原文链接： http://www.theserverside.com/tt/articles/article.tss?...l=EclipseEquinoxOSGi http://www.theserverside.com/news/thread.tss?thread_id=43696
评估 TSS 信号 2.1. TSS 区域 如果我们的较短片段代表转录因子和转录机制周围的开放区域，我们希望在转录起始位点看到信号。...我们希望绘制 TSS 区域，因此我们首先需要为 hg19 基因组生成 TSS 位置的 GRanges。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号（< 100 个碱基对）来生成我们在 TSS 区域的图。...在这里，我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。
hib_docs/annotations/reference/en/html/lucene.html 更多信息见： http://www.theserverside.com/news/thread.tss
所谓TSS Enrichment score, 其实是所有基因TSS位点测序深度的平均值。...要计算这个值，需要两个文件，一个是bam文件，保存了测序深度信息，另外一个是参考基因组TSS位点文件，可以从gtf文件中提取得到，记录了TSS位点的染色体位置。...根据这个矩阵可以绘制TSS两侧reads分布图， 也可以计算TSS Enrichment score。 deeptools就是采用了上述策略，用法如下 ?...通过deeotools可以直接出图，tss.matrix.txt文件保存了matrix的纯文本信息，可以读取这个文件计算TSS Enrichment score。...该脚本计算TSS Enrichment score, 并绘制TSS两侧read的分布图。相比deeptools,在计算coverage的过程中进行了归一化，核心代码如下 ?
相关阅读: tss: geronimo's way of comforming of j2ee standards 关于 Geronimo的 GBeans 的介绍
评估 TSS 信号2.1. TSS 区域如果我们的较短片段代表转录因子和转录机制周围的开放区域，我们希望在转录起始位点看到信号。...我们希望绘制 TSS 区域，因此我们首先需要为 hg19 基因组生成 TSS 位置的 GRanges。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号（< 100 个碱基对）来生成我们在 TSS 区域的图。...在这里，我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。
外国的程序员和国内的一样也很八卦，看看 tss 的回复吧： Re: Needs a new name!...第一次用我自己的 tss 翻译工具，很舒服，有时间会把本文完全翻译完............ 原文地址： tss中国：LimpidLog 发布了 tss中国
ubuntu18.04 软件 m4(宏处理器)(如果已存在则不用安装) cmake(如果已存在则不用安装) gcc/g++(如果已存在则不用安装) GMP(高精度运算库) tpm_emulator tss...安装TSS软件栈 安装trousers sudo apt-get install openssl sudo apt-get update sudo apt-get install trousers 启动
TSS:帮我选一个Java Web开发框架吧 最近 TheServerSide.com 上一篇文章引起了常常的讨论。地址见这里：Chose a web client framework。...我想Chester Chen大概花5分钟写的帖子没想到上了TSS的首页，并且还引来了长篇讨论。
GDTR 中的内容不变，因为每个应用程序中的 GDT 都是从操作系统“继承”而来的，开始地址和长度都是一样的。 TSS: 任务状态段 顾名思义，任务状态段就是用来存储和恢复任务的状态信息。...就如同 LDT 一样，TSS 也是操作系统为应用程序分配的一块内存空间，只不过这块空间是位于操作系统的势力范围内，只能由操作系统来操作。...TSS 也有起始地址和长度界限，也需要为它在 GDT 中创建一个段描述符。 与 LDT 类似，在处理器中也有一个寄存器 TR，用来指向当前正在执行的那个任务的 TSS。...当进行任务切换的时候： 首先，把处理器中的寄存器内容，存储到 TR 寄存器指向的 TSS 段中(即将被停止的任务); 然后，把新的任务的 TSS 段中的内容，复制到处理器的各寄存器中，并且把 TSS...需要注意的是：上面的 LDT、TSS，是 x86 处理器中设计的运行机制，是处理器要求这样的。 而 TCB 不是处理器要求的，它是操作系统的实现者自己来构建的，因此可以根据自己的需要来进行设计。
error LNK2019: 无法解析的外部符号 “void __cdecl boost::detail::set_tss_data(void const ,void (__cdecl)(void (_...set_tss_data@detail@boost@@YAXPBXP6AXP6AXPAX@Z1@Z21_N@Z)，该符号在函数 “public: __thiscall boost::thread_specific_ptr
姑且不去讨论这些汇编源程序的功能，假设操作系统的pc指正已经运行到了head.s 处的部分代码，这里做下仔细的研究。...也正如我们在操作系统学到的那样： 线程是独立调度的基本单位，用户级线程没有进入系统内核，调用计算机资源，仅仅在用户态下运行即可。...set_tss_desc(gdt+(nrtss)); set_ldt_desc(gdt+(nr<<1)+FIRST_LDT_ENTRY,&(p...tss中。...so，子进程便能在操作系统开始它自己的工作了。。。o(∩_∩)o
一丶TSS和TR寄存器. 首先,CUP在执行代码的时候.是按照任务执行的 每个任务有一个任务状态段TSS 用于保护任务的有关信息.在任务内变换特权级和任务切换的时候.要用到这些信息....这个就是TSS任务状态段. 而在windows 80386中.有两种系统段.一种就是TSS,另一种就是LDT 系统段描述符格式: 这个系统段和存储段相同....查看TSS属性段. 当输入命令 dg 0 100 则会显示100项GDT表的内容. 其中,操作系统在做API的时候,并没有使用门描述符来做....这个要操作系统去处理. 所以当有中断产生, CPU就会查表 . 表内容是固定的. 操作系统会填写函数指针. 当我们按键,产生中断了. 那么就会查表进行操作....二丶中断表的概念 我们上面说过,中断是CPU和操作系统通信的一种机制. CPU接受中断. 那么就要查表.而操作系统要往这个表中填写函数指针.让CPU去执行.
学习. 3.1.1 TSS简介 3.１.2 TSS内存结构 3.1.3 TSS 段描述符 3.1.4 TSS下的寻址形式 3.1.5 windows下的TSS使用 3.2模拟TSS任务切换 3.3 任务门...如果对应操作系统就是线程的概念. TR段寄存器(96位) TR寄存器是一个96位的段寄存器.保存了TSS的首地址 LTR STR 相关汇编指令 L = load的意思 就是装载TR寄存器....0 ss0等寄存器 3.2模拟TSS任务切换 1.了解 TR TSS 与 TSS段描述符之间的关系 TSS段描述符 存储在GDT表中....int TssMemory[0x64] = { 0x00000000,// Previous TaskLink 操作系统会给写入 0x00000000,// esp 0 0x00000000,/...的内存 unsigned int TssMemory[0x64] = { 0x00000000,// Previous TaskLink 操作系统会给写入 0x00000000,// esp 0
directory 当前工作路径 char name[16]; // Process name (debugging) 进程名字 }; 看着记录的信息挺多的，但是相比于其他操作系统...$CPU$ 结构体 进程运行在 $CPU$ 上，$xv6$ 虽然小，但也是个支持多处理器的操作系统，$xv6$ 为每个 $CPU$ 维护了一个数据结构记录当前 $CPU$ 的信息： /******proc.h...但奈何这种切换方式效率实在太低，几乎所有基于 $x86$ 的操作系统都没有采用原生的切换方式，而是自个儿建了一个类似结构——中断栈帧来辅助任务切换。...但现今操作系统基本上都使用平坦模式，段基址都设为 0，所以段描述符用来描述一个段在哪这个作用几乎就没了，所有的段都是从地址 0 开始。...切换进程时 $CPU$ 不会自动地将新任务的内核栈地址写到 $TSS$ 中，需要操作系统自己来做这件事情，这样新任务需要从用户态进入内核他的时候就从 $TSS$ 中获取内核栈地址，这在进程第二篇文章里面会具体展开
+ TSS3_S_SP0], eax ;......+ TSS3_S_SP0], eax ;......---- 系统调用 用户进程因为特权级的关系，无法访问某些权限更高的内存区域， 只能通过系统调用来实现，它是应用程序和操作系统之间的桥梁。 用中断可以方便地实现系统调用。...实现一个简单的系统调用 操作系统给应用程序提供一个get_ticks()的系统调用，用来获得当前总共发生了多少次时钟中断。...系统调用的过程： - 1、“问”，告诉操作系统自己要什么； - 2、操作系统“找”，即处理； - 3、“回答”，也就是把结果返回给进程。
引言 上一篇文章中，我们详细介绍了操作系统特权级，以及利用调用门、TSS 实现不同特权级之间的跳转。...从 Ring0 到 Ring3 毋庸置疑，操作系统是启动在最高特权级的 Ring0 下的，那么，在操作系统中如何实现从 Ring0 特权级跳转到应用程序所在的 Ring3 特权级的呢？...创建 TSS 现在，我们已经有了用于 Ring0 的全局堆栈段，那么我们就可以直接创建 TSS 了。 3.1....初始化 TSS 描述符段基址 ; 初始化 TSS 描述符 xor eax, eax mov ax, ds shl eax, 4 add eax, LABEL_TSS mov...加载 TSS ltr 指令用于将 TSS 选择子载入 TSS 段寄存器 TR。 mov ax, SelectorTSS ltr ax ; 设置任务状态段寄存器 TR 4.
MIT 6.828 操作系统工程 lab4A：多处理器支持和协作多任务 这篇是我自己探索实现 MIT 6.828 lab 的笔记记录，会包含一部分代码注释和要求的翻译记录，以及踩过的坑/个人的解决方案...这里是我实现的完整代码仓库，也包含其他笔记等等：https://github.com/yunwei37/6.828-2018-labs MIT 6.828 操作系统工程 lab4A：多处理器支持和协作多任务...尽管 SMP 中所有 CPU 的功能都相同，但在引导过程中它们可以分为两种类型：引导处理器 (BSP) 负责初始化系统和引导操作系统；只有在操作系统启动并运行后，BSP 才会激活应用处理器（AP）。...每个 CPU 的状态和初始化 在编写多处理器操作系统时，区分每个处理器私有的每个 CPU 状态和整个系统共享的全局状态很重要。...以下是您应该注意的每个 CPU 状态： 每 CPU 内核堆栈 每 CPU TSS 和 TSS 描述符 每个 CPU 当前环境指针 每个 CPU 系统寄存器 练习3：mem_init_mp static
总体而言，操作系统有两个职责：对硬件进行管理和抽象、为应用提供服务并进行管理。 从硬件的角度看，操作系统主要提供两类共性功能：管理硬件和对硬件进行抽象。...在这个过程中，操作系统的核心功能是将有限的离散的资源高效的抽象成无限的、连续的资源，并提供接口给上层的应用。 从应用的角度来看，操作系统主要包含两类共性的功能：服务于应用 、管理应用。...狭义与广义的操作系统 狭义的操作系统指的是操作系统内核再加上一个shell。 广义的操作系统又可以进一步划分为操作系统内核与操作系统框架两层。...系统调用接口 应用程序提供操作系统内核提供的接口（例如系统调用）向内核申请服务。系统调用是用户态应用向操作系统内核请求服务的方法。...POSIX接口 由于每个操作系统提供的系统调用各不相同，为了同一个应用程序在不同操作系统上的可移植性，形成了一些可以指操作系统接口标准，例如POSIX。
操作系统接口 命令界面接口 程序接口 联机命令接口 联机命令的类型 系统访问类 磁盘操作类 文件操作类 目录操作类 通信类 其他命令 联机命令的操作方式 **键入式：**手动敲入 **...进程通信类系统调用 ---- 系统调用的实现 中断和陷入硬件机构 系统调用号和参数的设置 系统调用的处理步骤 系统调用处理子程序的处理过程 ---- 图形用户接口 略 ---- 总结 系统调用是操作系统专门提供给应用程序的接口...，也是应用程序获取操作系统服务的唯一途径。...操作系统为用户提供了三种类型的用户接口。命令控制界面接口，图形用户界面接口，程序接口。 系统态又叫管态，核心态。 系统调用和一般调用的区别——状态的转变。
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