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化脓性汗腺炎和银屑病单细胞数据复现2-小提琴图复现
int
text
数据
axis
element
生信菜鸟团
2024-04-18
62
0
【孟德尔随机化】GTEx数据和gwas数据可以直接MR吗?
file
merge
na
数据
data
生信菜鸟团
2024-04-18
81
0
Alevin — 更快的单细胞定量
二进制
内存
数据
索引
线程
Alevin 是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据设计的软件工具,它是Salmon软件的一个组成部分,由Rob Patro及其研究团队开发。其具有以下特性
生信菜鸟团
2024-04-18
86
0
Nature单细胞亚群特征基因气泡图复现
排序
配色
数据
data
函数
今天给大家复现上次提到的Nature文章中对单细胞不同亚群的特征基因进行展示的气泡图。
生信菜鸟团
2024-04-18
82
0
R tips:monocle安装调试
调试
源码
bug
对象
函数
如果使用monocle(非monocle3)进行轨迹分析的话,由于这个包比较古老了,年久失修,所以monocle的函数则大概会报一个错误“Error: the condition has length > 1”。 本文会叙述一下修复此bug的过程。
生信菜鸟团
2024-04-18
79
0
【孟德尔随机化】代码分享:用循环代替大海捞针
数据
索引
字符串
list
变量
这里我用了一篇文章的补充材料提供的暴露作为示例Phenome-wide Mendelian randomisation analysis of 378,142 cases reveals risk factors for eight common cancers | Nature Communications
生信菜鸟团
2024-04-11
230
0
BD Rhapsody上游定量流程
产品
数据
存储
location
project
单细胞技术的核心是能够从单一细胞获取高通量的基因表达数据。与传统的基因表达分析相比,它不是测量一个样本中成千上万细胞的平均表达,而是能够揭示个别细胞之间的差异,这对于理解组织中的微环境、细胞类型的多样性及其功能至关重要。而对于单细胞转录组学技术,除了大火的10X单细胞技术以外,另一个就是由 Becton, Dickinson and Company开发的BD Rhapsody 。BD Rhapsody 系统通过以下几个主要步骤来实现单细胞转录组分析:
生信菜鸟团
2024-04-11
130
0
PRGdb:植物R基因数据库
数据库
工具
可视化
软件
数据
全世界近40%的作物产量因病虫害而损失,植物育种家和研究人员在寻找与植物抗病机制有关的基因方面付出了巨大的努力。植物通过进化发展出了识别潜在病原体和捕食者的能力,并激活防御机制来对抗它们。这些机制的激活是基于 病原体识别基因(PRGs) 编码的特定受体。但是通常植物与病原体相互作用的知识是通过对单个基因的研究获取的,而疾病反应是由高度连接的基因网络以及各种过程和途径之间共同调节的。
生信菜鸟团
2024-04-11
115
0
BD单细胞测序数据分析流程(全)
教程
数据
数据分析
input
对象
BD和10x是两种常见的单细胞测序技术平台。我们已经分享了很多的10x 测序的教程。
生信菜鸟团
2024-04-11
145
0
血液中的癌症信号:ctDNA揭秘ESCC免疫疗效
数据库
数据分析
数据处理
工具
数据
ESCC 占食管癌 80% 以上,临床数据显示,在进行根治性放化疗 CRT 之后,3年生存率 OS 小于 50%,虽然PD-1 抑制剂联合化疗被推荐作为晚期 ESCC 的一线治疗方法,但大约40%的患者有残留病灶。ctDNA 作为检测微小残留病 (MRD) 的生物标志物以及指导根治性手术后辅助治疗的作用已被广泛接受,且 TMB也已经被作为免疫治疗的预测生物标志物。因此,作者开展研究 EC-CRT-001 ,旨在研究 ctDNA 和 bTMB 是否可以预测接受确定性 CRT 联合特瑞普利单抗治疗的局限性 ESCC 患者的缓解和复发。
生信菜鸟团
2024-04-11
96
0
日光性皮炎和银屑病单细胞数据集复现
data
input
int
可视化
数据
单细胞转录组学表明,IL-17A/F 在日光性皮炎和银屑病中具有不同的上游驱动力。
生信菜鸟团
2024-04-11
75
0
【PheWAS-based MR】肥胖与受教育程度之间不同的因果效应机制
集合
https
教育
com
从字面意义上来说,G是基因组,P是表型组。G的最小单位可以被视为一个SNP,而P的最小单位则是一个表型,相当于≥1个SNP的集合所代表的性状,可以是疾病,也可以是疾病的某一个病理指标。
生信菜鸟团
2024-04-11
82
0
VEP — 高效的变异注释工具
数据
数据库
缓存
插件
工具
Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) 是由欧洲生物信息研究所(European Bioinformatics Institute, EMBL-EBI)开发的一个高效的基因变异注释工具。VEP是一个强大的工具,其具有以下特性:
生信菜鸟团
2024-04-11
166
0
上传测序数据到CNCB数据库(国家生物信息中心)
数据
系统
数据库
登录
软件
测序数据可以上传 到CNCB(China National Center for Bioinformation,国家生物信息中心) ,是中国自己的数据库,直接替换NCBI。由于其相比于NCBI,很多功能并未被许多学者所熟知,因此,这里我们带大家了解一下这一数据的使用!
生信菜鸟团
2024-04-11
218
0
SCLC某两个基因共表达情况
data
frame
width
数据
数据库
哦转换完ID之后发现这个数据集没有我想要的两个基因; 换一个,随便搜了几篇文章里所使用到的数据集: ①GSE6044和GSE40275 ②GSE43346和GSE6044 ③GSE6044和GSE11969 ④GSE40275,GSE1037,GSE44447 综合多个数据集的数据可以看到,DLL3在小细胞肺癌中高表达。
生信菜鸟团
2024-04-11
80
0
全网首发 | Visium HD空转数据开箱测试
测试
可视化
内存
数据
crc
2024年1月份,10X公司预告了一个新技术10X Visium HD,分辨率可达2 μm,可实现单细胞分辨率的全转录组空间分析,并且可实现连续的组织覆盖率。千呼万唤始出来,10X官网在前几天公开了2个10X Visium HD测试数据,分别是
生信菜鸟团
2024-04-11
207
0
scDNAseq 拷贝数变异分析肿瘤克隆进化
数据处理
可视化
模型
事件
数据
HCC 约占肝癌的 80%,因存在肿瘤异质性 ITH 而导致疗效有限,目前还缺乏单细胞层面的 HCC 肿瘤异质性图谱。而基因组不稳定引起的拷贝数改变 (CNA) 是 ITH 的主要来源。
生信菜鸟团
2024-04-11
72
0
配置VScode server 进行python/C/C++语言的远程分析和开发
server
开发
配置
c++
python
安装 Chinese (Simplified) Language Pack for Visual Studio Code插件
生信菜鸟团
2024-04-11
186
0
【孟德尔随机化和共定位】文献分享:青光眼的致病基因和细胞类型
统计
异常
工具
框架
数据
这篇文章中,作者将GTEx 的eQTLs和sQTLs、视网膜 的eQTLs和Hi-C,以及青光眼相关眼组织的single-nucleus RNA-seq数据与 POAG 和 IOP 的遗传关联结合起来,以确定可能在 POAG 病因学中发挥重要作用的调控机制、基因、通路和细胞类型。
生信菜鸟团
2024-04-11
165
0
Singularity — 生信流程搭建好帮手
数据
容器
安全
权限
软件
Singularity 是一个容器平台,专为科学计算和数据密集型应用设计。最初是由 Gregory Kurtzer 在 2015 年创立的。Gregory Kurtzer 有着深厚的高性能计算背景,并且在开源社区中有着广泛的贡献。他意识到现有的容器解决方案不能很好地满足科学计算社区的需求,特别是在安全和易用性方面。因此,他创建了 Singularity,目标是提供一个既安全又高效的容器解决方案,特别是为了满足科研和企业中对高性能计算需求。其优势如下:
生信菜鸟团
2024-04-11
120
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