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Listenlii的生物信息笔记

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群落构建几个问题

服务器高性能函数内存数据

现如今分析扩增子，数据量普遍是越来越大了，相应的系统发育树也在茁壮成长。用ape包计算cophenetic距离时会报错树太大：

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2023-12-26

2060

基本生物多样性变量EBVs

数据库迁移变量服务数据

生物多样性的定义包括基因、物种、性状、群落组成和生态系统。这些维度中的一个或多个随时间和空间变化的数据支持海洋、陆地和淡水区域的生物多样性评估。这些环境中生物多样性如何变化的信息对于决策非常必要。为了检测变化，使用标准格式和方法以及环境监测来系统的收集生物多样性观测值。这些观察性数据被转移到开放数据库。确保各数据库之间的数据可交互操作将有效利用生物多样性信息指导保护和可持续发展战略。

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2023-09-06

2840

Netrank：基于网络的生物标志物发现方法

工具连接模型排序网络

BMC Bioinformatics发表的一个新工具，可以从网络中发现biomarker。NetRank是受Google的PageRank算法启发而提出的用于生物标记物排序的模型。方法比较容易理解：

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2023-09-06

1730

ggpicrust2：PICRUSt2预测功能分析和可视化的R包

函数教程可视化数据数据库开发

最近看到一个发表在Bioinformatics期刊的R包ggpicrust2，可以对picrust2结果进行可视化。文章网址：https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btad470/7234609

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2023-09-06

1.4K0

OTU/ASV和系统发育树不匹配的一个解决方案

label match tree 解决方案数据

最近好几个人遇到了同样的问题，就是在将OTU/ASV和系统发育树对齐的时候，报错：

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2023-09-06

8231

TIM：微生物传送带: 通过分散和休眠连接全球

描述微生物多样性的研究在过去十年中显著增加。然而，解释微生物多样性和群落聚集复杂性的假说、理论和概念框架仍然缺乏。

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2023-03-02

5950

mLife：生态系统微生物组科学

微生物组通过与复杂环境和其他生物的相互作用，促进多种生态系统功能和服务。然而到目前为止，大多数微生物组研究都是在个体宿主或特定的环境中进行的。这极大地限制了对微生物组及其在生态系统水平上的动态过程和功能的全面理解。我们建议利用生态系统生态学的理论和工具来研究整个生态系统中微生物的连通性及其与生物和非生物环境的相互作用，并研究它们对生态系统服务的贡献。自然和人为压力因素对生态系统的影响可能会对微生物组产生级联效应，并导致不可预测的结果，如新发传染病的暴发或互惠互动的变化。尽管微生物生态学取得了巨大的进展，但我们还没有研究整个生态系统的微生物群。这样做将为微生物组研究建立一个新的框架:生态系统微生物组学。分子和基因组技术的出现和应用，以及数据科学和建模将加速该领域的进展。

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2023-03-02

6260

R语言挖掘二十大报告关键词

万众瞩目的二十大正在如火如荼的召开，哪些方面是国家建设的重点是每个人都非常关心的话题。

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2022-12-07

5600

MMBR综述 | 跨生态系统和组合扰动的微生物群落恢复力（下）：组合干扰下的恢复力

Journal: Microbiology and Molecular Biology Reviews

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2022-12-07

5310

MMBR综述 | 跨生态系统和组合扰动的微生物群落恢复力（中）：微生物恢复力的关键

Journal: Microbiology and Molecular Biology Reviews

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2022-12-07

6900

MMBR综述 | 跨生态系统和组合扰动的微生物群落恢复力（上）：什么是恢复力

Journal: Microbiology and Molecular Biology Reviews

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2022-12-07

6110

菜刀与杵臼：中华传统文化中的抗菌智慧

古代，蒜分两种：中国原产的为小蒜，从西域引种的为大蒜。在南北朝时期，医药学家陶弘景指出“今人谓葫为大蒜，谓蒜为小蒜，以其气类相似也。” 明代医药学家李时珍也在《本草纲目》中记载“中国初惟有此，后因汉人得胡蒜于西域，遂呼此为小蒜以别之”。当今中药里和我们日常食用的大蒜是百合科葱属植物蒜 Allium sativum的鳞茎。

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2022-12-07

3210

详解磷脂脂肪酸分析 Phospholipid Fatty Acid Analysis(PLFA)

文章主要对一块实验土壤做了温度、降水、剪草等处理，测了细菌、真菌、原生生物的多样性以及生物和非生物的环境因子，最后发现增温通过影响土壤湿度改变了细菌的多样性，进而影响了原生生物。最后与宏观生态进行了关联，升华到了全球变暖问题如何一步步导致了微生物的多样性降低。

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2022-12-07

1.5K0

vegan包taxa2dist函数计算物种分类间距离及建树

最近在Listenlii的科研交流群提到了一个函数vegan::taxa2dist，可以直接根据物种分类单元信息计算距离，进而建树，这个功能我是第一次听说。但是似乎该函数又有些bug（一个门的被搞到不同的支上去了），所以我决定盘一下源代码，学习一下。

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2022-12-07

4530

QIIME2得到PICRUSt2结果后如何分析

html https 网络安全 typescript 数据库

作者：聋言瞎面审核：Listenlii 本文主要解决的问题： 1、QIIME2做完PICRUSt2后，只输出pathway id，如何比对得到pathway description? 2、PICRU

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2022-07-30

9712

Nature Microbiology综述：聚焦藻际--浮游植物和细菌互作的生态界面

Link: https://www.nature.com/articles/nmicrobiol201765

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2022-07-30

2.3K0

转换OTU表和序列文件为PICRUST2需要的格式

github git 开源

一个问题，如果想分别分析稀有种和优势种得功能，是整个跑Picrust之后再挑出不同类型的物种，还是先挑出不同类型物种再做分析？

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2022-07-30

9010

R中按照数字大小进行排序

数据处理 stringr 排序

如果要按照数字排序为OTU1，OTU2，OTU10这种，可以有很多方法，本文举几种简单的例子：

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2022-07-30

2K0

JHM：芳环羟化双加氧酶数据库DARHD建立及相关引物评价

英文标题：DARHD: a sequence database for aromatic ring-hydroxylating dioxygenase analysis and primer evaluation

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2022-07-30

4660

EST综述：eDNA的多种状态以及在水环境中持久性的认知

Link：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.1c07638

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2022-07-30

1.7K0

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