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生物信息学、python、R、linux

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GEO数据上传
1、创建账号 将数据上传到GEO数据库,首先要创建并登陆NCBI帐号, 然后进入提交的网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html 以高通量测序数据为例:
生信编程日常
2023-03-07
2.5K1
scanpy分析单细胞数据
scanpy和seurat是最常用的分析的单细胞的工具,seurat基于R,而scanpy基于python。 linux下用pip安装scanpy
生信编程日常
2020-12-21
1.9K0
STAR安装与使用
但是当我使用最新版本的STAR跑之前版本STAR建立的index时,遇到这样的报错:
生信编程日常
2020-10-29
4.5K0
linux查找文件
会返回: ls: /bin/ls /usr/share/man/man1/ls.1.gz
生信编程日常
2020-08-11
9.9K0
诺禾致源linux下数据下载
诺禾致源测序的数据一般通过客户端自行下载,并同时提供了windows,Mac OS和linux下的软件,下面是linux下linuxnd软件的用法。 下载并安装linuxnd软件:http://data-deliver.novogene.com/download 进入linuxnd目录下,测试一下lnd能否使用:
生信编程日常
2020-08-11
4.2K1
sed中的正则匹配
sed很早就支持正则表达式了,这在文件处理中非常有用,以下列出一些常见用法(GNU SED版本)。
生信编程日常
2020-06-29
6.1K0
linux中文件取交、并、差集
假如有这么两个文件test1和test2: test1 test2 单纯的两个文件取交并差集,可以用awk或者comm等实现,但是有更简单的方法。 取交集: sort test1 test2 | un
生信编程日常
2020-06-16
2.4K0
根据某列相同元素求和
下面是一个需要计算相同基因的exon的长度的文件,即根据相同的基因,先计算基因的起点到终点的距离,再对相同的基因的的exon距离求和
生信编程日常
2020-06-11
9490
python中的断言 (assert)
断言(assert)是python中的常用用法之一,主要用于判断一个条件,当条件为假的时候会触发一个AssertionError。即:
生信编程日常
2020-05-29
1.7K0
Linux文件随机抽取N行
有时候需要从大文件中随机抽取N行出来进行模拟,但是用python或者别的语言感觉不太方便,linux下直接分割感觉会更快捷。一般可以考虑以下的方法:
生信编程日常
2020-05-26
8.1K0
hisat2-build建立索引所需的SNP文件
hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中,在比对的过程中,不会将Alt SNP当做mismatch看待。
生信编程日常
2020-05-18
9140
Linux/MacOS批量修改文件名字
有时候文件夹中存在九个small_*.jpeg文件,*处是1-9,比如small_1.jpeg,当我们要批量改名的时候,一般会用以下两种方法:
生信编程日常
2020-05-18
2K0
sed的用法
sed是一个在linux下很好用的文件处理工具,主要是以行为单位进行处理,可以将数据行进行替换、删除、新增等。
生信编程日常
2020-04-14
1.3K0
linux下常用的解压和压缩命令
压缩: tar -zcvf 文件名.tar.gz 待压缩的文件名 tar -jvcf 文件名.tar.bz2 待压缩的文件名 解压: tar -zxvf 文件名.tar.gz tar -jvxf 文件名.tar.bz2
生信编程日常
2020-04-10
9180
MacOS与Linux中sed的不同
如果在MacOS中执行sed -i 命令的话,会提示:invalid command code; 改成 sed -i .bak 或者在正则表达式之前加"" (比如sed -i "" 's/ /_/g' 1.csv)就可以了。此外,两者对于\n的处理也不相同。
生信编程日常
2020-04-01
2K0
Slurm集群资源管理器的简单使用
Slurm是一个开源,容错,高度可扩展的集群管理和作业调度系统,适用于大型和小型Linux集群。主要有三个功能:
生信编程日常
2020-04-01
2.2K0
linux下面安装java
以debian为例 debian下载jdk:https://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/13.0.2+8/d4173c853231432d94f001e99d882ca7/jdk-13.0.2_linux-x64_bin.deb
生信编程日常
2020-04-01
4.2K0
更改linux文件/目录的权限与分组
Linux 的文件权限可以分成三段,第一列就是文件权限信息。每个文件(任意类型的文件或者文件夹)的属性都用10个字符表示。
生信编程日常
2020-04-01
6.7K0
VCF(variant call format)文件格式详解
vcf格式是做变异(variant)分析的时候最常见的一种格式,主要包括一些header和位点的信息。可以参考这个说明文档学习:https://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/
生信编程日常
2020-04-01
2.4K0
velocyto-scRNAseq速率的计算
介绍:https://www.jianshu.com/p/63071b368be5 安装:注意:velocyto 需要 python 版本>=3.6.0
生信编程日常
2020-04-01
1.6K0
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