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生信菜鸟团

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【孟德尔随机化】代码分享：用循环代替大海捞针

数据索引字符串 list 变量

这里我用了一篇文章的补充材料提供的暴露作为示例Phenome-wide Mendelian randomisation analysis of 378,142 cases reveals risk factors for eight common cancers | Nature Communications

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2024-04-11

1670

BD Rhapsody上游定量流程

产品数据存储 location project

单细胞技术的核心是能够从单一细胞获取高通量的基因表达数据。与传统的基因表达分析相比，它不是测量一个样本中成千上万细胞的平均表达，而是能够揭示个别细胞之间的差异，这对于理解组织中的微环境、细胞类型的多样性及其功能至关重要。而对于单细胞转录组学技术，除了大火的10X单细胞技术以外，另一个就是由 Becton, Dickinson and Company开发的BD Rhapsody 。BD Rhapsody 系统通过以下几个主要步骤来实现单细胞转录组分析：

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2024-04-11

1130

PRGdb：植物R基因数据库

数据库工具可视化软件数据

全世界近40%的作物产量因病虫害而损失，植物育种家和研究人员在寻找与植物抗病机制有关的基因方面付出了巨大的努力。植物通过进化发展出了识别潜在病原体和捕食者的能力，并激活防御机制来对抗它们。这些机制的激活是基于病原体识别基因(PRGs) 编码的特定受体。但是通常植物与病原体相互作用的知识是通过对单个基因的研究获取的，而疾病反应是由高度连接的基因网络以及各种过程和途径之间共同调节的。

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2024-04-11

1030

BD单细胞测序数据分析流程（全）

教程数据数据分析 input 对象

BD和10x是两种常见的单细胞测序技术平台。我们已经分享了很多的10x 测序的教程。

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2024-04-11

1040

血液中的癌症信号：ctDNA揭秘ESCC免疫疗效

数据库数据分析数据处理工具数据

ESCC 占食管癌 80% 以上，临床数据显示，在进行根治性放化疗 CRT 之后，3年生存率 OS 小于 50%，虽然PD-1 抑制剂联合化疗被推荐作为晚期 ESCC 的一线治疗方法，但大约40%的患者有残留病灶。ctDNA 作为检测微小残留病 (MRD) 的生物标志物以及指导根治性手术后辅助治疗的作用已被广泛接受，且 TMB也已经被作为免疫治疗的预测生物标志物。因此，作者开展研究 EC-CRT-001 ，旨在研究 ctDNA 和 bTMB 是否可以预测接受确定性 CRT 联合特瑞普利单抗治疗的局限性 ESCC 患者的缓解和复发。

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2024-04-11

930

日光性皮炎和银屑病单细胞数据集复现

data input int 可视化数据

单细胞转录组学表明，IL-17A/F 在日光性皮炎和银屑病中具有不同的上游驱动力。

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2024-04-11

670

【PheWAS-based MR】肥胖与受教育程度之间不同的因果效应机制

集合 https 教育 com

从字面意义上来说，G是基因组，P是表型组。G的最小单位可以被视为一个SNP，而P的最小单位则是一个表型，相当于≥1个SNP的集合所代表的性状，可以是疾病，也可以是疾病的某一个病理指标。

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2024-04-11

660

VEP — 高效的变异注释工具

数据数据库缓存插件工具

Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) 是由欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute, EMBL-EBI）开发的一个高效的基因变异注释工具。VEP是一个强大的工具，其具有以下特性：

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2024-04-11

1380

上传测序数据到CNCB数据库（国家生物信息中心）

数据系统数据库登录软件

测序数据可以上传到CNCB（China National Center for Bioinformation，国家生物信息中心），是中国自己的数据库，直接替换NCBI。由于其相比于NCBI，很多功能并未被许多学者所熟知，因此，这里我们带大家了解一下这一数据的使用！

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2024-04-11

1910

SCLC某两个基因共表达情况

data frame width 数据数据库

哦转换完ID之后发现这个数据集没有我想要的两个基因；换一个，随便搜了几篇文章里所使用到的数据集： ①GSE6044和GSE40275 ②GSE43346和GSE6044 ③GSE6044和GSE11969 ④GSE40275,GSE1037,GSE44447 综合多个数据集的数据可以看到，DLL3在小细胞肺癌中高表达。

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2024-04-11

730

全网首发 | Visium HD空转数据开箱测试

测试可视化内存数据 crc

2024年1月份，10X公司预告了一个新技术10X Visium HD，分辨率可达2 μm，可实现单细胞分辨率的全转录组空间分析，并且可实现连续的组织覆盖率。千呼万唤始出来，10X官网在前几天公开了2个10X Visium HD测试数据，分别是

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2024-04-11

1750

scDNAseq 拷贝数变异分析肿瘤克隆进化

数据处理可视化模型事件数据

HCC 约占肝癌的 80%，因存在肿瘤异质性 ITH 而导致疗效有限，目前还缺乏单细胞层面的 HCC 肿瘤异质性图谱。而基因组不稳定引起的拷贝数改变 (CNA) 是 ITH 的主要来源。

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2024-04-11

670

配置VScode server 进行python/C/C++语言的远程分析和开发

server 开发配置 c++python

安装 Chinese (Simplified) Language Pack for Visual Studio Code插件

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2024-04-11

1640

【孟德尔随机化和共定位】文献分享：青光眼的致病基因和细胞类型

统计异常工具框架数据

这篇文章中，作者将GTEx 的eQTLs和sQTLs、视网膜的eQTLs和Hi-C，以及青光眼相关眼组织的single-nucleus RNA-seq数据与 POAG 和 IOP 的遗传关联结合起来，以确定可能在 POAG 病因学中发挥重要作用的调控机制、基因、通路和细胞类型。

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2024-04-11

1300

Singularity — 生信流程搭建好帮手

数据容器安全权限软件

Singularity 是一个容器平台，专为科学计算和数据密集型应用设计。最初是由 Gregory Kurtzer 在 2015 年创立的。Gregory Kurtzer 有着深厚的高性能计算背景，并且在开源社区中有着广泛的贡献。他意识到现有的容器解决方案不能很好地满足科学计算社区的需求，特别是在安全和易用性方面。因此，他创建了 Singularity，目标是提供一个既安全又高效的容器解决方案，特别是为了满足科研和企业中对高性能计算需求。其优势如下：

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2024-04-11

980

Bulk WES 和单细胞DNA测序重建肿瘤突变谱系

设计事件数据开发可视化

三阴性乳腺癌经常进展为转移性疾病，导致生存率较差，过去的研究表明其存在广泛的瘤内异质性ITH，对化疗产生耐药性。而单细胞基因组测序 scDNA-seq 是研究 ITH 的一种重要方法，过去在方法进行 WGS 可以用于拷贝数变异分析，但是对于突变分析需要较高的测序深度。因此作者认为应该进行单细胞基因组区域测序（外显子或靶向），并开发出来 MPT-scDNAseq方法。该方法结合了批量 DNA 测序、基于单细胞液滴的微流体和定制的靶向面板。

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2024-03-25

1050

软件测评：百万级单细胞数据的Anndata和Seurat对象互转

time 对象软件数据算法

随着单细胞相关研究成果的井喷式爆发，单细胞领域已进入百万级甚至千万级细胞量的时代。因此有不少R语言党（包括我）开始学习Python，使用Scanpy流程。但是，由于习惯了Seurat流程，有些时候需要把Anndata对象的单细胞数据转为Seurat对象，然后使用R语言进行一些分析。而最大的问题在于，如何丝滑的将Anndata对象的h5ad格式与Seurat对象相互转换。本文基于一个百万级的单细胞测试数据，对多种互转软件进行测评并总结。希望能够帮助到大家~

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2024-03-25

1800

【孟德尔随机化】两种水平多效性检验方法结果不一样？

global regression 测试函数 distance

明明都是用来检测水平多效性是否存在的两个函数，为啥结果不一致呢？如何解释这样的情况呢？

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2024-03-25

3090

Snakemake — 可重复数据分析框架

数据数据分析 snakemake 工作流框架

Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统，由Johannes Köster及其团队开发。它旨在降低复杂数据分析的复杂性，使生物信息学工作流的创建和执行变得更加容易和可重复。Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。

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2024-03-25

930

Nature单细胞富集分析条形图复现

text 函数配色 cell dt

今天给大家复现一篇高分文章中对单细胞功能富集结果进行展示的条形图，此图无论是配色还是美观程度都还可以！

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2024-03-18

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