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文章/答案/技术大牛

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跟着NC学宏基因分析流程-冠状病毒与人类微生物组之间相互作用

数据库 sql https 网络安全数据分析

hello，hello！小伙伴们大家下午好，我是小编豆豆，前段时间给各位分享了一篇跟着NC学扩增子流程，这次再和大家分享一篇根据NC学宏基因组分析流程。

2023-01-11

8370

Biobanks生物银行知多少

https 网络安全

随着一批国家的生物银行的完成和结果公布，多个 Biobank 的 GWAS summary statistics 文件已经公开，这里列下不同国家的相关资源，这些资源基本是使用开源的pheweb工具进行数据公开的，多数开放数据下载。

2022-11-08

1.2K0

跟着NC学扩增子分析流程-海洋微生物多样性分析

数据分析腾讯云开发者社区 https 网络安全

前段时间小编为公司搭建扩增子分析流程，在nature communications 发现一篇扩增子分析的文章，文章的题目为：Biodiversity, environmental drivers, and sustainability of the global deep-sea sponge microbiome。文章主要论文为，使用16s扩增子分析，揭示地理距离、化学循环等因素对深海海绵中微生物物多样性的影响。

2022-11-08

3570

QIIME2 2022.8来啦

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有多少小伙伴和我一样，一直期盼着Qiime2更新的，在月末，qiime2新版本终于发布啦！小编敲黑板：

2022-11-08

3100

开发了个在线绘图小站+github加速

https github git 开源网络安全

最近，和同事一起做了个绘图小站，刚刚起步，虽然只有两个图的画图功能，可能还存在bug，欢迎试用反馈呀！本着先上线，小步迭代的思想，决定把这个小站公布下，希望能坚持做下去。建站的方法比较简单，之前已经搭建好的lamp，外加上shiny server，使用shiny解决的啦，基于基本没有前端基础，审美也一般情况，于是就采用了一个还算美观的模块，把shiny App嵌入其中实现的，只是为了掩饰App的丑。估计小站没有什么流量，就用了自己搭建博客的小站，性能一般，画图应该几秒可以出来的，不过网页加载有点慢，请轻拍砖。如果有更多个性化绘图需求，请联系我们。

2022-11-08

5340

qiime2官方视频教程

https 网络安全

自从最近发现qiime2推出了自己的官方视频教程，教程使用QIIME 2的Galaxy界面。为了让大家看得方便，就花了点时间搬运到了B站，并添加了AI双语字幕，然后人工校对了下，顺便学习了一遍。https://www.bilibili.com/video/BV18P4y1T7vU

2022-11-08

4160

打包你的脚本，做成个有图形界面的程序吧！

https 网络安全 python gui

最近想把一个写的几百行的脚本封装成一个 App，方便使用，于是进行了一番探索，在这里记录一下！

2022-05-25

6310

SAIGE用户手册笔记1

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群体遗传学领域，看起来华人（中国人）至少是占据前线的，至少很多软件的一作就是中国人的名字，至少活主要是我们干的。当然，也有很多华人（国人）大牛开发了史诗级别的软件，向勤劳的华夏人致敬！SAIGE 这个软件也是如此。最新更新了1.0版，一起来学习下新的软件文档。

2022-04-15

1.6K2

GWAS流程知多少-Hail

https 网络安全 html python

Hail是一个用于可扩展数据探索和分析的开源库，特别是基因组学，‎为各种规模的基因组分析提供强劲支持，云原生的基因组数据框架和批处理计算‎。Hail需要Python 3和Java 8 JRE[1]， GNU/Linux 还需要 C 和 C++标准库（如果尚未安装）。有关库的高级用法，请参阅概述[2]，有关全基因组关联研究的简单示例，请参阅GWAS 教程[3]，以及安装页面[4]以开始使用 Hail。

2021-12-18

7660

QIIME 2 2021.11发布啦

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下一版计划于 2021 年2月(QIIME 2 2022.2)发布，请继续关注更新。

2021-12-18

4080

扩增子甲基化流程知多少

github git 开源 https 网络安全

最近涉猎了些扩增子甲基化的测序的内容，发现单就分析方面，就有不少的分析流程呢，一一列举一下！

2021-11-02

4250

snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程

https 网络安全

发现搜索引擎是个神奇的东西，偶然想起的关键词一搜索，获得的就是意想不到的结果，我以imputation+qc搜索，就找到了snpQT（发音Snip Cute）这样一个神奇的工具/流程。这个流程的目的是让你的SNP cute，为处理人类基因变异提供了帮助：

2021-11-02

5500

QIIME 2 2021.8到来啦

https 网络安全 html 编程算法

2.一个新工具:qiime tools cast-metadata，允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types

2021-11-02

3620

在线snp imputation网站知多少（三个中国人参考）

http https 网络安全

最近又搜索了下SNP imputation，发现随着中国人多个万人基因组项目的完成，我们自己的参考也已经建立，但是一般只局限在课题组内部，不公开，只提供了在线填充服务。不过，这也是极好的，如果样本不多可以考虑用一下，暂时发现有3个，基本上都类似于Michigan Imputation Server的模式。

2021-08-20

9300

windows 安装 miniconda3 +jupyter lab ,使用系统R语言

r 语言开源 https 网络安全 git

觉得jupyter+R挺配的，可以每块代码直接在下面输出结果，适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然，入门一门语言很可能不能靠一本书，而是需要多本书才能实现。

2020-10-23

1.3K0

让windows 10 内置ubuntu（WSL）成为扩增子分析生产力

https 网络安全 linux ubuntu windows

先提示下，由于现在大部分电脑的win10版本是1903或者更低，wsl的性能相比2004版本的wsl2有一定差距。据说前者不是真正的linux内核，后者才是。又据说2004版本bug挺多，暂时没有升呢。

2020-08-13

1.3K0

QIIME2又双叒叕更新了

https 网络安全 api tcp/ip

提醒一下，我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布（QIIME 2 2020.8），但请继续关注更新。

2020-07-06

8540

娱乐版HLA分型网页升级了

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之前做了一个简单的网页，使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据，当然准确性不咋的，也就玩玩，上线后为大约100+人提供了服务，这是伯值得骄傲的事，因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的，数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟，这是谷歌中国网页框架，直接搬来的。

2020-06-23

7050

16S流程知多少

http 数据库 sql https 网络安全

16S流程的选择还真不少，除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。

2020-06-09

9310

宏转录组学习笔记（二）

https html 网络安全 php

继续前面的学习，前面已经把软件安装完成，数据库准备好，下面就是分析的过程了，基本上按照原文的命令进行的，由于教程中没有给出tara_f135_full_megahit.fasta这个文件，这里我们就把这几个样本的组装提到了前面，自己组装获得这个序列，然后再进行物种注释。

2020-03-31

1.3K0

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