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量子计算与从头药物设计

对靶向特定靶点的类药性药物的设计以及优化是早期药物发现的一个重要阶段。在本文中,作者描述了一个新的lead-like 的设计策略,基于 Dengue 的 RDR...

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Protein Imager-漂亮的蛋白作图网页

https://3dproteinimaging.com/about-protein-imager/

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分子对接与量子计算

高斯玻色子采样器是光子量子器件,具有解决一些经典系统较难处理问题的能力。 在这里,作者展示了高斯玻色子采样器可用于分子对接,这一药物设计领域的核心问题。作者开...

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【蛋白设计】Anchor extension:一种结构导向方法设计靶向酶活性位点环肽

美国华盛顿大学的David Baker教授研究组的Parisa Hosseinzadeh开发了一种新型的基于结构从头设计环状多肽的通用方法,该方法利用了已知与感...

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CVPR 2021 | dMaSIF:基于蛋白质表面信息的高效端到端表征学习

今天给大家介绍发表在CVPR2021上的一项工作。在这项工作中,作者提出了一个新的蛋白质结构深度学习框架。该方法将蛋白质原子原始 3D 坐标和化学类型作为输入,...

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每周一览--2021/08/17

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Vina 1.2.0 --一次10年的更新

Vina 作为使用最广的对接软件之一,上一版本的 Vina 1.1.2 发布于 2010 年,已经有 10 年没有更新,最近终于更新了新版本,来尝尝鲜。vina...

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AlphaFold--人类全基因组的蛋白预测!!!

人类基因组拥有大约20000种蛋白质。但只有大约三分之一有实验确定的三维结构。而且很多结构只是部分已知。

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准备好迎接蛋白设计的时代了吗?--AlphaFold2的两种使用方式

AF2已经出了一段时间,上次试了试RoseTTAFold,这次试试AlphaFold2.

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拯救SciHub

Sci Hub是一个免费文献下载网站,通过各种方式绕过出版商的付费墙,使得研究者可以免费访问数百万篇研究论文和书籍。Sci Hub由Alexandra Elba...

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使用Rdkit对SDF文件进行分割

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准备好迎接蛋白设计的时代了吗?--RoseTTAFold实操

作为学术界的fast follow,RoseTTAfold以其占用的资源有限以及预测蛋白复合物而占据了一定的优势。

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准备好迎接蛋白设计的时代了吗?--AlphaFold2已开源

Hi,还记得去年的那个分数达到92分的蛋白质预测工具AlphaFold2吗?就是引发了“结构生物学”大讨论的那货。

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计算机辅助药物设计在神经退行性疾病中的应用进展

神经退行性疾病(NDs)包括阿尔茨海默症、帕金森、肌萎缩侧索硬化和亨廷顿等疾病都是不可治愈的,影响着全世界数百万人,新药的研发也是世界性难题。计算机辅助药物设计...

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Matplotlib-原子半径

Covalent Radii:原子间形成化学键的时候,键的长度大体相当于这两个原子的共价半径之和。

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使用Matplot进行分子可视化

stick,surface,hydrogen bonding究竟其准确的定义以及在3D上的呈现展示形式。

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Python-自动邮件确认任务是否完成

Github:https://github.com/ZeroDesigner/reporter_su

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Python每日一谈-类

类是一个十分抽象的概念 你可以简单的把他理解为一个代码块 或者具体理解为某种对象,它具有某种属性,可以执行某种操作

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使用LeDock进行批量分子对接

1. ledock需要联网使用,至少ledock的linux版本是,所以请保持网络通畅

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CCDC下载以及安装

位于英国剑桥大学的剑桥晶体数据中心(CCDC)自1965年起从事晶体数据的收集、整理与数字化工作。剑桥结构数据库(Cambridge Structural Da...

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