对于GWAS分析的结果，最常见的可视化手段就是曼哈顿图了。一个典型的曼哈顿图示例如下 ? 图中的每个点代表一个SNP位点，横坐标是SNP位点在染色体上的位置，纵坐标是关联分析计算出的p值。...曼哈顿图本质上就是一个散点图，绘制方法比较简单，有很多的R包可以直接出图，本篇主要介绍haploview软件。 这个软件可以直接读取plink关联分析的结果，然后绘制曼哈顿图。...设置好之后，点击OK就可以出图了。示例如下 ? 由于测试数据的SNP位点比较少，最后的效果图并不是特别美观。
GWAS分析，QQ图和曼哈顿图是标配，可是这两个图具体是什么意思？怎么判断好坏，且听我一一道来。 QQ图和曼哈顿图是嘛意思？...常见的图是QQ图和曼哈顿图。比如： 什么是QQ图 QQ图，全称quantile-quantile plot，又称为「分位图」它是判断模型假阳性、假阴性的重要指标。...所以，好的GWAS分析，有结果的QQ图，都是前期在直线上，后面上翘。有点翘的QQ图才是好的QQ图。...什么是曼哈顿图 首先，曼哈顿是一个地名，是这样的： 因为建筑高低错落有致，我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置，将不同SNP的P值比作不同的建筑，就会有种曼哈顿夜景的感觉： 「好的曼哈顿图：」...GWAS分析中，原理就是SNP位点和控制性状的基因存在LD状态，即SNP的分型可以代表基因的不同分型，所以，真实的显著位点应该是在基因两侧分布的，有一个上升和下降的趋势，比如这样的图： 「坏的曼哈顿图
QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。 首先准备输入文件： ?...简单几行命令，QQ图和曼哈顿图就绘制好啦！ 参考资料： https://github.com/YinLiLin/R-CMplot
计算Bonferroni校正后的显著性阈值。这是通过将0.05除以GWAS数据中的行数（即测试的总数）来实现的，用于调整多重比较的影响。
曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。...曼哈顿图优点 大数据中，即展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气，而且还有内涵。...曼哈顿图绘制工具 散点图，自然还是R语言，ggplot2可以画的非常漂亮。这里我们介绍CMplot包绘制曼哈顿图。...曼哈顿图，环形曼哈顿图和QQ图) 2.1....环形曼哈顿图 (1).全基因组关联研究（Genome-wide association study(GWAS)） >CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste
除了曼哈顿图，还有QQ图，它主要是从模型的角度看一下显著位点是否是假阳性。 显著性的位点，怎么能缺少LDblock（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图），倒三角缺不了的！...有时候还会绘制LD衰减图（LD衰减图绘制--PopLDdecay）。 做完GWAS只给出显著性位点和注释基因的汇总统计表格，没有几个绚丽的图就不好意思出来见人，如何绘制曼哈顿图和QQ图？...（颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的），还可以将多个性状或者多个环境的曼哈顿图合并（多性状GWAS结果如何合并做曼哈顿图！） 图好做，但是怎么看？怎么解读？...QQ图和曼哈顿图是嘛意思？ GWAS分析中，会有一个结果，每个SNP的P值，可以根据这个值，以及SNP的染色体和物理位置，进行作图。 常见的图是QQ图和曼哈顿图。...什么是曼哈顿图 首先，曼哈顿是一个地名，是这样的： 因为建筑高低错落有致，我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置，将不同SNP的P值比作不同的建筑，就会有种曼哈顿夜景的感觉： 「好的曼哈顿图：」
大家好，我是邓飞，对于GWAS分析结果，第一个要看的是曼哈顿图，看看有没有显著性的点，没有显著性的点，项目白做了！第二个要看的是QQ图，比较翘就非常理想。...我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。 这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman， 因为这个软件函数很方便。...666 「曼哈顿图：」代码： CMplot(dat,plot.type = "m",threshold = c(0.01,0.05)/nrow(dat),threshold.col=c('grey',...高级作图 「SNP密度图」 CMplot(dat,plot.type = "d",bin.size = 1e6, col = c("darkgreen","yellow","red")) 「环形曼哈顿图...合并密度图和圆形曼哈顿图： CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),
今天介绍一下曼哈顿图如何打印出SNP的名称，类似这样的： 1. 软件包 qqman 下载 在CRAN中下载： install.packages("qqman") 2....示例曼哈顿图 manhattan(dat) 4....代码汇总： ## 曼哈顿图如何显示snp的名称 # qqman library(qqman) data("gwasResults") dat = gwasResults head(dat)
什么是曼哈顿图 曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP（来源wiki）。 ?...GWAS中常见的曼哈顿图 在图中每个点代表一个SNP，纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10，横轴为SNP所在的染色体。...好久没看过文章） 怎么做曼哈顿图 用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。...当然qqman包由于是为曼哈顿图服务所以其实有很多限制，如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。...基础版曼哈顿图 如果你想要标记其中一系列你感兴趣的SNP，怎么办呢？给出你感兴趣的snpsOfInterest列表即可。
作为一种经典的可视化方式，曼哈顿图使用广泛，在GWAS分析中随处可见，本文就来揭秘曼哈顿图绘制的核心方法。...曼哈顿图的命名得益于其形状，和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的大楼非常相近，曼哈顿区是摩天大楼最多的城市，标志性的景观如下 ? 曼哈顿图示意如下 ?...每条染色体可以看做是一座高楼，整体看上去形似曼哈顿区的摩天大楼，所以称之为曼哈顿图。 了解了曼哈顿图的命名，再来看下它所展示的信息。...在实际分析中，通过qqman这个R包可以来实现曼哈顿图的绘制，用法如下 ? 输出结果如下所示 ? 可以看到，只需要准备好同样格式的输入文件，绘制曼哈顿图就是几秒钟的事情。...理解了曼哈顿图的本质，就可以自已用R或者熟悉的软件来定制曼哈顿图。
导语 GUIDE ╲ 曼哈顿、QQ 和火山图是用于可视化高维数据分析结果的流行图形方法 。...背景介绍 对于一些研究领域，如GWAS、EWAS研究，常常会用到曼哈顿图可视化基因组中与表型相关的潜在感兴趣区域、QQ图表示观察到的检验统计量的分布假设、火山图是针对其效应大小、优势比或对数倍数变化绘制的...require("pacman")) install.packages("pacman") pacman::p_load_gh("sahirbhatnagar/manhattanly") 可视化展示 01 曼哈顿图...annotate$SNP,"","GENE: ",annotate$GENE), font = list(family = "serif", size = 10)))) 02 QQ图...qqly(HapMap.subset, snp = "SNP", gene = "GENE") 03 火山图 volcanoly(HapMap.subset, snp = "SNP", gene =
如何让GWAS的结果可视化，我们就用到了曼哈顿图来展示其结果。那么在R语言中当然也有研究者开发了相关的R包“qqman”。...还有未出现的参数main，为图提供标题。 以上就是曼哈顿函数的主要参数。 具体的实现过程，我们以官方的样例进行展示： ? manhattan(gwasResults)#绘制曼哈顿图 ?
https://www.nature.com/articles/s41562-022-01359-x 今天要复刻一下Nature human behaviour上的一张Manhattan plot 曼哈顿图的名字来源是因为其形如曼哈顿的天际线...有时候你可能只是想画SNP的密度图，这个时候前3列就够了。 4....更进一步 这里我们再加上染色体的图，锦上添花！
大家好，我是邓飞，这里回答一下星球的问题，顺便写篇博客： 这里，我们用示例数据，介绍一下CMplot对多个性状进行曼哈顿图。 出图的示例： 1....多个性状合并曼哈顿图 这里，将multracks = TRUE，设置一下，出两个图，一个是按照顺序叠加图，一个是同一个坐标下合并图。...」三个性状的曼哈顿图，按照顺序进行了合并。...「合并曼哈顿图：」 三个性状的曼哈顿图合并到了一张图上，用不同的颜色表示。蓝色的为trait1，黄色的为trait2，紫色的为trait3 4....多个性状，有遗传相关，通过合并曼哈顿图的形式，展示趋势，更直观。
GWAS分析的结果通常使用曼哈顿图来进行展示，将所有的位点压缩到一张图上，好处是显而易见的，一眼可以看到染色体上所有位点的分布，其限制也很明显，分辨率不够高，对于感兴趣的染色体部分区域无法精细展示。...想要展示基因组的部分区域，比如某个基因上的关联分析结果，我们就需要用到locuszoom图。从名字也可以看出，这个图的本质就是对曼哈顿图中的部分基因组区域进行放大展示，可以提供更加详细的展示信息。...上述三个步骤到完成之后，点击plot data就可以出图了，图片内容示意如下 ? 可以看到，locuszoom也没有什么神秘之处，就是在pvalue信息的基础上新增了基因注释和LD的信息。...通过LocusZoom图，可以精细化的展示特定基因组区域的关联分析结果。
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。
1写在前面 原文地址：https://www.nature.com/articles/s41467-020-17376-1 上期复刻了常见的Manhattan图，这一期我们让它卷起来吧！...今天要复刻一下Nature Communications上的一张Manhattan圈图。...有时候你可能只是想画SNP的密度图，这个时候前3列就够了。...---- 4SNP密度图 上一期并未绘制简单的SNP密度图，这里我们补一下 CMplot(pig60K, type="l", # "p"(point), "l"(line), "h"(vertical...m" → Manhattan plot ✅ "q" → Q-Q plot ✅ "b" → both circle-Manhattan, Manhattan and Q-Q plots 5SNP密度圈图
题目描述 给出平面上两个点的坐标(x1,y1),(x2,y2)，求两点之间的曼哈顿距离。曼哈顿距离=|x1-x2|+|y1-y2|。 输入 一行四个空格隔开的实数，分别表示x1,y1,x2,y2。...输出 输出一个实数表示曼哈顿距离，保留三位小数。 样例输入 输出一个实数表示曼哈顿距离，保留三位小数。
6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的Figure4中的一个小图
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