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如何在HPC集群使用Jupyter Lab

在 PBS 任务递交系统的 HPC 集群上,我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务,把计算任务投递到计算节点中运算。如果你想在集群上使用 Jupyter...

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R画图y轴范围太大时,如何局部压缩坐标轴?

用 R 画图的时候,如果 y 轴存在个别非常大或非常小的值,或者当中的数值存在非常大差异的时候,画出的图很容易产生误导效果,使人忽略当中某一部分信息。

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R读取大文件速度太慢?来试试能提速两千倍的fread

R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据,需要等很长时间。

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HostHatch 10T大硬盘VPS系统手动安装教程附简单测速

早上收到邮件,HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是,系统还得手动安装:

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今日Science:狗是怎么变成狗的?来看看化石DNA的故事!

狗第一个被驯化的动物,可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过,狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究,但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖,...

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Anaconda安装升级软件包总是失败怎么败

在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包,速度估计会抓狂,说不定还总是失败。

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减少繁琐操作,试试这几款免费Docker/K8S管理面板

在管理 Docker / Kubernetes 时,图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板,总有一款适合你。

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Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办?

计算机明明还有空闲资源,但 Python 创建大量线程时,遇上OpenBLAS blas_thread_init 报错怎么办?

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使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。

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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cr...

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预算有限怎么办?来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

做生信分析的人越来越多,但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西,但它的成本优势更多体现在大数据处理上,每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的...

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FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)

全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)...

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CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库

现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足...

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嫌Python太慢但又不想学C/C++?来了解下JIT技术

Python 是门多才多艺的语言,既可以写后端,也可以做数据分析,既可以智能化运维,也可以搞渗透,既可以写爬虫,又可以做机器学习深度学习。然而,Python 的...

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GWAS_Flow:使用GPU加速全基因组关联分析

21世纪是生物的世纪,生物数据的增长速度越来越快。很多分析工具在开发时并没有考虑到大规模数据的应用场景。在数据量不大的时候,这些工具的计算时间并不会太长,可以让...

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文献精选:日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座

标题: Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifie...

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PCA方法校正群体结构,GWAS该用多少个主成分?

群体结构(population structure),或者说群体分层(population stratification),是由于个体之间非随机交配而导致的群体...

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使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。...

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基于RAINBOW的单倍型全基因组关联分析(haplotype-based GWAS)教程

Haplotype-based GWAS(单倍型全基因组关联分析)是基于 haplotype (单倍型)进行的关联分析,在基因组层面寻找与表型相关的变异。

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使用XP-CLR检测基因组中的选择信号

检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 ...

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