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SAIGE用户手册笔记2

腾讯云测试服务编程算法

SAIGE-GENE（现在称为SAIGE-GENE+）采取两个步骤来执行基于集合的关联测试

2022-04-15

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Hail-GWAS教程笔记

主要参考自：Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述，重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试，并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。

2022-03-04

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第11章降维笔记

数据分析编程算法

去掉数据集中关联性不大和冗余的数据，确保不出现过度适应的前提下降低计算的成本，需要对特征进行无损规约，数学上叫降维。广泛用于模式识别、文本检索以及机器学习领域，主要分为两类，特征提取和特征筛选，前者是高维数据投影到低维空间，后者是特征子集代替原始特征集，包括特征分级和特征筛选，分级是找到优化后的特征子集。特征提取可以分成线性抽取和非线性抽取两种方法，前者是试图找到一个仿射空间能够最好的说明数据分布的变化，后者对高维非线性曲线平面分布的数据非常有效。线性特征的抽取方法：

2022-03-04

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第10章关联分析和序列挖掘笔记

数据库数据结构 sql 编程算法

关联分析是发现交易数据内有趣联系的一种方法，比如著名的“啤酒-尿布”。频繁序列模式挖掘，可以预测购买行为，生物序列等等。

2022-03-04

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第9章聚类笔记

不同于分类和回归，聚类不需要事先的任何参考分类信息，可以简单地通过判断数据特征的相似性来完成对数据的归类。

2022-03-04

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第7章模型评估笔记

trainControl中可以设置重采样的参数，指定boot\boot632\cv\repeatdcv\LOOCV\LGOCV\non\oob\adaptive_cv\adaptive_boot\adaptive_LGOCV等。

2022-03-04

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理解回归分析--机器学习与R语言实战笔记（第四章）

编程算法线性回归

回归是一种有监督的学习方式，用于建模分析一个独立变量（响应变量）和一个或多个非独立变量（预测变量）之间的关联。

2021-12-18

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分类I-树、延迟和概率笔记

分类算法编程算法决策树机器学习神经网络

这个数据集和书中的略有区别，不过应该是包含的关系，这个数据的样本更多，应该不影响的。扩展：split函数完成训练和测试的划分

2021-12-18

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QIIME 2 2021.11发布啦

https 网络安全 api github 编程算法

下一版计划于 2021 年2月(QIIME 2 2022.2)发布，请继续关注更新。

2021-12-18

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机器学习与R语言实战笔记（第三章）

这里记录下这本书里我之前不了解的内容，欢迎一起交流！向量的模式作者写了个函数来干这件事，我学习下，登上巨人的肩膀。我的理解，这个是相当于motif，计数最多的元素的意思。

2021-12-18

1.1K0

《写给系统管理员的Python脚本编程指南》笔记

qt 数据库管理编程算法 python json

从南图借的这本书，已经拖了好几个月没有读完了，加紧阅读和学习一下！前面3章的笔记记在了纸上，如果有可能拍照记录一下，后面还是电子记录下，纸质的不方便和保存和查阅，也不方便分享。书的配套代码，来自异步社区：https://box.lenovo.com/l/o5OgDR

2021-11-02

1.8K0

QIIME 2 2021.8到来啦

https 网络安全 html 编程算法

2.一个新工具:qiime tools cast-metadata，允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types

2021-11-02

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R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

grep 编程算法正则表达式 javascript

citation("ggplo2")取包引用信息，RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。

2021-07-05

1.7K0

ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

ggplot2可以用来创建优雅的图形，由于它的灵活，简洁和一致的接口，可以提供美丽、可直接用来发表的图形，吸引了许多用户，特别是科研领域的用户。ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数，并将其延伸为图形语法，即独立指定绘图组件，并将它们组合起来，以构建我们想要的任何图形显示。图形语法包含6个主要成分：data, transformations, element, scales, guide和 coordinate system。图层图形语法源于多层数据构建图形的想法。它定义了下表中的图形组分：data, aesthetic mappings, statistical transformations, geometric objects, position adjustment, scales, coordinate system 和 faceting（数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整、比例、坐标和面）。数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整形成一个图层，一个图可以有多个图层。

2021-07-05

4.9K0

r 语言缓存打包编程算法 https

这是《高效R语言编程》的学习笔记，前面的笔记在这里：https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/115349366 https://www.jianshu.com/p/71392ef45d01 很多R语言用户并不认为自己是程序员，我也是:)，精通专业知识，理解R语言的标准数据结构，但是缺乏正规编程训练，你是这样的吗？

2021-05-20

1.3K0

SMURF流程之q2-sidle（二）-- 序列重建

数据库 sql 编程算法

继续前面的文档学习，地址在这里啦！官方文档‎ SMURF 算法的核心是基于基于 kmer 的短区域重建到全长框架中。有两个步骤，首先是ASV在单个区域基于kmer进行比对，然后完整的序列集组装成重建的计数表。

2021-03-11

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R语言宏基因组学统计分析学习笔记（第三章-3）

数据分析线性回归编程算法

早在1897年，皮尔逊就警告说，在器官测量中使用两个绝对测量值的比值，可能会形成“伪相关”。自1920s以来，地质学的研究人员已经知道，使用标准的统计方法来分析成分数据可能会使结果无法解释。Aitchison认识到关于组成成分的每一个陈述都可以用成分的比率来表述，并开发出一套基本原理、各种方法、操作和工具来进行成分数据分析。其中，对数比变换方法被地质学、生态学等领域的统计学家和研究人员广泛接受，因为通过对数比变换，可以消除组成数据的样本空间（单纯性）受约束问题，并将数据投影到多元空间中。因此，所有可用的标准多元技术都可以再次用于分析成分数据。

2021-01-26

2.7K0

宏转录组学习笔记--另一个教程

数据库 sql 编程算法生物基因 typescript

这项工作已获得Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International协议的许可。这意味着您可以复制，共享和修改作品，只要结果以相同的许可证分发即可。本教程由Mobolaji Adeolu（adeolum@mcmaster.ca），John Parkinson（john.parkinson@utoronto.ca）和Xuejian Xiong（xuejian@sickkids.ca）制作。

2020-03-31

2.6K0

简单的snptest要不要学

机器学习神经网络深度学习人工智能编程算法

下载地址在这个网站 https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/snptest/snptest.html

2020-03-18

1.1K0

PRS多基因评分教程学习笔记(二）

之前学习了Base Data质控过程，下面继续，最近一直没有开启博客写作，十月将过，加紧补点。

2020-03-03

2.1K0

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