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R语言深度学习知多少

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深度学习，一直在了解之中啦！不过由于数学基础的问题，始终在门口徘徊，最近发现了一些有趣的内容，分享一下，希望大家都能早日入门！

2022-11-08

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QIIME2 2022.8来啦

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有多少小伙伴和我一样，一直期盼着Qiime2更新的，在月末，qiime2新版本终于发布啦！小编敲黑板：

2022-11-08

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开发了个在线绘图小站+github加速

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最近，和同事一起做了个绘图小站，刚刚起步，虽然只有两个图的画图功能，可能还存在bug，欢迎试用反馈呀！本着先上线，小步迭代的思想，决定把这个小站公布下，希望能坚持做下去。建站的方法比较简单，之前已经搭建好的lamp，外加上shiny server，使用shiny解决的啦，基于基本没有前端基础，审美也一般情况，于是就采用了一个还算美观的模块，把shiny App嵌入其中实现的，只是为了掩饰App的丑。估计小站没有什么流量，就用了自己搭建博客的小站，性能一般，画图应该几秒可以出来的，不过网页加载有点慢，请轻拍砖。如果有更多个性化绘图需求，请联系我们。

2022-11-08

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SAIGE用户手册笔记1

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群体遗传学领域，看起来华人（中国人）至少是占据前线的，至少很多软件的一作就是中国人的名字，至少活主要是我们干的。当然，也有很多华人（国人）大牛开发了史诗级别的软件，向勤劳的华夏人致敬！SAIGE 这个软件也是如此。最新更新了1.0版，一起来学习下新的软件文档。

2022-04-15

1.6K2

扩增子甲基化流程知多少

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最近涉猎了些扩增子甲基化的测序的内容，发现单就分析方面，就有不少的分析流程呢，一一列举一下！

2021-11-02

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《高效R语言编程》9、10--高效协作和学习

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本章主要是代码标准与技术的内容，需要安装的包是lubridate和dplyr，这些包用来演示良好的实践。高效协作的5条高级技巧：

2021-07-27

9360

QIIME 2 2021.2 版本发布啦

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提醒一下，我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布（QIIME 2 2021.4），但请继续关注更新。

2021-03-11

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SMURF-Science封面文章使用的16S新流程

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肠道微生物是近两年的研究热点，但是去年登上Science封面的是一篇研究肿瘤中的微生物的文章，另人眼前一亮，有些肿瘤即使没有与外界环境相通，也是有微生物的存在的。外行看热闹，内行要看看他是具体怎么进行研究的。

2021-02-15

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ngs进行HLA分型（二）

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发现这个软件之前的官网已经打不开，但是在github上仍然在更新，https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了工作？最近一次更新是2019.12.4，还是比较新的。发现wegene的NGS HLA分型报告是用的这个软件的参考文献，估计还是权威些的。

2020-11-11

8020

windows 安装 miniconda3 +jupyter lab ,使用系统R语言

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觉得jupyter+R挺配的，可以每块代码直接在下面输出结果，适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然，入门一门语言很可能不能靠一本书，而是需要多本书才能实现。

2020-10-23

1.3K0

生物信息学数据管理习题 Python3

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这是我两三年前学习过的一本书，我觉得这本书挺好，把生物学的问题直接在python学习中解决了，推荐给大家，之前还整理了习题代码，分享一下。之前分享在了github上，收获了10颗星，惭愧，已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来，如果你解答出来了，欢迎交流！代码有的肯定不是最优的，只是一种解答方法，可能有错误，也欢迎指正，谢谢！我坚信分享使我们快乐，加油！我是用python3完成的，当然二者区别也很小（目前我基本只认识到了print函数的区别），除非遇上那种多年不遇的bug。

2020-05-18

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使用nf-core的ampliseq（qiime2）流程分析16S数据

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最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具，发现官方有qiime2的流程，学习一下，顺便探索一下中间的坑。关于nf-core，这篇推文已经介绍的够多了，我这里主要学习它的搭建和使用。

2020-04-14

1.2K0

祖源探索"三步曲"

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最近探索了一下祖源的分析，从R语言代码分析所有染色体的祖源成分，到Y染色体和线粒体，大概是三步，和大家分享一下：

2020-03-03

1K0

使用R语言读取PUBMED存入MYSQL数据库

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最近，在科研狗网站看到了一个有趣的项目，使用R语言读取pubmed存入mysql数据库，之前报名没有报上，还是决心要跟着做一下，无奈R语言水平比较渣渣，只能复制别人的代码来用，悲剧的是，原代码复制过来还是报错，来一个小目标，把这段代码运行起来。花了两三天的功夫，终于实现了目标。

2020-03-03

3.4K0

使用jupyter lab愉快地编程

开源 kernel r 语言存储

最近发现生信技能树VIP论坛群里在讨论jupyter lab这么一个工具，内心想尝试一下，毕竟一个好工具或许就可以改变你的学习态度和进程，工欲善其事，必先利其器嘛。我使用了这个工具之后，感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然，手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。

2020-03-02

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