chooseCRANmirror(ind = 18) 七、为 R 添加额外扩展包加载路径 默认 R 包的加载目录在.libPaths()目录中,当然可以为其添加更多的路径。...> .libPaths() [1] "C:/Users/genom/Documents/R/win-library/4.0" [2] "C:/Program Files/R/R-4.0.3/library..." > .libPaths(new = "C:/Users/genom/Desktop/nparFiles/") > .libPaths() [1] "C:/Users/genom/Desktop/nparFiles
/4.2’(因为‘lib’没有被指定)……下载的二进制程序包在C:\Users\Lenovo\AppData\Local\Temp\RtmpgpE1cS\downloaded_packages里> .libPaths...Program Files/R/R-4.2.0/library" # 看到什么东西装到C盘了就心头一紧,于是查了一下怎么改默认保存路径,如下> file.edit('~/.Rprofile')> .libPaths...("D:/xclRproject/packages")> myPaths .libPaths(myPaths)> .libPaths()
那很容易啊,我们把新版本装在A,旧版本在B不就好了: .libPaths() myPaths <- .libPaths() new <- c('/home/data/xx/R/seurat4') myPaths...如果是其他情况,比如你想一劳永逸的修改R 包的环境,而非每次都通过.libPaths() 修改。...第一个方法是直接在Rprofile 中贴一下你的代码: # file.edit(~/.Rprofile) .libPaths() myPaths <- .libPaths() new <- c('/...home/data/xx/R/seurat4') myPaths <- c(new, myPaths) .libPaths(myPaths) # 安在新的目录 install.packages("Seurat...而我,也发现一个有意思的内容: > Sys.getenv("R_LIBS_USER") [1] "~/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.0" > .libPaths(
) newip <- installed.packages()[,1] for (i in setdiff(oldip,newip)) { install.packages(i) } 6.3 通过 libPaths...()函数 (base) xiehs 10:24:06 ~ #使用自己安装的 R $ /ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/bin/R #列出当前 R 包目录,有两个 > .libPaths...x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1" [2] "/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library" #通过 new 选项增加新的目录 > .libPaths...> .libPaths() [1] "/home/xiehs/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1" [2] "/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1.../library" > .libPaths(c(.libPaths(),"/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library")) > .libPaths() [1] "/
dir.exists(.CUSTOM_LIB)){ dir.create(.CUSTOM_LIB) } .libPaths(c(.CUSTOM_LIB, .libPaths())) message...("Using library: ", .libPaths()[1]) if(dirname(tempdir()) !
libPath() 可以看到出了自己的 "/home/tenney/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.1" 以外还有两个包库也可以作为来源, 且不可取消. r$> .libPaths...图片将自动进行解压, 进入解压文件夹点击Rproj文件.图片使用 .libPaths(c(.libPaths(), "/home/Rlib/x86_64-redhat-linux-gnu-library...引用libPaths function - RDocumentation
安装3x 先查看当前的library : > .libPaths() [1] "D:/R-3.5.1/library" 我把新版本的seurat(3x)装在这个路径下,这个很好装,因为托管在了CRAN...studio, if installed) install.packages('Seurat') library(Seurat) 当然可以在install.package里面指定安装的路径,也可以通过.libPaths...package from Hadley Wickham install.packages('devtools') # Replace '2.3.0' with your desired version .libPaths...先来看看2x的对象结构: detach("package:Seurat",unload = T) .libPaths("D:/R-3.5.1/library2") #source("https://z.umn.edu...("D:/R-3.5.1/library") .libPaths() library(Seurat,lib.loc = 'D:/R-3.5.1/library') packageVersion("Seurat
2解决办法 我们先登录网页版Rstudio 用.libPaths()函数查看一下我们目前载入R包的路径 最初Rb包路径 其中第一个是自己家目录下的(拥有读写权限),第二三个是服务器公共的,普通用户是没有...而我们日常调用的Seurat5就装在第二个路径下,因此我们可以把.libPaths() 中的2的路径删掉,不使用服务器提供的公共R包库/home/data/refdir/Rlib 。...这时候在R中敲.libPaths()还是原先的R包路径,点击session Restar R重启R 然后就是我们更改后的.libPaths了 我们下载的包会默认装在第一个路径下面, 我们先下载 Seurat5
还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。....libPaths() Jupyter 还可以让你在同一个代码框,同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考:在python中使用R—rpy2包学习 欢迎关注生信编程日常~
/include #LIBPATHS= -L/usr/local/unixODBC LIBPATHS= -L/usr/lib64/ LIBS=-lodbc -lodbcinst -lcrypt CC...CFLAGS = -Wall -O -g ALL : Test1 Test2 Test1 : TestODBCSample.c $(CC) $< $(CFLAGS) $(INCLUDEDIRS) $(LIBPATHS...) $(LIBS) -o Test1 Test2 : ODBCRefcursorSupport.c $(CC) $< $(CFLAGS) $(INCLUDEDIRS) $(LIBPATHS) $(LIBS
忽然发现我的C 盘已经满了, 赶紧看了一下我的R 是否贡献了大小: > .libPaths() [1] "C:/Users/lenovo/Documents/R/win-library/4.0"...Rprofile,设置如下: # 更改一下R 的安装顺序 .libPaths(c("E:/Program Files/Microsoft/R Open/R-4.0.2/library",...个人感觉总是查找.libpath 有点麻烦,写个简单的函数吧: getLibPath <- function(){ tmp <- data.frame(t1 = paste0("p", 1:length(.libPaths...()))) tmp$t2 <- .libPaths() return(tmp) } > getLibPath() t1
默认的library 是conda 自带的 > .libPaths() [1] "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library" 默认的Seurat是最新版的...首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来 > .libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library")...> .libPaths() [1] "/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3
Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[1L], c(lib.loc, .libPaths...Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths
Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 #查看R包的路径 .libPaths...dir.create("~/seurat_v5") #https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5.html ####在seurat_v5文件夹下安装v5### .libPaths...### #使用的时候加载下v5路径就好啦 .libPaths(c( '/home/data/t140333/seurat_v5/', "/home/data/t140333/R/x86_64-
dir.exists(.CUSTOM_LIB)) { dir.create(.CUSTOM_LIB, recursive = TRUE) } .libPaths(c(.CUSTOM_LIB, .libPaths...())) message("Using library: ", .libPaths()[1]) # Set R temp directory -----------------------------
dir.exists(.CUSTOM_LIB)){ dir.create(.CUSTOM_LIB) } .libPaths(c(.CUSTOM_LIB, .libPaths())) message...("Using library: ", .libPaths()[1]) # if(dirname(tempdir()) !
代码实现 第一步 创建一个R脚本(比如命名为install_bioconductor.R),并包含以下内容: #如果指定想要的r包安装路径#####安装archr包##别处复制.libPaths(c(...usr/local/lib/R/site-library", "/usr/local/lib/R/library", "/refdir/Rlib/")).libPaths
批量加载需要的R包 因为咱们的服务器是已经安装了很多的R包,所以我们可以指定一下R包的临时路径,然后方便加载需要的R包 #将服务器中的R包路径设置为临时的路径 .libPaths(c(.libPaths...(),"/home/data/refdir/Rlib")) #确定目前的R包路径 .libPaths() [1] "/home/data/t100430/R/x86_64-pc-linux-gnu-library
home/scR2021/miniconda3/bin/R scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ R #R version 4.0.3 (2020-10-10) > .libPaths...3.2 shell界面双R版本的切换 scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ /usr/bin/R #R version 3.6.3 (2020-02-29) > .libPaths...4] "/usr/lib/R/library" scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ R4 #R version 4.0.3 (2020-10-10) > .libPaths...4.0的R,建议以后还是习惯R4调用4.0的R (R4) scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ R3 #R version 3.6.3 (2020-02-29) > .libPaths...$ conda install r-seurat (R4) scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ R #R version 4.0.3 (2020-10-10) > .libPaths
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