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沙龙
1
回答
Snakemake
在
python
函数
的
路径
中
使用
通配符
、
、
我有一个简单
的
函数
,它读取一个文件(一行)并获取拆分后
的
第一个元素。
snakemake
中
使用
了这个
函数
。chr/{{ratio=(($7+addon)/($8+addon))*(inp/cdna1);print $0,ratio}}' {input} > {output}我正在尝试获取get_wc
函数
返回
的
值,并将其用作
snakemake
规则
浏览 12
提问于2020-02-13
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2
回答
Snakemake
无效语法
我尝试了所有类型
的
方法,
使用
配置文件等,但没有工作,我不知道如何准确地检测错误检查逐行。sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/
snakemake
_log.txtinput.fastq2} --summary-file {output.txt} |" "samtools
浏览 0
提问于2019-11-07
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1
回答
Snakemake
:
通配符
列表
中
通配符
的
随机顺序
、
、
在
函数
中
索引我
的
snakemake
通配符
有问题。由于某些原因,变量存储
在
“
通配符
”列表
中
的
顺序有所不同。我
使用
该
函数
为我
的
规则之一
的
输入文件生成
路径
,当正确值
的
位置发生变化时,规则每一对查询只成功一次。如何控制或修复
通配符
在
“
通配符
”列表
中
浏览 2
提问于2017-01-27
得票数 0
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1
回答
存储shell命令
的
结果
、
、
正如您可以
在
标题上看到
的
那样,我对存储shell命令
的
结果并将其传递给另一条规则感兴趣。我试图解决
的
错误是subprocess.check_output()
中
{SAMTOOLS}
的
值!,因为不同
的
用户可能会在不同
的
地方安装samtools,所以我们通过configfile使samtools
的
地址可配置。然而,在这里我不能:2)使整个命令可以运行! 那么,请您告诉我,是否有其他
浏览 3
提问于2017-08-28
得票数 0
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1
回答
Snakemake
:
通配符
不会在脚本规则行
中
展开
、
、
我正在运行一个管道,并试图通过
在
一个配置文件(config.yaml)
中
声明
路径
来优化它。config.yaml文件包含查找要在管道
中
运行
的
脚本
的
路径
,但是当我展开
路径
的
通配符
时,管道不会运行脚本。为了解释我
的
问题:input: someinputscript: expand("{script_path}
浏览 11
提问于2022-06-27
得票数 0
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1
回答
Snakemake
:将所有
通配符
传递给单个shell命令
Snakemake
支持
使用
通配符
泛化规则,如下所示: input: output:"file_{name}.csv" "
python
process.py {wildcards.name}"rule all:input: expand("file_{output_types
浏览 4
提问于2022-03-16
得票数 1
1
回答
Snakemake
: wildcard.wildcard_name和{
通配符
}
的
区别?
、
我正在学习
Snakemake
,我对wildcard.wildcard_name和{wildcard_name}之间
的
区别感到困惑。
浏览 1
提问于2021-01-23
得票数 1
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2
回答
阻止输入
函数
生成示例文件
中
不存在
的
文件
、
我一直
在
研究一个我无法解决
的
造蛇问题。chip_seq/input/ear_input_rep1.fastq我用来输入这个文件列表
的
snakemake
函数
-这里称为get_chip_mods -生成实际上并不存在
的
通配符
组合。因此,在这种情况下,get_chip_mods会生成诸如root_rep1_
浏览 11
提问于2019-07-11
得票数 2
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1
回答
通过
使用
通配符
(
在
snakemake
中
)更改文件名
中
的
索引来迭代一条规则
的
方法
、
、
、
我试图
在
snakemake
中
创建一个迭代规则。数据中有一个空文本文件/名为basic_0。: output: shell:addHi.py文件只是
在
文本文件
中
添加了一个
浏览 6
提问于2022-06-29
得票数 3
2
回答
Snakemake
:目标规则不能包含
通配符
我试图提供一堆文件作为
snakemake
的
输入,但由于某些原因,
通配符
不起作用: input:我希望
snakemake
从umap目录
中<
浏览 246
提问于2018-06-13
得票数 2
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1
回答
gatk VariantRecalibrator上
的
Snakemake
、
、
、
我是新手
使用
snakemake
,我有一个问题,当做步骤gatk VariantRecalibrator
在
snakemake
上,它产生了错误,但脚本可以运行没有错误时,蛇
的
格式。root/miniconda3/envs/bioinfo/lib/
python
3.6/concurrent/futures/thread.py", line 56, in run RemovingLook above
浏览 62
提问于2019-05-30
得票数 0
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1
回答
输入文件
中
的
snakemake
通配符
、
、
我对
snakemake
非常陌生,我正试图为每个示例创建一个merged.fastq。下面是我
的
蛇形。wildcard_constraints: shell:其中,“样本”是一个样本名字
的
列表,我试图
浏览 4
提问于2020-09-06
得票数 0
2
回答
通配符
中
的
Snakemake
特殊符号
、
、
我有Snakamake规则如下所示,其中
通配符
包含特殊字符,所以我
使用
sub对它们进行转义,请参阅答案。输出文件:data/extract_AAV(1).csv。get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1', wildcards.filename)}"模块're‘没有属性’sub‘(’r‘) filename = &
浏览 4
提问于2020-04-28
得票数 1
2
回答
snakemake
中
缺少规则all
的
输入文件
、
我正在尝试构建一个用于生物合成基因簇检测
的
snakemake
管道,但我正在与错误作斗争:antismash-output/Unmap_09/Unmap_09.txtantismash-output/Unmap_18/Unmap_18.txt 更多
的
文件,据我所知,snakefile
中
的
文件生成应该是
浏览 29
提问于2019-11-28
得票数 1
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1
回答
如何在
Snakemake
(包括运行时、cpu、内存)中生成模拟nextflow报告
的
报表
、
、
、
、
我习惯于
使用
nextflow,它会自动为每个进程生成报告,这样我就知道
在
工作流
的
每个部分中
使用
了多少时间、cpu和内存。蛇形蛋糕里有类似的东西吗?如果
snakemake
管道
的
作者没有手动报告这一点,是否有一种方法可以自动提取这些信息?
浏览 15
提问于2022-08-23
得票数 2
2
回答
Snakefile如何混合
通配符
和变量
、
我想制定一个规则,对于给定数量
的
线程,并行地将一个目录和格式
中
的
文件转换为另一个目录和格式。
路径
的
某些元素由变量定义,某些元素是
通配符
。我希望
在
phase、sample和ext上
使用
通配符
,但从
Python
环境
中
获取stage、challenge和language。我想要复制操作接收文件到文件。我不希望它将整个文件列表作为输入。这里我不
使用
expand,因为如果我
使用</e
浏览 16
提问于2022-02-12
得票数 2
回答已采纳
2
回答
我不能让这个正则表达式
在
snakemake
中
为wildcard_constraints工作
、
、
我
在
设置这些规则时遇到了麻烦,这样
snakemake
才能知道对哪些文件
使用
哪些规则。
在
RNASeq规则
中
,我有以下内容:这将确保RNASeq库
使用
该规则。但是,我仍然收到关于其他分析
的
模糊规则
的
错误,所以我认为我需要约束其他规则
中
的
通配符
。我试过了: wildcard_constraints:
浏览 5
提问于2017-10-21
得票数 1
2
回答
Snakemake
输入
函数
的
拟零输出
、
、
、
、
你好
Snakemake
社区
py
浏览 0
提问于2018-12-19
得票数 0
回答已采纳
1
回答
Snakemake
多个
通配符
和and解析参数
、
、
、
我是新手,发现做最简单
的
事情是很困难
的
。].split('.')[0] + '_added.txt'), 'w')我所做
的
就是
在
控制台上触发以下命令问题是当我试图围绕问题设计一个
snakemake
工作流时,涉及多个
通配符
、依赖项等。adding_text.py identity_catego
浏览 3
提问于2021-05-04
得票数 0
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1
回答
Snakemake
:
在
多个文件上运行BWA时
的
CalledProcessError
我有一个包含多个子文件夹
的
文件夹,每个文件夹都包含.fastq文件,我想要对齐一个基因组。我正试图为它创建一个
snakemake
工作流。首先,我
使用
通配符
访问每个子目录及其中
的
文件。然后
使用
展开
函数
存储文件
的
所有
路径
,并编写规则将文件映射到基因组。/samtools sort -o - > {output.r2}" 但是,当我以"
snakemake
bwa_map“
的</e
浏览 2
提问于2017-09-26
得票数 0
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