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小明的数据分析笔记本

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R语言ggplot2绘制曼哈顿图展示GWAS分析的结果

存储 ggplot2 函数软件数据

之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径population.genomics/gwas/NG.tomato/at/)。

2023-09-21

5370

使用RNA-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题（计算集群slurm）

存储文件存储 github https git

https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installation

2023-01-06

5150

Dell R730安装Ubuntu 18.04的过程

https 网络安全 ubuntu linux 存储

我下的是这个 https://ftp.sjtu.edu.cn/ubuntu-cd/18.04/ubuntu-18.04.5-desktop-amd64.iso

2021-02-05

1.5K0

R语言做K均值聚类的一个简单小例子

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k均值聚类是一种比较常用的聚类方法，R语言里做k均值聚类比较常用的函数是kmeans()，需要输入3个参数，第一个是聚类用到的数据，第二个是你想将数据聚成几类k，第三个参数是nstarthttps://www.datanovia.com/en/lessons/k-means-clustering-in-r-algorith-and-practical-examples/

2020-09-29

2.1K0

南京林业大学正版win10系统安装

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我安装 windows10 系统软件下载地址 https://net.njfu.edu.cn/c10/index.html 下载iso文件使用UltralSO软件制作U盘启动盘 UltralSO软件下载地址大家可以自行在网上搜索或者在我的公众号小明的数据分析笔记本留言制作U盘启动盘的步骤https://blog.csdn.net/yinjun151/article/details/50909731 我自己的电脑是华硕Y581c，开机后选择U盘启动是按esc键，大家可以根据自己

2020-03-03

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