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文章/答案/技术大牛

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单细胞天地

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最新Demo||百创S3000空间转录芯片Demo数据

软件数据芯片性能研发

根据得到的单细胞分割结果，对数据部分特征性的cluster进行了注释，脑区中注释得到了包括：可分化为神经元和星形胶质细胞的少突胶质祖细胞，参与血脑屏障的周细胞，少突胶质细胞，星形细胞，中间神经元，三叉神经细胞，在胚胎发育和出生后生活的不同时期，发育大脑皮层边缘区/I层和未成熟海马体中的形态和分子上不同的产生细胞类型的Cajal Retzius细胞，内皮细胞，Ependymal细胞，神经干细胞/前体细胞，小胶质细胞，成纤维细胞，神秘的松果体细胞，光感受细胞，脉络丛细胞。

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2024-04-19

90

细胞鉴定曲线图理解

可视化排序数据数据分析对象

一般得到10X Genomics的下机数据之后，我们需要使用Cellranger软件进行上游数据的处理，并且生成网页报告。

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2024-04-19

140

神经调节蛋白4通过抑制肿瘤易发的肝脏微环境抑制NASH-HCC的发展

数据统计 cell 编程集群

文章标题：《Neuregulin 4 suppresses NASH-HCC development by restraining tumor-prone liver microenvironment》

生信技能树jimmy

2024-04-19

90

单细胞分析揭示协同作用的肿瘤微环境动态有助于确定胰腺癌的亚型

模型数据网络工作基础

背景：胰腺导管腺癌（PDAC）样本的bulk RNA 分析因肿瘤微环境（TME:即来自成纤维细胞、内分泌、外分泌和免疫细胞的信号）而变得复杂。虽然已经建立了具有预后意义的肿瘤和基质亚型，但对驱动不同免疫和基质图谱的潜在信号的理解仍然不完整。

生信技能树jimmy

2024-04-19

100

一行代码就能发生信顶刊的GPTCelltype做单细胞亚群注释

测试对象接口数据 chatgpt

其实文章所演示的研究者们开发的GPTCelltype做单细胞亚群注释这个过程，我们自己也是在chatGPT界面操作过，就是拿到了各个单细胞亚群的基因后的跟chatGPT普通的对话而已：

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2024-04-15

1140

学徒作业|GSE217845-胰腺癌中的巨噬细胞细分亚群

数据 height int table width

学徒作业的要求是：从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后，继续细分降维聚类拿到里面的巨噬细胞，然后继续细分巨噬细胞看看能否复现文章里面的：

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2024-04-15

1300

scanpy的UMAP可视化高级版

map 可视化数据 data embedding

在进行UMAP可视化时，经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化，但是有时不能画出我们想要的结果，这时应该怎么办呢？

生信技能树jimmy

2024-04-15

1290

瘫痪后恢复行走能力的神经元研究

机器人 data 设计数据系统

文章标题：《The neurons that restore walking after paralysis》

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2024-04-15

650

单细胞测序最好的教程（十六）：关于RNA速率你想知道的都在这

深度学习 velocity 教程模型数据

单细胞数据集允许以高分辨率研究如早期发育等生物过程。虽然对一个细胞进行测序后，它就被破坏了，因此其定义特性不能在以后的时间点再次测量，但是我们可以通过快照来研究不同状态的细胞。此外，值得注意的是，传统的实验技术不仅不能在不同的时间测量细胞的一般特性，而且也未能测量这些细胞变化发生的速度。但是我们却可以通过轨迹推断（TI）领域的工具来恢复细胞的状态空间。但是传统的算法仅从细胞相似度以及表达矩阵两个维度去衡量，一定程度上缺失了相关内容。

生信技能树jimmy

2024-04-15

1310

单细胞测序最好的教程（十五）：最具代表性的拟时序计算模型合集

模型数据算法教程连接

单细胞测序技术提供了生物组织的高分辨率测量[Islam等人，2011年]，[Hwang等人，2018年]。研究人员可以通过单细胞测序的方法来理解细胞异质性[Briggs等人，2018年]，[Sikkema等人，2022年]以及生物过程的动态[Jardine等人，2021年]，[He等人，2022年]。例如量化细胞命运以及识别驱动该过程的基因。然而，我们在测序的时候，细胞会直接死亡，无法再继续发育，因此，我们所获得的单细胞测序数据，如同照相机的照片一样，仅是一张快照，但是这一张快照上包含了不同时间点的细胞，因此，我们可以从这张快照上估计细胞潜在的动态过程。

生信技能树jimmy

2024-04-15

1670

人类乳腺的正常、癌前和肿瘤状态单细胞RNA表达图谱

集群数据服务器函数基础

文章标题：《A single‐cell RNA expression atlas of normal, preneoplastic and tumorigenic states in the human breast》

生信技能树jimmy

2024-04-03

910

早期外周血 MCEMP1 和 HLA-DRA 可作为重度和轻度 COVID-19 患者的早期预后生物标志物

框架事件数据队列开发

背景：重症的可靠预后生物标志物可作为重症 COVID-19 复发的早期指标，以及对患者进行抗病毒治疗的分类。

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2024-04-02

1330

如何利用文献中的细胞注释信息

matrix txt 变量对象可视化

首先是读入seurat对象和文章中的注释信息。sce.all_int.rds为按照生信技能树降维聚类分群代码流程得到的seurat对象。关于文章提供的细胞注释信息下载和整合详见推文：降维聚类分群的umap图真的重要吗

生信技能树jimmy

2024-04-01

1230

这张芯片将开启空间转录组学研究新时代！

产品行业芯片性能研发

目前，国内已有多家企业拥有自主研发的空间转录组学芯片产品。例如，百创自主研发的S1000、以及华大时空组学技术 Stereo-seq和国外公司10X Genomics空间转录组芯片，相较于之前产品，此处发布的百创S3000在多方面显现出了更为卓越的优势。

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2024-04-01

1040

人类纹状体胶质细胞在AD和PD特异性神经变性的差异

ast 对象数据异常数据分析

文章标题：《Human striatal glia differentially contribute to AD- and PD-specific neurodegeneration》

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2024-04-01

750

单细胞数据揭示两种巨噬细胞亚型及其预测胃腺癌免疫治疗和预后的相关预后因素

模型数据系统数据库工具

背景：胃腺癌（STAD）表现出严重的肿瘤异质性，这带来了巨大的治疗挑战。单细胞测序技术是鉴定特征细胞类型的有力工具。

生信技能树jimmy

2024-04-01

1370

玩转scanpy和seurat对细胞群基因集打分和可视化基因集富集情况

可视化数据终端数据挖掘 data

在进行单细胞数据挖掘过程中，为了探明细胞亚群基因集的富集情况，通常会对细胞亚群进行基因集打分。通过对细胞亚群进行基因集打分，再通过画图可视化展示，可以看清各个细胞亚群的基因集富集情况，下面我们使用示例数据集通过scanpy和seurat进行基因集打分演示。

生信技能树jimmy

2024-04-01

1500

你离在science发表文章还差4个单细胞数据项目

数据分析模型数据同步

文章关心的是Atrial fibrillation (AFib) 这个疾病，纳入了病人样品和对照样品，如下所示：

生信技能树jimmy

2024-04-01

1210

实战探究五个参数对UMAP图可视化的影响

pca 可视化连接数据 min

这篇推文的目的是探索一些重要参数对后续分群UMAP可视化的影响。参数主要考虑：高变基因个数；pca维数；UMAP中的n_neighbors，min_dist和dims参数。影响主要看T细胞和B细胞是否分开。

生信技能树jimmy

2024-04-01

1580

单细胞RNA测序揭示了胶质母细胞瘤进展过程中免疫景观的演化

该研究通过运用scRNA测序技术，深入探索了胶质母细胞瘤（GBM）发展过程中的免疫微环境。在这种无法治愈的原发性恶性脑癌中，发现了大量的促肿瘤免疫成分。研究表明，在GBM的发展早期，存在一种促炎症的小胶质细胞亚群。然而，在肿瘤晚期，发现抗炎免疫细胞和促肿瘤的骨髓来源的抑制细胞MDSC的出现。这种演变过程与血脑屏障的破坏以及表皮生长因子受体阳性GBM细胞的广泛增长有着相似的特征。在低级别胶质瘤和GBM的患者活检样本中，也发现了微胶质细胞和巨噬细胞之间的类似关系。此外，本文研究了标准治疗方法特莫唑胺和放疗对小鼠GBM免疫组成的影响。结果显示，特莫唑胺能够降低骨髓来源的抑制细胞的积累，而同时给予特莫唑胺和辐射治疗则会增加肿瘤内的GranzymeB+ CD8+T细胞，但也会增加CD4+调节性T细胞的数量。

生信技能树jimmy

2024-03-22

870

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