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使用dynamic时,snakemake停止,没有错误

在Snakemake中,使用dynamic关键字时,可能会导致Snakemake停止而没有错误提示。dynamic是Snakemake中的一个特殊关键字,用于定义动态规则。动态规则是一种特殊类型的规则,其输出文件的数量和名称在运行时才确定。

当使用dynamic关键字时,Snakemake会根据规则的输入和输出文件的动态性来决定是否需要运行该规则。如果Snakemake无法确定动态规则的输出文件,或者无法找到满足输入文件要求的动态规则,它可能会停止而没有错误提示。

要解决这个问题,可以尝试以下几个步骤:

  1. 检查规则的输入和输出文件是否正确定义。确保输入文件存在且满足规则要求,输出文件的名称和数量能够根据输入文件的动态性进行推断。
  2. 确保动态规则的输入文件在运行时是可用的。如果输入文件是通过其他规则生成的,确保这些规则已经成功运行并生成了所需的输入文件。
  3. 检查Snakemake的日志输出,查看是否有任何警告或错误信息。有时候,Snakemake会在日志中提供有关为什么停止运行的提示。
  4. 如果以上步骤都没有解决问题,可以尝试使用Snakemake的调试模式来获取更详细的日志信息。可以通过在命令行中添加--debug-dag参数来启用调试模式,这将输出有关规则依赖关系图的详细信息,有助于排查问题。

总之,当使用dynamic关键字时,如果Snakemake停止而没有错误提示,需要仔细检查规则的输入和输出文件定义,并确保输入文件的可用性。如果问题仍然存在,可以尝试使用调试模式获取更多信息。

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