学生科院环境微生物学课题组关于麦草畏微生物降解机理的重要研究成果。论文题为《A Tetrahydrofolate-Dependent Methyltransferase Catalyzing the Demethylation of Dicamba in Sphingomonas sp. Strain Ndbn-20》(http://aem.asm.org/content/82/18/5621.short)。南京农业大学为第一署名单位、生科院姚利博士为第一作者、何健教授为通讯作者。麦草畏属于安息香酸系除草剂，对一年生和多年生阔叶杂草有显著防除效果，具有广谱高效、低毒和杂草抗性产生慢等优点，是孟山都研发的新一代抗除草剂转基因作物的靶标除草剂。目前的麦草畏脱毒酶基因（麦草畏脱甲基酶DMO）专利掌握在生物技术巨头孟山都手里，我国还没有麦草畏抗性基因产权，技术上受制于人。麦草畏在环境中的降解代谢过程尚不明确，制约了对其环境行为和生态毒理的研究。关于麦草畏的微生物降解机理的研究，目前只报道过一个关键基因和酶，因此关于其微生物的降解机理在基因水平及蛋白水平的研究相当匮乏。经过研究，该团队发现菌株Ndbn-20内存在着一个新型依赖四氢叶酸的脱甲基酶Dmt66，该酶以四氢叶酸为辅因子高效地将麦草畏降解为3,6-二氯水杨酸（3,6-DCSA）。本论文的研究结果揭示了一个新的麦草畏脱甲基机制。此外该团队与大北农生物技术有限公司合作，将编码dmt66核苷酸序列进行密码子优化后转录拟南芥中，大大提高了拟南芥对麦草畏的抗性。该研究为抗麦草畏转基因工程提供性能更优良的基因资源。

2020-03-03

4920

HLA NGS数据分析

主要是参考这个进行的，https://github.com/humanlongevity/HLA 其文章在这：http://www.pnas.org/content/early/2017/06/27/1707945114

2020-03-03

7810

没有更多了

社区活动

腾讯技术创作狂欢月

“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！

Python精品学习库

代码在线跑，知识轻松学

博客搬家 | 分享价值百万资源包

自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼

技术创作特训营·精选知识专栏

往期视频·千货材料·成员作品最新动态