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chemprop简单实现

A Deep Learning Approach to Antibiotic Discovery

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小分子能量最小化

24010
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loop_model

1:https://www.rosettacommons.org/docs/latest/application_documentation/structure...

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rosetta-fixbb

use fixbb application to invoke the Rosetta packer to optimize the side-chain co...

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acpype使用

option 2:conda install -c conda-forge ambertools

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笔记-NAMD-1

链接:https://pan.baidu.com/s/1nA5q6NOvoHwQeILGuFHkYQ 密码:89ei

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DOCK-3-生成Spheres

官方教程链接: http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/generati...

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DOCK-4-生成 Grid

围绕活性位点创建一个box 使用指令:showbox < box.in box.in的文件格式为:

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DOCK-5-对接

创建文件dock.in 参数详解: http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/ligand_sampling_...

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DOCK-2-蛋白受体与配体的准备

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DOCK教程-1

遵循通用的安装方法:下载,解压缩,配置,构建和测试。DOCK的简单配置方案基于纯文本文件。构建和测试使用make命令。DOCK的安装是如此简单和透明,以使用户有...

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批量下载GISAID的新冠基因数据

起因是一个师弟想下载GISAID的基因数据,本来以为挺好下载的,毕竟网站上面放个链接,或者给个api就可以,然后,我发现,没有。。。诺大一个网站竟然没有发现一个...

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关于邮箱的一些tip

本来想写下邮箱的鄙视链的,后来想想反正都是邮箱,哪有什么可鄙视的,只不过有人知道的晚,有人知道的早,我就直接改为邮箱的tip了

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DrugBank XML解析

官方网站: https://www.drugbank.ca 最近好像很多人在关注这个网站,就暂时开一个 官网就是这个样子

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BioPython-PDB-1

https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/

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PubChem使用-Python

OMG,我最近这么懒散,公众号放养状态,竟然今天新增了6个人,各位观众老爷,你们这样子让我这个几十天不更新的人很惶恐啊。

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Pymol-Mesh(电子密度图)

随机选择一个,此时选择level1.0,出现一个新的object:emd_30047_mesh,且此时,主界面中显示电子密度图的mesh(别忘了提前把6m1h的...

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MarkDown语法

Markdown 是一种轻量级文本标记语言,很方便编辑,对于我这种懒癌患者来说很受用,不需要word一类的排版,可以很方便的进行排版。

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Py3DMol--a little more

http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/$3Dmol.GLViewer.html

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命令行纠错工具

平时常常会打错命令行,很烦,然后就找到了这个工具thefuck,简单粗暴的命令行纠正工具

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