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生物信息学、python、R、linux

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解决python中导出的pdf不能编辑问题

python matlab numpy

python默认输出的pdf格式是type3，这种不能在 Adobe Illustrator中编辑文字等信息，需要改成type42.

生信编程日常

2022-08-22

8231

H2O简单深度/机器学习框架介绍(一)

深度学习 pytorch python

今天看到cell report上面的一篇ML/DL的文章竟然是用的H2O的框架，没有用更常见的tensorflow/pytorch, 去查了一下，发现这也是个新框架（2014年），而且用的人也不少，而且最重要的是，比较简单，不过感觉缺乏一定的灵活性。

生信编程日常

2020-12-28

1.2K0

无法在R里面加载相应版本的python

https 网络安全 python

reticulate可以实现R与python的相互切换,即在R里面调用python的脚本、模块等。

生信编程日常

2020-11-24

2.2K0

在jupyter里面运行conda虚拟环境的R

还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。

生信编程日常

2020-10-10

2K0

动态规划算法练习（5）--medium

https 网络安全编程算法 python

中文链接：https://leetcode-cn.com/problems/predict-the-winner/ 英文链接：https://leetcode.com/problems/predict-the-winner/

生信编程日常

2020-09-10

4930

样本不平衡造成的影响和解决方案

python sampling

我们在做分类问题的时候，有时候会遇到正负样本非常不平衡的现象，比如正例：负例=1：100等更极端的现象。这样分类器可能会都判断为负例，这样必然存在很多FALSE negative，并且模型不具有泛化能力。

生信编程日常

2020-09-01

7920

寻找质数—埃式筛法

python leetcode

这个题，用暴力法肯定会超时，优化一点的暴力法还是会超时。一般来说，寻找质数主要是两种方法，埃式筛和欧拉筛。

生信编程日常

2020-08-25

7860

jupyter notebook中的魔法命令%run和%timeit

腾讯云测试服务 python 开源

jupyter notebook作为一个强大的python IDE，有一些自带的魔法命令（Magic Command），可以帮我我们高效的运行程序。

生信编程日常

2020-08-20

2.8K0

biopython - 比较两个序列的相似性

比较序列相似性（sequence similarity）可以考虑用biopython或者emboss的几种比对方法。

生信编程日常

2020-08-14

3.5K1

linux中的字符串切片

python 编程算法 http

比如有如下字符串s： s='hello world' 假如我们要取出来world： echo ${s:6} 同样python相同，索引都是从0开始的。或者： echo ${s:6:5} 6是起始索引位置，5是向后几个字符。同样与python相似的是，也支持由后向前切片（注意负值需要在括号内）： echo ${s:(-1)} echo ${s:(-3):2} 得到字符串长度： echo ${#s} 参考链接： http://www.361way.com/shell-string-slice/5245.ht

生信编程日常

2020-08-11

1.2K0

长宽数据转换

python 编程算法 https 网络安全

长数据一般是指数据集中的变量没有做明确的细分，即变量中至少有一个变量中的元素存在值严重重复循环的情况（可以归为几类），表格整体的形状为长方形，即变量少而观察值多。 data1

生信编程日常

2020-06-02

7070

python中的断言 (assert)

python linux assert 系统

断言（assert）是python中的常用用法之一，主要用于判断一个条件，当条件为假的时候会触发一个AssertionError。即：

生信编程日常

2020-05-29

1.7K0

python中的异或运算

python leetcode 二进制

leetcode上有这么一道题：【136. Single Number】这个题是给出一个非空列表，里面的元素只有一个只出现了一次，其余都出现了两次，找出这个只出现了一次的元素。这个题目很简单，写了一下直接提交：

生信编程日常

2020-05-19

5.5K0

python3中的.maketrans()方法

编程算法 python

Python3中字符串的.maketrans()方法可以用于创建字符映射转换表。一般来说接受两个参数，第一个参数是字符串，表示需要转换的字符，第二个参数第转换的目标。两个字符串的长度必须相同，是一一对应的。比如：

生信编程日常

2020-05-18

8150

三维基因组（Hi-C）的原理以及应用

python https perl go

Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。以下来自菲沙基因讲

生信编程日常

2020-05-08

9.1K0

python3.6之后字典变成有序

在记忆里python的字典是无序的，但是这个结果是有序的，查了一下发现在python 3.6 版本之前都是无序的，但是之后都变成有序的了。

生信编程日常

2020-04-14

9460

NW全局比对算法原理及python实现 (考虑gap长度)

python 编程算法

在序列比对的时候，有全局比对和局部比对两种方法，其中，Needleman-Wunsch比对算法是其中的一个很经典的全局比对算法。下面将用python从头实现，将考虑match，mismatch，gap和gap是否连续的因素。

生信编程日常

2020-04-14

3.2K0

让命令行参数更简洁—google-fire库

python github git 开源

在python中使用命令行参数一般会用argparse库，不过Google的Fire库可以让我们更加方便。现在GitHub上已经有16k多star和1k fork，链接：https://github.com/google/python-fire/blob/master/docs/guide.md

生信编程日常

2020-04-09

5710

python处理bam/sam文件利器pysam

在python中读取、处理文件可以用pysam这个包。以下简单介绍一下这个包的使用。

生信编程日常

2020-04-09

2.9K0

python中的if x 与if x == True

测试一下时间，显然第一种略快一点。第二个多了比较的操作，略慢一点。并且，考虑到PEP的规范，运行速度和简洁性等方面，if x更加合适。此外，在python中判断为假的主要有：

生信编程日常

2020-04-01

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