如何在R中用fread读取.pgn.bz2文件？ - 腾讯云开发者社区

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R读取大文件速度太慢？来试试能提速两千倍的fread

R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据，需要等很长时间。...在需要读取大文件时，尤其读取列数特别多的文件，不妨试试 data.table 包（https://cran.r-project.org/web/packages/data.table）的 fread (...它的参数与 read.table 函数类似，但读取速度有非常大提升。提速两千倍并不是标题党，而是在一个 489 行、1079796 列、1G 纯文本文件中的实测结果。...使用 read.table 读取文件： times.start <- Sys.time() file.readtable <- read.table('test.file', sep = ' ', header...，竟然花了 20.87 小时，我也懒得去研究是什么原因： Time difference of 20.87034 hours 使用 fread 读取文件： library("data.table")

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如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件

plink2R的github： 10年之前的包，没有更新，但是有用。所以，安装一下。 R语言是昨天安装的R3.6版本（Linux系统安装老版本的R语言，比如R3.6？）。...1，系统中有git（如果没有，通过手动下载上传也是一样的）通过git下载： git clone https://github.com/gabraham/plink2R.git 手动下载：下面以手动下载的文件为演示...：上传到系统中，解压，进入文件： $ ls data.bed data.bim data.fam plink2R plink2R.R README.md 进入R3.6： install.packages...’ * removing ‘/home/gwas/R3.6/lib/R/library/plink2R’ Warning message: In install.packages("plink2R/",.../R3.6/lib/R/library/00LOCK-plink2R/00new/plink2R/libs ** R ** byte-compile and prepare package for lazy

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C语言文件操作：从入门到精通，一篇文章彻底搞懂

fread函数：通用二进制数据读取 fread函数是C语言中用于从文件中读取二进制数据的通用函数，它的原型如下： size_t fread(void *buffer, size_t size, size_t...如果需要读取空白字符，应该使用其他函数，如fgetc或fgets。 fread与fscanf的区别与选择 fread和fscanf是两种常用的文件读取函数，它们在功能和使用场景上有显著的区别。...fread函数以二进制方式读取文件，逐字节读取文件内容，不进行任何解释或转换。这使得fread函数非常灵活，可以用于读取任何类型的数据，包括文本、图像、音频等。...这使得fscanf函数非常适合读取结构化的文本数据，如配置文件、数据记录等。在选择使用fread还是fscanf时，应该考虑文件的内容和格式。...文件读取操作提供了多种函数，如fread、fgets和fscanf，适用于不同的数据类型和读取需求。

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嵌入式Linux：文件IO和标准IO库

文件 I/O 主要涉及打开文件、读取文件内容、写入文件内容和关闭文件等操作。常见的文件 I/O 操作包括使用系统调用（如 open()、read()、write()、close()）来进行文件操作。...程序可以使用这个文件描述符执行读取操作，如读取文件内容并将其输出到终端上。..."a"：追加模式，用于打开一个文本文件以便写入，如果文件不存在，则创建文件，文件指针被放在文件的末尾。 "r+"：读写模式，用于打开一个文本文件用于读取和写入，文件必须存在。...首先我们打开文件以便写入，然后使用 fwrite() 函数将数据写入文件，最后关闭文件。 2.4、fread读文件 fread() 是C语言标准库中用于从文件读取数据的函数之一。...[100]; // 缓冲区用于存储读取的数据 // 打开文件以便读取 file_ptr = fopen("example.txt", "r"); if (file_ptr ==

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按块方式读写文件

按块写入文件的方式，文件中用记事本打开均为乱码 fwrite函数----向文件中按块写入数据 ? fread函数------向文件中按块读取数据 ?...* fp = fopen("per.txt", "r"); if (fp == NULL) { printf("文件打开失败"); return; } stu per[3]; int...len = sizeof(per) / sizeof(stu); //从文件中读取数据 //第一种写法： for (int i = 0; i < len; i++) { fread(&per...", "r"); if (fp == NULL) { printf("文件打开失败"); return; } stu per[3]; int len = sizeof(per) /...sizeof(stu); //从文件中读取数据 fread(per, sizeof(stu), 3, fp); //打印结构体 for (int i = 0; i < len; i++) {

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C语言文件操作：标准库与系统调用实践

fread函数 fread 函数是 C 语言标准库中的一个函数，用于从文件中读取数据到内存中。它是文件 I/O（输入/输出）操作的一部分，常用于二进制文件的读取。...这个值可能小于 nmemb，如果到达了文件末尾或发生了其他读取错误（尽管对于普通的文件读取操作，fread 通常要么成功读取所有请求的数据项，要么在遇到文件末尾时返回实际读取的项数，要么在发生不可恢复的错误时返回...2.2 在从文件当中读出文件当中的内容，打印到标准输出当中；关闭文件描述符 2.2.函数讲解 open 函数是 Unix 和类 Unix 操作系统（如 Linux 和 macOS）中用于打开和可能创建文件的系统调用或库函数...在 C 语言编程中，它通常通过头文件声明，并用于返回一个文件描述符，该描述符用于后续的文件操作，如读取、写入和文件定位。...read 函数在不同的编程环境中具有不同的实现和用途，但通常都用于从某种数据源（如文件、套接字或内存缓冲区）读取数据。

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流动的代码：文件流畅读写的艺术（三）

函数对比 scanf，fscanf，sscanf scanf、fscanf 和 sscanf 是 C 语言中用于输入操作的函数，特别是用于格式化输入。...这允许从文件或其他输入流读取格式化输入。示例：从文件中读取一个整数。 FILE *fp; int n; fp = fopen("file.txt", "r"); if(fp !...如果已经达到文件末尾，返回非零值；否则，返回 0 FILE *filePointer = fopen("file.txt", "r"); // ... 文件读取操作 ......判断方式文本文件读取是否结束，判断返回值是否为EOF( fgetc),或者NULL(fgets) 二进制文本的读取结束判断，判断返回值是否小于实际要读的个数，例如 fread判断返回值是否小于实际要求的个数...标准库提供的文件操作函数（如 fread、fwrite、printf、scanf 等）通常都会使用这些缓冲区功能和使用提高性能：缓冲区可以减少对底层 I/O(输入/输出) 系统的调用次数，因为数据是在缓冲区中累积起来

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【C文件操作1】如何写入读取？fopen的6种组合参数怎么用？

C语言中文件操作，即文件打开，文件写入、文件读取、文件关闭等。在使用这些功能时，需要了解其基本的使用规则，如：文件读写前，必须先使用fopen函数打开文件。...* @brief: 打开文件 * @para: [path]:文件路径，如："E:\Test\test.txt" * [mode]:文件打开方式（r w a r+ w+...fread 函数原型： /** @func: fread * @brief: 从文件读取 * @para: [buffer]:指向数据块的指针 * [size]:每个数据的大小...1：fread(buf,sizeof(buf),1,fp);，将整个buf数据作为1个数据读取，则读取的个数是1 读取成功返回值为1 调用格式2：fread(buf,1,sizeof(buf),fp);...读(fread)或写(fwrite)文件后，要关闭(fclose)文件。打开(fopen)文件时，要特别注意打开的参数指定。带r参数打开文件时，该文件必须存在。

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php fread 逐行读取,php fread函数使用方法总结

例子 1 从文件中读取 10 个字节： $file = fopen(“test.txt”,”r”); fread($file,”10″); fclose($file); ?...> 例子 2 读取整个文件： $file = fopen(“test.txt”,”r”); fread($file,filesize(“test.txt”)); fclose($file); ?...php file_path)){ fp = fopen(file_path,”r”); str = fread( 本文实例汇总了php读取文件内容的方法.分享给大家供大家参考.具体如下: 这里汇总php...php file, ‘r’); echo data = fread(fso, filesize(file)); fclose( php读取文件内容的三种方法: //**************第一种读取方式...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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【C 语言】文件操作 ( 学生管理系统 | 插入数据 | 查询数据 | 删除数据 )

FILE *p = fopen("student.dat", "r"); // 文件打开失败退出 if (p == NULL) return 0; /...while(1) { // 从文件中读取一个结构体大小的数据 fread(&s, 1, sizeof(struct student), p);...*s = malloc(size); // 文件指针指向开始位置 fseek(p, 0, SEEK_SET); // 将所有的文件数据读取到堆内存中 fread(s...while(1) { // 从文件中读取一个结构体大小的数据 fread(&s, 1, sizeof(struct student), p);...(p, 0, SEEK_SET); // 将所有的文件数据读取到堆内存中 fread(s, 1, size, p); // 关闭文件 fclose(p); /

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C语言实现读取文件的简单代码「建议收藏」

"); exit(1); } //第二种打开文件的方法 fRead = fopen("test.txt", "r"); if (fRead == NULL) { printf...fclose函数调用的一般形式是： fclose(文件指针); 例如： fclose(fp); 正常完成关闭文件操作时，fclose函数返回值为0。如返回非零值则表示有错误发生。.../test.txt", "r"); if (fRead == NULL) { printf("file was not opened!...//文件指针 ); 示例代码： //写入 fputs( "Hello world\n", fWrite); //读取 char arr[128]; while (fgets(arr, 127, fRead...; char arr1[128] = {0}; fprintf(fWrite, arr); fclose(fWrite); //读取文件 if ((fRead = fopen(".

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学习Nature正刊论文中eQTL分析前对基因表达量的预处理

表达量数据可以在论文中提供的链接处下载读取数据，这里表达量文件还挺大的，可以用data.table这个R包的fread函数读取 library(data.table) library(tidyverse...) datfread("D:/Jupyter/practice/WGCNA_nature_tomato/expression_raw_332.txt") dim(dat) dat[1:6,1:4]...>% write_tsv("D:/Jupyter/practice/WGCNA_nature_tomato/dat.t.filter.norm.tsv") 第三步运行peer 这个需要用到R...20) write.table(factors,args[2],quote=F,row.names=T,sep="\t",col.names=TRUE) time Rscript run_peer.R...dat.t.filter.norm.tsv exp.peer.covar.tsv 这一步需要的时间比较长，运行了167分钟论文中用top4 factors作为协变量，应该是选择输出结果的前5行就可以了

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【C语言】文件操作函数详解

表格汇总函数作用示例输出 fopen 打开文件 fopen("file.txt", "r") 文件指针 fclose 关闭文件 fclose(file) 返回 0 或 EOF fread 从文件中读取数据...mode: 文件打开模式，如 "r"（只读）、"w"（只写）、"a"（追加）等。返回值说明: 成功时，返回指向 FILE 类型的文件指针；失败时，返回 NULL。...: %s\n", buffer); fclose(file); return 0; } 表格说明: 函数作用示例输出 fread 从文件中读取数据 fread(buffer,...附录：函数参考表函数作用示例返回值 fopen 打开文件 fopen("file.txt", "r") 文件指针或 NULL fclose 关闭文件 fclose(file) 0 或 EOF fread...从文件中读取数据 fread(buffer, size, count, file) 读取的数据 fwrite 将数据写入文件 fwrite(buffer, size, count, file) 写入的数据

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流动的代码：文件流畅读写的艺术（二）文件顺序读写函数

对比输出目标：fprintf 用于向文件写入数据，而 printf 用于向**标准输出（如终端或控制台）**写入数据。...用途：fprintf 更适用于文件操作，如日志记录、数据保存等；printf 主要用于与用户的交互、程序的调试信息输出等。...对比数据来源：最主要的区别是 fscanf 从文件或指定的输入流读取，而 scanf 从**标准输入（如键盘）**读取。...假设从写好的output文件中读取 int main() { FILE* file = fopen("output.txt", "r"); // 打开文件用于读取 int a;...fread读取刚刚的output.txt文件： #include int main() { FILE *file; int number; // 打开文件用于二进制读取

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C语言--文件操作教案

理解缓冲机制对文件操作的影响教学重点与难点重点文件打开模式（"r"/"w"/"a"等）的选择与使用顺序读写函数（fgetc/fputc、fgets/fputs、fread/fwrite...完整路径：如 C:\code\test.txt 相对路径：相对于当前工作目录的路径（如 ....., 100, fp); fputs() 写入字符串 fputs("Hello", fp); 二进制文件操作函数功能参数示例 fread() 读取二进制数据 fread(buffer, size,...= NULL) { // 处理行 } 二进制文件： fread()返回值小于预期读取的字节数时结束： size_t elements_read = fread(buffer, sizeof...权限问题：检查文件是否可读写（如Windows的只读属性）。

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C语言fread函数_C语言fread

c语言中fread函数 C语言中的fread()函数 (fread() function in C) Prototype: 原型： size_t fread(void *buffer, size_t...在文件处理中，通过fread()函数，我们从输入流文件名到名为buffer的数组读取大小为长度的对象的计数。它返回从文件中读取的对象数。...如果较少的对象没有被读取或在此之前遇到EOF ，则它将给出错误。...//close the file fclose(f); //open the file for read operation if((f=fopen("includehelp.txt","r"...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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c语言fread函数的功能_c语言sizeof函数用法

C语言中：fread是一个函数。从一个文件流中读数据，最多读取count个元素，每个元素size字节，如果调用成功返回实际读取到的元素个数，如果不成功或读到文件末尾返回 0。...#include size_t fread( void *buffer, size_t size, size_t count,FILE *stream ); 从一个文件流中读数据,读取count个元素,...number of full items actually read 实际读取的元素数.如果返回值与count(不是count*size)不相同,则可能文件结尾或发生错误....”,”r+t”))!...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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python基本文件操作(文件输入和输出

; line = f.readline(); f.close(); 程序会循环独取文件work.txt中所有的行如果程序在像这样的数据集(如输入的行、数字、字符串)上进行循环我们通常称为迭代... What Are Words 补充：文件操作中方法： read:从文件中读取N个字符当未给定参数时读取所有字符 seek ：移动指针第一个参数偏移量第二个参数：从什么位置开始...0 开头 1当前位置 2 结尾 writelines ：写入一段字符串序列文件操作中打开文件的模式： r: 读方式打开 w: 写方式打开覆盖原有文件中的内容...： r : 只读方式打开 r+ : 读写方式打开 w: 指针开头位置，写入方式打开... a+: 指针尾部位置读写方式打开文件不存在则创建 fread :读取内容 fwrite: 写内容

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R语言中长脚本及实战项目管理方式

将运行步骤分成多个脚本，避免脚本过于冗长在单细胞多样品分析实战中，我们会使用到一个scRNA_scripts文件夹，来管理用到脚本通过不同的脚本，将分析流程中用到的代码分开进行管理： lib.R:整理汇总了需要加载的...R包 qc.R；质控用到的脚本——计算并可视化线粒体、核糖体等基因百分比，可视化之后设置合理的阈值进行过滤 harmony.R：降维聚类分群系列代码脚本，会将降维聚类结果保存为rds文件存储起来 check-all-markers.R...小tips：将数据保存为Rdata或者Rds格式，方便读取使用以及衔接实战项目管理方式 1. 使用Rproject管理工作目录一般我们都会在文件夹里创建一个Rproj文件，管理对应的工作目录。...使用对应的文件夹管理输入或者输出文件在单细胞实战分析中，输入数据会放在单独的文件夹里面，方便批量读取 library(data.table) dir='GSE171145_RAW/' samples=...= F) library(data.table) sceList = lapply(samples,function(pro){ # pro=samples[1] print(pro) ct=fread

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【C 语言】文件操作 ( fread 函数 )

文章目录一、fread 函数二、缓冲区受限的情况 ( 循环读取文件 | feof 函数判定文件读取完毕 ) 三、处理乱码问题四、记录读取的字节个数五、读取到 0 字节的情况六、读取完毕的情况...七、读取文本文件 "\n" 与读取二进制文件 "\r\n" 区别二进制文件读写两个重要的函数 , fread 和 fwrite , fread 用于读取文件 , fwrite 用于写出文件 ; fread...文本文件 ; 一、fread 函数 ---- fread 函数作用 : 从文件中读取若干字节数据到内存缓冲区中 ; fread 函数原型 : size_t fread( void *buffer, size_t...0; } 执行结果 : 七、读取文本文件 “\n” 与读取二进制文件 “\r\n” 区别 ---- 以下区别只在 Windows 系统存在 , 在 Linux / Unix 中读取文本数据与二进制数据没有区别...0xd 对应 ‘\r’ , 第 3 个值是 0xa 对应 ‘\n’ ; 注意 : 最后两个字节是空行对应的 “\r\n” ; fread : buffer = ab cd , read count

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