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榕树集--RoseTTAFold All-Atom 的简介,安装以及使用
之前追过一篇AF的最新文章,官方称之为AlphaFold-latest,他可以预测蛋白质和小分子,蛋白质和核酸的复合物结构,对于传统复合物预测方法来说是降维式打击。唯一的缺点是:小道消息得知,Deepmind在那是没有将其开源的打算。额,好吧,这是我的缺点。关于文章的具体细节,放在下面。
DrugSci
2024-03-25
2480
榕树集-PyMol 更新,进入3.0
PyMol由 Warren L. DeLano所创造,目前由薛定谔公司所维护,是结构生物学方面重要的可视化软件之一,简单易上手。大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新,此次版本为PyMol 3.0,之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。PyMol 3.0 支持全平台,可以直接从官网下载安装,并且申请学术版本license,此处不再赘述。
DrugSci
2024-03-25
750
榕树集--FDA批准的首个硬纤维瘤(Desmoid tumors)药物
硬纤维瘤是一种罕见的良性(非癌性)肿瘤,发生于人体内的结缔组织(Connective tissue)中。成纤维细胞(fibroblast cells)构成结缔组织。结缔组织支持和连接着骨骼、韧带和肌肉,并有助于稳定器官位置。硬纤维瘤也被称为侵袭性纤维瘤病(aggressive fibromatosis)或韧带样型纤维瘤病(desmoid-type fibromatosis)。硬纤维瘤非常罕见,约占所有肿瘤的0.03%,占所有软组织肿瘤的不到3%。在一般人群中,硬纤维瘤的估计发病率为每年每百万人口2-4例。
DrugSci
2024-03-13
770
榕树集--基于贝叶斯优化的抗体设计
今天介绍一篇发表于23年的文章,Khan等人开发了名为AntBO的工具,这是一种利用组合贝叶斯优化来进行抗体设计的方法。AntBO可对各种抗原进行高效的体外设计,包括SARS-CoV,可以获得具有多样化的developability的抗体。
DrugSci
2024-03-05
860
榕树集--抗体研发过程中的计算以及AI手段
治疗性抗体目前是生物疗法中最大的类别,因为它们的靶点特异性较好和结合亲和力较高。传统的抗体开发过程是基于主要的经验性方法,虽然成熟稳健,但繁琐且有显著的缺陷。最近,计算和人工智能(AI)技术的进步开始克服这些限制,被越来越多地整合到抗体开发的流程中。本文提供了与抗体开发相关的AI方法的概述,包括数据库、抗体属性和结构的计算预测模型,以及机器学习(ML)模型为重点的计算抗体设计方法。特别是,重点介绍了对结合至关重要的抗体结构组分,如互补决定区(CDR)环的设计。
DrugSci
2024-03-04
1170
榕树集--药物发现: Target-Based & Off-Target
Target-based 药物发现是当前的主流范式,然而目前缺乏对其实际效率的全面评估。这里对约32000篇文章和专利进行系统回顾,追溯至150年前,展示了其明显的低效性。分析所有获批药物,尽管Target-based 主导已经数十年,但是仅有9.4%的小分子药物是通过“Target-based ”筛选发现的。而其治疗效果甚至不能完全归因于所述的靶标,因为在表型观察时往往会纳入众多的非靶标机制。数据表明,还原主义的靶标导向药物发现可能是药物发现中生产力危机的原因之一。基于以往的证据来看,增强效率的方案是在选择和优化分子时,可以使用人工智能和机器学习等工具来预测表型实验效果。
DrugSci
2024-02-22
650
榕树集--使用强化学习自上而下的进行蛋白质结构设计
天然的蛋白质通常具有形状互补性来生成适合功能的体系结构,这是进化选择的结果,目前的设计方法无法实现。在本文中,作者描述了一种Top-down的强化学习方法:在整体架构和功能约束的条件下,通过Monte Carlo tree搜索来对蛋白质进行采样。作者在圆盘状纳米孔和二十面体的模型上进行了测试,实际结构和计算模型非常接近。
DrugSci
2024-02-22
620
榕树集--从结构到序列,使用Cryo-EM进行抗体研发
在进行抗体药物研发时,当冷冻电镜的数据分辨率比较低,可以通过测序信息来辅助进行序列鉴定。‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍
DrugSci
2024-02-22
930
榕树集--新型抗生素的发现
在本文中研究团队提出了一种基于深度学习的可解释方法,用于发现新型抗生素结构。通过神经网络学到的抗生素活性相关的化学亚结构被用于预测抗生素的结构类别。研究团队通过图神经网络预测了超过1200万个化合物的抗生素活性和毒性,并通过可解释的图算法确定了具有高抗生素活性和低毒性的化合物的亚结构理由。实验验证表明,具有特定亚结构的化合物对金黄色葡萄球菌具有抗生素活性,其中一种结构类别对耐药性较强的金黄色葡萄球菌和肠球菌具有选择性。这一方法为深度学习引导的抗生素结构类别发现提供了新途径,并强调了机器学习在药物发现中的可解释性和对选择性抗生素活性的化学基础的洞察力。
DrugSci
2024-01-22
1250
榕树集--AF2在抗体复合物结构预测方面的表现
今天介绍一些测评类文章,主要看看AF2在抗体预测方面的表现。先来简要回顾一下Alphafold的历程。在2018年的CASP(Critical Assessment of protein Structure Prediction)竞赛中,DeepMind所属的AlphaFold取得了显著的成功,初步展示了AF对蛋白质结构预测的潜力,拿到了60分左右(百分制)。2020年,DeepMind发布了AlphaFold的升级版本——AlphaFold 2。这个版本在同年的CASP14竞赛中取得了突破性的成绩,准确率大幅提升,拿到了90分。2021年,AF2-multimer版本释放,AF2可以用于预测蛋白--蛋白复合物体系。而2023年说释放的AF-latest信息来看,AF已经可以预测蛋白质-小分子-核酸等等组成的复合物系统,但是遗憾的是这一版目前仍未被公开。
DrugSci
2024-01-09
1050
元旦快乐--2023 List
这篇文章介绍了如何注册、使用以及充分利用GPT,一个强大的人工智能语言模型。作者分享了关于V**和虚拟手机号码的注册技巧,以及使用GPT-4进行各种任务的方法,包括搜索、代码编写等。此外,文章还介绍了GPT的进阶应用,如AutoGPT和AgentGPT,以及它们的潜在价值。总之,GPT被视为一个不可或缺的工具,有望推动人工智能领域的创新,并引发对于学习和知识应该关注的方向的思考。
DrugSci
2024-01-02
1170
榕树集–量子计算
相干伊辛机(Coherent Ising Machine, CIM)是一种基于实验物理学的计算机,用于解决组合优化问题,它使用相干光振荡器网络来模拟伊辛模型,实验室阶段目前能达到10万比特(2021年)。
DrugSci
2024-01-02
1070
榕树集–ChatGPT4的注册以及使用
ChatGPT-4是由OpenAI开发的人工智能模型,相较于前一版本GPT-3.5,它具有更强大的语言理解和生成能力。GPT-4在处理复杂查询、提供更准确、更细致的回应方面有显著提升,其知识库也更为广泛。这使得它在从日常对话到技术支持等多种应用场景中更为有效。总体来说,GPT-4在语言处理的准确性和上下文相关性方面有重要进步。
DrugSci
2023-12-19
6580
榕树集–年度开源LLM介绍
在2023年,Large Language Model(LLM) 给了我们一点小小的GPT震撼,GPT在某些领域极速的提高的人类的生产效率,甚至于我觉得已经可以取代了一些普通的文职工作,之后的新一代文盲定义可以定义为不会使用AI model的人类。当然,我们未来也会推出一些基于AI生成内容。作为一个偏好开源的设计美学自媒体hhh,并不是购买不起GPT Apikey,而是觉得开源LLM更具有性价比。
DrugSci
2023-12-14
2210
榕树集-天然产物领域的AI研究
计算的发展为探索天然产物的潜在多样性提供了新手段,揭示了其药物研发方面的新潜力。 与此同时,人工智能方法同样也突飞猛进,在生物活性预测和药物设计领域都取得了很大的进展。本文介绍一篇发表于9月11日的综述。主要介绍了当前天然产物领域AI的发展以及面临的挑战。‍‍‍
DrugSci
2023-12-09
2310
榕树集–AlphaFold的更新
AlphaFold首先实现了对单体蛋白质预测领域的突破。随后AlphaFold-Multimer将其扩展到蛋白质复合物。而目前,AlphaFold又迎来了一次更新,这个版本称之为AlphaFold-latest。
DrugSci
2023-11-27
2790
榕树集–大规模分子对接指南
基于结构的大型化合物库对接筛选已经成为早期药物的常见方法。随着计算资源的增加和化合物库的扩大,对数亿甚至数十亿化合物进行筛选已经成为中小规模计算机集群的可行选择。在这里,作者概述了大规模对接之前进行靶点对接参数的评估策略,以及给予了一个基于褪黑素受体筛选的实例,获得的化合物活性在subnanomolar范围。并且提供了一些额外的参考因素用于确保hits的特异活性。虽然本文使用DOCK3.7进行对接,但是提供的策略和建议对于其余的对接软件也是适用的。
DrugSci
2023-11-22
2000
榕树集--计算方法优化药物发现
拿一个上午阅读了一篇文章,感觉很不错,推一下。文章发表于今年的 4 月左右,还很新。
DrugSci
2023-11-14
3320
榕树集—去除照片背景
很简单就是去除照片背景,有几张照片需要去除背景,然而,上网看了几个网站,低分辨率的可以使用,高分辨率的下载需要付费。本着开源精神,节流思想,找了下Github的开源项目。
DrugSci
2023-08-10
1740
榕树集-蛋白质阿尔法螺旋
A:蛋白质的螺旋结构可以按照不同的分类方法进行分类。以下是一些常见的螺旋结构分类:
DrugSci
2023-08-10
3450
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