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小明的数据分析笔记本

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使用RNA-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

存储文件存储 github https git

https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installation

2023-01-06

5120

跟着Nat. Biotechnol.学作图:R语言ComplexHeatmap热图展示TCGA-BRCA数据集概况

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https://www.nature.com/articles/s41587-022-01440-w#data-availability

2023-01-06

3810

跟着Oncogene学作图：R语言gggenomes画桑基图（共线性图）

github https git 开源网络安全

https://www.nature.com/articles/s41388-021-02054-3

2023-01-06

1K0

泛基因组文献007~Genome Biology 玉米泛基因组

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https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-022-02742-7#availability-of-data-and-materials

2023-01-06

6250

推荐很好的R语言ggplot2科研数据可视化参考资料

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https://z3tt.github.io/beyond-bar-and-box-plots/

2023-01-06

2560

一个好玩的R包~namedropR~将引用的参考文献转换成图片，方便在ppt上展示

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https://github.com/nucleic-acid/namedropR

2023-01-06

5200

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果

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https://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8#Sec23

2023-01-06

2920

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2绘制带有条纹的分组柱形图

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https://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3

2023-01-06

4530

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggpairs散点图一次性展示很多个主成分/拼图

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https://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w

2023-01-06

5010

跟着Nature ecology&evolution学python：toytree模块画进化树

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https://www.nature.com/articles/s41559-022-01823-x#data-availability

2023-01-06

4610

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点

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https://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w

2023-01-06

4210

跟着Nature Ecology&Evolution学作图:R语言ggmsa包展示多序列比对结果

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https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability

2023-01-06

5580

跟着Nature学作图：R语言pheatmap包做热图并添加文本标注

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https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP

2023-01-06

1.9K0

跟着Nature学作图：R语言ggplot2画误差线展示广义线型模型比值比（odds ratio）

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2023-01-06

3270

跟着Nature学作图：R语言ggridges包绘制山脊图

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2022-05-23

1.2K0

跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加误差线

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2022-05-23

2K0

流程管理工具snakemake学习笔记杂记

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这里rule all的作用还是没有搞明白，看有的文档说是最终保留的文件，我这里rule all 只写了了最终的html和json，但是最终的结果里是有过滤后的fastq文件的

2022-05-23

8390

跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图、小提琴图、抖动散点图

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2022-05-23

3.1K0

18本R语言相关在线电子书~总有一款适合你

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1、https://jhudatascience.org/tidyversecourse/ Tidyverse Skills for Data Science 主要介绍tidyverse的 📷 image.png 2、http://khannay.com/StatsBook/ Introduction to Statistics and Data Science 介绍了R语言的基本知识，还有很多关于统计的例子 📷 image.png 3、https://www.crumplab.com/psyc7709_2

2022-05-23

8800

跟着Nature学作图：R语言corrplot包画热图展示相关系数

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2022-05-23

1.5K0

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