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Linux从头学10:理解了这三个概念,才能彻底理解【任务管理】和【任务切换】

),只能被访问。 ,按照 Linux 中的做法,3G ~ 4G 空间被使用。 GDTR 中的内容不变,因为每个应用程序中的 GDT 都是从“继承”而来的,开始地址和长度都是一样的。TSS: 任务状态段 顾名思义,任务状态段就是用来存储和恢复任务的状态信息。 就如同 LDT 一样,TSS 也是为应用程序分配的一块内存空间,只不过这块空间是位于的势力范围内,只能由。 需要注意的是:上面的 LDT、TSS,是 x86 处理器中设计的运行机制,是处理器要求这样的。而 TCB 不是处理器要求的,它是的实现者自己来构建的,因此可以根据自己的需要来进行设计。

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Linux从头学13:想彻底搞懂“调用”的底层原理?建议您别错过这篇【调用门】

,再到应用程序,由于当时没有引入特权级的概念,用户程序和都工在相同的特权级,因此可以直接通过 的方式,来调用属于代码段中的函数,如下所示:用户程序header中橙色部分的信息 ,表示提供的2个函数,位于的哪个段描述符中,偏移地址是多少。 因为用户程序的特权级一定比的特权级别低,所以即使用户程序能够知道函数的段选择子和偏移地址,也会禁止用户程序跳转进去。 例如:应用程序的 CPL 和 RPL 都为 3,而中的函数所在的段 DPL = 0,不能通过特权级的检查。 这层间接性,为提供了诸多好处。首先,对于中断处理来说,把所有的中断描述符放在一个表中,可以对中断处理程序的地址进行解耦。

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    从GTF文件中提取TSS上下游1kb的区间,要多少行代码?

    左侧为NFR reads在TSS位点两侧的分布图,右侧为单个核小体边界reads在TSS位点两侧的分布图,可以看到,NFR reads在TSS位点两侧有明显的富集趋势。 在上述热图中,每一行代表一个转录本基因,对于TSS附近区域,换个为等长的bin,比如上图中选取了TSS上下游1kb的区域,那么可以按照100bp划分为等长的窗口,计每个窗口内的测序深度,然后进行可视化 TSS表示转录起始位点,本身这个概念是针对基因而言的,但是基因有多个转录本,对应的转录起始位点可能不同,所以在TSS时,以转录本为单位进行计。 pybedtools用于区间,灵活简便, 官方文档链接如下https:daler.github.iopybedtools通过pybedtools可以轻松的从bedgtf文件中提取感兴趣的染色体区间, 对于TSS位点以及上下游1kb区间的提取方法如下?

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    时间、进程的调度与切换

    此书已经开源,阅读地址 http:www.kerneltravel.net一、时间 大部分PC 机中有两个时钟源,他们分别叫做RTC 和OS()时钟。 由于它独立于,所以也被称为硬件时钟,它为整个计算机提供一个计时标准,是最原始最底层的时钟数据。 OS 时钟产生于PC 主板上的定时计数芯片(82538254),由控制这个芯片的工,OS 时钟的基本单位就是该芯片的计数周期。 OS 时钟只在开机时才有效,而且完全由控制,所以也被称为软时钟或时钟。 比如执行cpu 指令违法,segment fault 什么的,一般会发送信号到进程,终止进程。也可以是一个硬件产生的事件中断。

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    保护模式第六讲-IDT表-中断门 陷阱门 任务门

    学习.3.1.1 TSS简介3.1.2 TSS内存结构3.1.3 TSS 段描述符3.1.4 TSS下的寻址形式3.1.5 windows下的TSS使用3.2模拟TSS任务切换3.3 任务门保护模式第六讲 int TssMemory = { 0x00000000, Previous TaskLink 会给写入 0x00000000, esp 0 0x00000000, ss 0 0x00000000 构造TSS段描述符. 构造很简单.根据上面所说的 TSS段描述符进行构造即可. 这里则是将我们的TSS的内存的地址.构造进TSS段描述符. int TssMemory = { 0x00000000, Previous TaskLink 会给写入 0x00000000, esp 0 0x00000000, ss 0 0x00000000 3.通过任务描述符表.查询GDT表.找到任务段描述符.4.使用TSS段中的值修改寄存器5.IRETD返回所以要构造一个任务门 我们要构造一个TSS段.

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    在满足请求时进入就绪状态等待调用终止状态:进程结束,或出现错误,或被终止,进入终止状态。 无法再执行 Java线程调度线程调度是指为线程分配处理器使用权的过程,主要调度方式分两种,分别是协同式线程调度和抢占式线程调度。 协同式线程调度,线程执行时间由线程本身来控制,线程把自己的工执行完之后,要主动通知切换到另外一个线程上。最大好处是实现简单,且切换对线程自己是可知的,没啥线程同步问题。 线程执行时间可控,也不会有一个线程导致整个进程阻塞。 Java线程调度就是抢占式调度。 希望能给某些线程多分配一些时间,给一些线程少分配一些时间,可以通过设置线程优先级来完成。 但优先级并不是很靠谱,因为Java线程是通过映射到的原生线程上来实现的,所以线程调度最终还是取决于

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    进程的执行和挂起

    1 进程总览进程是对逻辑的抽象,我们从的书籍中对进程有了很多的认识,但是对进程的实现可能不太了解,这篇文章尝试解释一下关于进程实现的大致原理。 所以进程的本质就是一个数据结构,他保存了一列的数据。以数组或者链表的形式和全部的进程管理起来。 根据tss信息中的ldt索引首先从GDT找到进程ldt结构体数据的首地址,然后根据当前段的属性,比如代码段,则从cs中取得选择子,从ldt表中取得进程线性空间的首地址、限长、权限等信息。 被动挂起的场景比较多,主要是进程申请一个资源,但是资源没有满足条件,则进程被挂起。比如我们读一个管道的时候。管道没有数据可读,则进程被挂起。插入到管道的等待队列。 ? 当然,因为涉及到硬件底层,的实现比我们的代码复杂得多。时间有限,先说这么多。

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    自己动手计算TSS Enrichment score

    Encode将TSS Enrichment score为ATAC文库质控的一个指标,不同的参考基因组注释文件,对应的阈值也不同,示意如下? 所谓TSS Enrichment score, 其实是所有基因TSS位点测序深度的平均值。 要计算这个值,需要两个文件,一个是bam文件,保存了测序深度信息,另外一个是参考基因组TSS位点文件,可以从gtf文件中提取得到,记录了TSS位点的染色体位置。 更常规的做法是提取TSS两侧区域的reads, 比如上下游各提取2kb的区域,划分等长窗口bin并计每个窗口内的coverage, 最终会生成一个矩阵,行为基因,列为不同窗口。 bed文件,metaseq读取bam文件,并计coverage, 该脚本的用法如下?

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    进程实现原理

    problem:Linux内核是如何初始化,并开始运行第一个程序呢?? 我们都知道,启动过程为:bootsect.s —>setup.s —>head.s。 姑且不去讨论这些汇编源程序的功能,假设的pc指正已经运行到了head.s 处的部分代码,这里做下仔细的研究。 也正如我们在学到的那样:线程是独立调度的基本单位,用户级线程没有进入内核,调用计算机资源,仅仅在用户态下运行即可。 代码4-9行,进行了一列的压栈,这便是所谓的对当前状态进行一个保存,记录当前进程运行的信息。内核栈如下: ? so,子进程便能在开始它自己的工了。。。o(∩_∩)o

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    从linux0.11看一个进程的诞生

    有一个GDT表。该表保存了和所有进程的tss和ldt描述符信息。tss就是我们平时说的进程上下文。每个进程有一个ldt数组,里面保存了代码段和数据段的描述符信息。首先,从一个进程的诞生说起。 current) __asm__(clts ; fnsave %0::m (p->tss.i387)); * 设置线性地址范围,挂载线性地址首地址和限长到ldt,赋值页目录项和页表 执行进程的时候,tss 选择子被加载到tss寄存器,然后把tss里的上下文 也加载到对应的寄存器,比如cr3,ldt选择子。 tss信息中的ldt索引首先从gdt找到进程ldt 结构体数据的首地址,然后根据当前段的属性,比如代码段, 则从cs中取得选择子,从ldt表中取得进程线性空间 的首地址、限长、权限等信息。 *#define FIRST_TSS_ENTRY 4#define FIRST_LDT_ENTRY (FIRST_TSS_ENTRY+1) 第一个tss选择子的偏移是4

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    linux

    的发展?类Unix目录结构ubuntu没有盘符这个概念,只有一个根目录,所有文件都在它下面?Linux 目录:根目录,一般根目录下只存放目录,在Linux下有且只有一个根目录。 boot:放置linux启动时用到的一些文件,如Linux的内核文件:bootvmlinuz,引导管理器:bootgrub。 root:管理员root的家目录。sbin、usrsbin、usrlocalsbin:放置管理员使用的可执行命令,如fdisk、shutdown、mount 等。 usrsharedoc: 说明文件存放目录。usrshareman: 程序说明文件存放目录。 是用户最常用的命令之一,它类似于DOS下的dir命令 参数 含义 -a 显示指定目录下所有子目录与文件,包括隐藏文件 -l 以列表方式显示文件的详细信息 -h 配合 -l 以人性化的方式显示文件大与DOS下的文件类似

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    Linux

    虚拟化环境部署虚拟化概念介绍:① 可以充分利用服务器性能资源② 可以节省服务器物理资源虚拟软件无法部署 vmware:① 防火墙或安全软件是否关闭② 中曾经部署过程虚拟化程序 ③ 硬件环境需要支持虚拟化 : 第一个历程: 加载镜像 OK 第二个历程: 修改网卡名称 OK 第三个历程: 配置网卡地址 OK 第四个历程: 进行分区 OK boot 分区 == 启动文件数据 根分区 == C盘 swap 交换分区 == 在内存不够用临时将磁盘空间充当内存空间使用 第五个历程: 预装初始软件 ok 第六个历程: 设置管理员密码 123456 02. linux管理 1) 网络配置: r now ② reboot 延迟重启: shutdown -r 5 Linux学习过程中: 1) 关注命令后提示信息: 执行正确: 成功 ok 没有任何提示 执行失败: error 警告 failed 2) 几乎所有配置完毕后,需要重启相应服务加载配置 3) 所有功能配置之后要检查确认 者:婷婷的橙子 发布时间:2021年2月19日

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    Linux

    上了近六周的理论课,最近终于开始做实验了。关于 Linux 这块,不想学得太深入,但是以后部署项目到服务端也会涉及到这部分的知识,所以一些基本的概念和还是有必要学一学的。 这篇笔记就为平时查看的手册。以下基于 Ubuntu 。帮助指令1. man用法:man + 参数查看相关命令、相关文件等的使用手册。 etc:存放管理和配置的文件,如用户的账号、密码以及的主要设置。 sbin:管理命令,存放管理员程序,如 fdisk、mount 等。boot:存放 Linux 核心与启动和关闭有关的文档。mnt:其他文件的挂载点。 var:预先设置的工目录,如各种服务的日志文件和收发的邮件等。proc:虚拟目录,是内存的映射,通过访问该目录获取信息。tmp:公用的临时文件存储点。

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    三、

    1、 类型(1)单用户:一台处理机只支持一个用户程序。批处理:用户脱离使用计算机、批量处理、多程序运行。 分时:交互性、多用户同时性、独立性实时:即使响应,高可靠性网络:互性、协处理2、 进程(1)进程:进行资源分配和调度的基本单位(最小单位),进程通常由程序、数据集合、进程控制块 3、 PV(1-2 大概率)PV是实现进程同步与互斥的常用方法。 P和V是低级通信原语,在执行期间不可分割。 信号量S的初始值等于可用资源数,如果初始值为0,先做VP:P表示申请一个资源,将信号量S的值减1,即S=S-1,如果S>=0,则该进程继续执行;否则该进程置为等待状态。 V:V 表示释放一个资源,将信号量S的值加1,即S=S+1,如果S>0该进程继续执行;否则说明有等待队列中有等待进程,需要唤醒等待进程。

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    3.简单介绍 发展历史 批处理分时 是什么 对文件的抽象 进程 虚拟内存是什么 功能

    其实 并不是与计算机硬件一起诞生的它是在人们使用计算机的过程中,为了管理硬件资源,提高性能提高资源利用率,而逐步地形成和完善起来的。 也是一种程序,负责管理资源上电自检(经过BIOS)之后,处理器第一个要处理的程序之所以叫做,其实就相当于它提供了一个工台让你可以更加方便的计算机的软硬件资源是机器的一种封装,对于人机交互提供了一的方式批处理自从第二代晶体管计算机之后 ,计算机的性能有了很大的提升与之矛盾的自然是计算机手动输入速度慢为了提供利用率,出现了批处理用户将一批业提交给后就不再干预,由控制它们自动运行。 实时批处理 等Unix是最早的通用此后又出现了linuxwindows苹果 概括总结计算机由硬件和软件构成我们可以认为是计算机软件程序和硬件之间的一个薄层这个薄层封装了底层的硬件实现基本功能是 ,共享同样的代码和全局数据也是计算机发展中的一个伟大创举他隐藏了大量的底层细节,提供了大量方便的抽象总结:就是对硬件的封装,提供简单一的访问形式.计算机软硬件发展列 个人理解与总结-

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    计量笔记 | 拟合优度

    带截距项回归的 定义拟合优度用来判定样本回归曲线拟合真实 值的优劣程度,又称为判定数。? 缺点拟合优度的缺点是:如果增加解释变量的数目,则 只增不减,因为至少可让新增解释变量的数为 0 而保持 不变。另一方面,通过最优地选择新增解释变量的数(以及已有解释变量的数),通常可以提高 。 自由度是指当以样本的计量来估计总体的参数时,样本中独立或能自由变化的数据的个数,称为该计量的自由度。通常为 。比如,若存在两个变量 ,而 那么自由度为 1 。 按自由度的定义:TSS 自由度:TSS = 。 已知, 已知,如果 个 已知,那么最后一个也就不能随便变化了。因此只有 个 是可变化的,最后一个则可以通过平均值与样本量确切的计算出来。 另一种理解有常数项的情况下,拟合优度等于被解释变量 与拟合值 之间相关数的平方,即 ,故记为 。

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    核心原理-1.导论

    PS:原理是大学计算机专业最为重要的一门专业基础课程之一,对于核心原理的理解对于一个合格的程序员来说十分重要,于是我继续我的“三大原理,两个协议,一种结构”复习,三大原理中原理首当其冲 ,这里主要依靠阅读《之哲学原理》来进行复习,将其中重要的部分记录下来,与各位分享。 (3)  机器语言程序需要加载到内存,才能形成一个运动中的程序(即进程),这就需要的帮助。 二、是什么?2.1 两个问题  (1)到底是什么鬼?  是介于计算机和应用软件之间的一个软件的上层和下层都有其他的对象存在:?   的四个核心功能如下图所示:?四、小结  的技巧也应用于很多领域,如抽象、缓存、并发等。简单说来就是实现抽象:进程抽象、文件抽象、虚拟存储抽象等。

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    VV的笔记(一)I SeeYou!!!!

    注:与本列博客同时同步的还有后面需要学习和研究的FreeRTOS和linux0.11-linux1.0内核代码VV的Linux内核笔记列,即使笔者已经自己写了个了,但是为了能够使博客能读懂 ,笔者需要把每一个lab和代码打出来做出解释同时笔者也有自己繁重的学习和工(本科狗),所以进度会非常非常慢准备工Ubuntu16.04-i386 32位镜像话不多说,迅雷下载下载地址安装镜像到到虚拟机安装过程不多赘述 至于为什么用GRUB,因为它可以设置多共存,这样的话你就可以打包多个内核同时存在并且启动的镜像文件。启动流程为了直观和形象,我们直接上图 ? GRUB(Grand Unified Bootloader),多启动程序,其执行过程可分为三个步骤: Stage1:这个其实就是MBR,它的主要工就是查找并加载第二段Bootloader程序(stage2 现代使用了UEFI启动,但是我们现在不说UEFI,请自行忽略但是这样也需要我们的Boot程序按照Mutileboot 规范来编译内核,才可以被GRUB引导。

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    概念第二章——结构

    概念第二章——结构设计设计目标设计的第一个问题是定义的目标与规格。在最高层,设计受到硬件选择和类型的影响。 实现人员更加自由地改变内部的工和创建模块模块化有许多方法,一种是分层法,最底层(0层)为硬件,最顶层(N层)为用户接口。的层可以为抽象对象来实现。 微内核方法的好处之一是便于扩充,所有新服务可以在用户空间增加,因此并不需要更改内核。这样容易移植到其他硬件平台。 程序员可以在主和几个个客户上测试应用程序。每个客户为一个独立的虚拟机运行。虚拟层是VMware的核心,因为他将硬件抽象为独立的为客户的虚拟机运行。 信息维护许多调用用来在用户程序和间传递信息,调用返回的信息可能是版本、空闲内存、进程信息等另外,维护所有进程的信息,有些调用可访问这些信息。

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    王道学习(二) 分类

    的发展和分类手工阶段 主要缺点 用户独占全机、人机速度矛盾导致资源利用率极低批处理阶段 单道批处理 由监督程序控制业输入输出 缓解了一定程度人机矛盾,资源利用率有所提升 缺点 内存中仅有一道程序运行 CPU有大量时间等待IO完成多道批处理 每次从内存中输入多到程序 引入中断技术 由负责管理这些程序运行。 资源利用率大幅提升 并发和共享是在诞生之初就有的特性 缺点 没有人机交互功能?? 分时 计算机以时间片为单位轮流为各个用户业服务 各个用户通过终端与计算机进行交互 解决人机交互问题 缺点 不能优先处理一些紧急任务 实时 主要优点 能够优先响应一些紧急任务 某些紧急任务不需时间片排队 具有及时性和可靠性 硬实时 必须在绝对严格规定时间完成处理 软实时 能接受偶尔违反时间规定还有网络、分布式、个人计算机?

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      腾讯物联网终端操作系统(TencentOS tiny)是腾讯面向物联网领域开发的实时操作系统,具有低功耗,低资源占用,模块化,安全可靠等特点,可有效提升物联网终端产品开发效率。TencentOS tiny 提供精简的 RTOS 内核,内核组件可裁剪可配置,可快速移植到多种主流 MCU 及模组芯片上……

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