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小明的数据分析笔记本

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997332

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R语言ggplot2散点图如何使用更多的形状

aes data frame ggplot2 数据

如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes/ggstar.html

2024-04-23

120

有趣的数据可视化:R语言ggplot2包画云雨图展示不同地质时代恐龙的体长

median 数据数据分析数据可视化 ggplot2

https://www.kaggle.com/datasets/kjanjua/jurassic-park-the-exhaustive-dinosaur-dataset?resource=download

2024-04-22

240

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2画图展示基因树的拓扑结构冲突

title 函数 ggplot2 label size

https://doi.org/10.1038/s41588-024-01683-0

2024-04-15

1010

R语言ggplot2画棒棒糖图展示KEGG富集分析结果

论文数据 data ggplot2 scale

https://www.nature.com/articles/s41588-024-01683-0

2024-04-15

490

R语言ggplot2折线图/散点图/作图添加水印

数据分析 ggplot2 公众号函数数据

在小红书看到有的人直接截我公众号的图发，所以想看看能不能在图上添加水印，我搜索了一下看有没有现成的R包可以直接做这个事情。找到了一个R包 tracee

2024-04-15

1000

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2甜甜圈图包裹饼图

data ggplot2 legend 论文数据

https://www.nature.com/articles/s41477-024-01654-7

2024-04-03

990

4种方法实现ggplot2的aes()中的变量替换

data ggplot2 变量数据 aes

ggplot2里aes()可以用tidyselect风格去选择变量做映射绘图，那么这种情况下如何实现「变量替换」呢？

2024-04-03

700

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2分组散点图添加置信区间/图片上插入表格

数据 ggplot2 表格论文配色

https://www.nature.com/articles/s41477-024-01654-7

2024-04-03

1060

Centromics 软件鉴定可能的着丝粒区域

line 表格论文软件数据

Centromics software (https://github.com/ShuaiNIEgithub/Centromics) was used to identify centromeres

2024-03-22

1170

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2堆积柱形图组合饼状图

element ggplot2 text 论文数据

https://www.nature.com/articles/s41467-024-45739-5

2024-03-22

990

R语言利用cds序列计算kaks值

github https list 论文软件

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.27.582236v1.abstract

2024-03-12

1380

使用StainedGlass的输出结果用R语言自己画三角形热图展示着丝粒的位置

data na polygon 函数数据

代码链接 https://mrvollger.github.io/StainedGlass/ https://github.com/mrvollger/StainedGlass

2024-03-04

1091

答读者问：R语言ggplot2做折线图的几个细节

数据 data ggplot2 scale 函数

ggplot2里画折线图的函数是geom_line()，这个函数是按照y值的大小从左往右，如果要实现上图所示折线的方向可以向左拐，可以使用geom_path()函数，比如

2024-03-04

1430

跟着Plos Genetics学数据分析：LTRpred流程注释完整的LTR（1）安装篇

脚本镜像论文数据数据分析

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370

2024-03-01

1130

跟着Plos Genetics学数据分析：LTRpred流程注释完整的LTR（2）运行示例数据

数据分析 file 函数论文数据

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370

2024-02-23

630

结合深度学习和隐马尔可夫模型的真核生物基因组基因注释工具Helixer

论文模型深度学习生物基因工具

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.02.06.527280v2

2024-02-23

830

R语言packcircles包画圆堆图（circle packing chart）展示美国不同年龄段在情人节送的礼物的不同

数据可视化 aes data 基础数据

这个圆堆图（circle packing chart）之前有人问过，但是当时也不知道是如何实现的。今天看到一个很有意思的数据可视化案例：画圆堆图展示美国不同年龄段在情人节送的礼物的不同

2024-02-23

940

python脚本根据抗病基因ID和所有基因的bed文件鉴定抗病基因簇

系统 python 脚本论文数据

植物里的抗病基因更倾向于成簇存在，分析抗病基因家族通常也会分析成簇存在的或者单个存在的抗病基因的比例，之前想自己写脚本统计这个数据，但是怎么写代码一直没有想明白，最近看论文

2024-02-23

1180

R语言包regioneR可以用来统计检验两个基因组特征是否相关

function overlap 论文数据统计

The R-package regioneR v1.8 (Gel et al., 2016; R Core Team, 2016) was used to test resistance genes and genes exhibiting PAV and transposable elements for association using 500 permutations. For PAV association, the evaluation function numOverlaps was used to check whether the number of gene overlaps is higher than expected. For TE association, the evaluation function meanDistance was used since we do not expect TEs to overlap with RGA candidates due to repeats having been masked during the annotation process

2024-02-23

1090

如何使用R语言ggtree包在进化树上标记自己取样测序的样本

tree 论文数据 alpha scale

随着三代测序技术的发展和测序成本的下降，现在基于三代测序数据组装基因组做泛基因组的研究越来越多。虽然测序成本降低了许多，但也是相对于之前，做大规模的测序组装的费用也是非常昂贵的，现在通常的做法是如果做了大规模的二代测序，通常会利用这些数据做的进化树，然后根据进化树的分布在每一个类群里选取一些有代表性的个体去做三代测序组装。比如大豆cell发表的泛基因组论文，就是从2000多份材料里选择26份有代表性的材料。

2024-02-23

930

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