首先，知道启动子在哪里？...启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游 其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence...其他 人类的启动子相关数据库 Biobase TransPro mPROMDB CSH TRED Eukaryotic Promoter Databse（EPD） ---- ?
2021 11/19基因日签 弱启动子需要cⅡ蛋白的协助 .壹. 关键概念 PRE在-10区和-35区有非典型的序列。 .贰....关键概念 只有在cⅡ蛋白存在下，RNA聚合酶才结合PRE这个启动子。 .叁. 关键概念 cⅡ蛋白结合-35区附近的序列。
2021 05/14基因日签 突变可增强或降低启动子效率 .壹. 关键概念 降低启动子效率的下调突变通常减少了共有序列之间的一致性，而上调突变恰巧相反。 .贰.
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。...DEFB125 15 ; gene_source 16 ensembl_havana 17 ; gene_biotype 18 protein_coding 19 ; 提取基因启动子序列...首先确定启动子区域，这里定义转录起始位点上游1000 bp和下游500 bp为启动子区域。...# -name: 输出基因名字（bed文件的第四列） # -s: 考虑到正反链（对于启动子区域，是否考虑链的信息关系不太大） bedtools getfasta -name -s -fi GRCh38....提取基因序列的操作也类似于提取启动子序列。
图1 学习预测基因表达。 a. Vaishnav 等人创建了一个含3000万启动子的文库，每个启动子长80个碱基对。他们探索了酵母细胞中这些启动子驱动YFP基因表达的能力。b....他们设计了数千个启动子（为简单起见，这里只显示了一个），发现该网络能够非常准确地预测每个启动子对基因表达的驱动程度。...例如，研究者们合成了数千个未用于训练的启动子序列，测定了它们驱动基因表达的能力，发现该神经网络非常准确地预测了每个启动子对基因表达的驱动程度。...首先，它只改变了基因序列中的启动子，而启动子只是能够影响基因表达的几种序列之一。它并没有对编码区序列的变异进行研究，编码区突变也可以影响基因表达产物。...它没有告诉我们为什么启动子驱动基因表达的水平显示出高和低的区别，以及哪些转录因子结合在启动子上，或者它们如何相互作用。换句话说，它在阐明基因表达的调控逻辑方面仍处于一片空白。
2021 05/11基因日签 RNA聚合酶如何发现启动子序列 .壹. 关键概念 RNA聚合酶结合到启动子上的速率极快，所以不可能是靠随机扩散而结合的。 .贰....关键概念 RNA聚合酶可能随机地结合到DNA的某个位点上，然后快速地与其他DNA序列进行交换，直到发现一个启动子序列。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。
2021 12/10基因日签 启动子激活涉及染色质的多种改变 .壹. 关键概念 染色质重塑复合体可协助乙酰转移酶复合体的结合，反之亦然。 .贰.
2021 06/15基因日签 启动子上基础转录装置的装配 .壹. 关键概念 上游元件以及结合其上的因子增加了起始频率。 .贰.
2021 06/16基因日签 转录起始后紧随启动子清除和延伸 .壹. 关键概念 为了让聚合酶向前移动，需要TFⅡE因子和TFⅡH因子使DNA解链。 .贰....关键概念 CTD的磷酸化是启动子清除和起始延伸所需的。 .叁. 关键概念 一些启动子需要CTD的进一步磷酸化来结束流产起始。 .肆....关键概念 当DNA出现损伤时，被转录的基因优先得到修复。 .柒. 关键概念 TFⅡH因子提供了与修复酶复合体的连接。
2021 06/08基因日签 RNA聚合酶Ⅰ有一个双向启动子 .壹. 关键概念 RNA聚合酶Ⅰ的启动子由一个核心启动子和一个上游启动子元件（UPE）组成。 .贰....关键概念 UBF1因子包裹DNA环绕一个蛋白质结构，这使得核心启动子与UPE非常接近。 .叁. 关键概念 SL1复合体含有TBP因子，它参与所有三种RNA聚合酶的转录起始。 .肆....关键概念 RNA聚合酶Ⅰ在核心启动子上与UBF1-SL1复合体结合。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。 THE END
2021 06/09基因日签 RNA聚合酶Ⅲ既使用下游启动子也使用上游启动子 .壹. 关键概念 RNA聚合酶Ⅲ拥有两种类型的启动子。 .贰....关键概念 内部启动子有一个位于转录单位之内的共有短序列，并使转录起始发生在其上游一定距离的固定位置上。 .叁....关键概念 上游启动子含有三个位于起始点上游的共有短序列，它们能被转录因子结合。 .肆. 关键概念 TFⅢA因子和TFⅢC因子结合到共有序列上，并能使TFⅢB因子结合到转录起始点上。
20220519_提取基因5'UTR与3'UTR与启动子序列的方法 01 打开UCSC genome browser网站 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables...hgta_outputType=sequence&hgta_outFileName=test 1.png 2.png 02 5'UTR序列下载 3.png 03 3'UTR序列下载 4.png 04 启动子序列下载
2021 05/18基因日签 RNA聚合酶的多个区域可与 启动子DNA直接接触 .壹. 关键概念 当σ70因子结合到核心酶上时，它通过改变结构释放DNA结合区，使得它可与启动子相互作用。...关键概念 σ70因子的多个区域可与启动子相互作用。 .叁. 关键概念 σ亚基也对启动子识别有所帮助。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。
2021 12/07基因日签 核小体的结构域或成分可在启动子处被改变 .壹. 关键概念 染色质重塑复合体本身不存在针对任何特殊靶位点的专一性，而必须由转录装置的一种成分招募。 .贰....关键概念 染色质重塑复合体通过序列专一性激活因子招募到启动子上。 .叁. 关键概念 一旦染色质重塑复合体与启动子结合，转录因子就可被释放。 .肆....关键概念 转录激活常常涉及启动子中的核小体置换。 .伍. 关键概念 含无核小体区域的启动子的两侧携带含组蛋白H2A变异体H2AZ的核小体（酵母中为组蛋白Htzl）。 .陆....关键概念 MMTV启动子需要核小体旋转定位的改变，使得激活因子能与核小体上的DNA结合。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。 THE END
2021 06/18基因日签 增强子通过提高启动子附近 激活因子的浓度而起作用 .壹. 关键概念 增强子通常只以顺式构型作用于目标启动子。 .贰....关键概念 当增强子被约束在启动子附近时，可在任何情况下起作用。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。 THE END
2021 05/12基因日签 全酶在识别与逃逸启动子的过程中 经历了转换反应 .壹. 关键概念 当RNA聚合酶结合到启动子上时，它将两条DNA链分开，形成转录泡并将核苷酸掺入到RNA中。
2021 05/13基因日签 σ因子通识别启动子中的特定序列 来控制与DNA的结合 .壹. 关键概念 根据在特定位置存在共有短序列来定义启动子。 .贰....关键概念 启动子的共有序列通常包括起始点处的一个嘌呤碱基，以-10区为中心的、邻近TATAAT的六联体序列，以及以-35区为中心的、类似于TTGACA的另一个六联体序列。 .叁....关键概念 不同的启动子之间通常在共有序列的一个或多个位置上存在差别。 .肆. 关键概念 启动子效率也受到其他因素的影响。
启动子的重要性启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。...但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。...启动子本身并不控制基因活动，而是通过与称为转录(transcription)因子的这种蛋白质(proteins)结合而控制基因活动的。...在搜索后，可以点击左边的基因树，查看基本的进化关系。图片可以选取wrky基因进化比较近的物种进行启动子序列的提取。...做启动子motif分析的主要目的查看这些启动子的序列中是不是有些位点是与我们研究的某些特殊的信号转导的基因有关，为前面的实验结果进行佐证。
（最近一期的cell揭示了相变在增强子调控中的作用） 通过实时成像视频，研究人员发现基因的激活转录的首要条件就是实现增强子和基因间的物理接触，这种物理接触使增强子与靶基因的启动子紧密结合，从而大大增强启动子的活性...也就是说，转录过程中，增强子的功能就是“监工”，它会在接触靶基因后唤醒启动子，同时监督并鞭策启动子工作直至转录结束。 ?...增强子、启动子运动、转录活性的三色实时成像 一项工程只有监工劳心劳力肯定是不行的，正常情况下靶基因也是个好工人。...视频显示，启动子被唤醒后，整个靶基因就会自觉进入工作状态，同时对增强子的鞭策“心领神会”并按指示增加转录频率。...增强子和启动子构象表征 前面有说过大多数增强子跟靶基因间隔着“银河”，那么，它们是怎样跨越这段距离的呢？首先要知道增强子的靶基因并不唯一，它的识别点是靶基因的启动子。
**GFF3/GTF文件 - 基因结构注释信息**，此处是 TBtools 最有趣的地方。用户当然可以提供只包含某些基因的文件，比如某个家族的所有成员的基因结构信息。...TBtools 直接支持物种基因结构注释信息全集！在软件处理逻辑上，会自动根据“待可视化的基因ID列表或者进化树”在后台提取出对应的基因结构，然后可视化。...可以拿来可视化结构域信息，如pfam，SMART等，也可以拿来可视化启动子的顺式作用元件预测结果等。 主界面的介绍略显枯燥，也不形象，下面**用非常多的使用实例**来说明这个功能的有趣之处。...[image.png] 可视化基因结构 在 TBtools 中可视化基因结构，**用户只需要直接下载物种数据库提供的基因结构注释信息文件，一般是几十Mb的GTF/GFF3文件，而不需要进行任何处理，就可以直接用于基因结构可视化...[1240] 当然，还是那样，可能用户希望的是跟进化树放在一起... [1240] 可视化顺式作用元件（启动子）信息 顺式作用元件的预测，目前已经有不少推文可以看到了。
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