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分子对接与量子计算

高斯玻色子采样器是光子量子器件,具有解决一些经典系统较难处理问题的能力。 在这里,作者展示了高斯玻色子采样器可用于分子对接,这一药物设计领域的核心问题。作者开...

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【蛋白设计】Anchor extension:一种结构导向方法设计靶向酶活性位点环肽

美国华盛顿大学的David Baker教授研究组的Parisa Hosseinzadeh开发了一种新型的基于结构从头设计环状多肽的通用方法,该方法利用了已知与感...

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CVPR 2021 | dMaSIF:基于蛋白质表面信息的高效端到端表征学习

今天给大家介绍发表在CVPR2021上的一项工作。在这项工作中,作者提出了一个新的蛋白质结构深度学习框架。该方法将蛋白质原子原始 3D 坐标和化学类型作为输入,...

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每周一览--2021/08/17

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Vina 1.2.0 --一次10年的更新

Vina 作为使用最广的对接软件之一,上一版本的 Vina 1.1.2 发布于 2010 年,已经有 10 年没有更新,最近终于更新了新版本,来尝尝鲜。vina...

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AlphaFold--人类全基因组的蛋白预测!!!

人类基因组拥有大约20000种蛋白质。但只有大约三分之一有实验确定的三维结构。而且很多结构只是部分已知。

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准备好迎接蛋白设计的时代了吗?--AlphaFold2的两种使用方式

AF2已经出了一段时间,上次试了试RoseTTAFold,这次试试AlphaFold2.

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拯救SciHub

Sci Hub是一个免费文献下载网站,通过各种方式绕过出版商的付费墙,使得研究者可以免费访问数百万篇研究论文和书籍。Sci Hub由Alexandra Elba...

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使用Rdkit对SDF文件进行分割

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准备好迎接蛋白设计的时代了吗?--RoseTTAFold实操

作为学术界的fast follow,RoseTTAfold以其占用的资源有限以及预测蛋白复合物而占据了一定的优势。

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准备好迎接蛋白设计的时代了吗?--AlphaFold2已开源

Hi,还记得去年的那个分数达到92分的蛋白质预测工具AlphaFold2吗?就是引发了“结构生物学”大讨论的那货。

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计算机辅助药物设计在神经退行性疾病中的应用进展

神经退行性疾病(NDs)包括阿尔茨海默症、帕金森、肌萎缩侧索硬化和亨廷顿等疾病都是不可治愈的,影响着全世界数百万人,新药的研发也是世界性难题。计算机辅助药物设计...

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Matplotlib-原子半径

Covalent Radii:原子间形成化学键的时候,键的长度大体相当于这两个原子的共价半径之和。

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使用Matplot进行分子可视化

stick,surface,hydrogen bonding究竟其准确的定义以及在3D上的呈现展示形式。

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Python-自动邮件确认任务是否完成

Github:https://github.com/ZeroDesigner/reporter_su

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Python每日一谈-类

类是一个十分抽象的概念 你可以简单的把他理解为一个代码块 或者具体理解为某种对象,它具有某种属性,可以执行某种操作

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使用LeDock进行批量分子对接

1. ledock需要联网使用,至少ledock的linux版本是,所以请保持网络通畅

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CCDC下载以及安装

位于英国剑桥大学的剑桥晶体数据中心(CCDC)自1965年起从事晶体数据的收集、整理与数字化工作。剑桥结构数据库(Cambridge Structural Da...

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Click2Drug-一个综合性的CADD网站

在进行CADD相关操作时,我们一般都会去寻找相关的文献,软件,看看实现条件怎么样。

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COVID19-临床实验信息整理

感觉不是很满意,本来打算写一个python包发布一下,奈何没有找到将package中data一起上传的方法。

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