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学员分享-aspera踩坑记录

我现在就在想我一开始windows系统的时候怎么没有人教我这个,所以在一开始用电脑现在想想真的是混乱。...下面主要说说我的数据下载踩的坑,多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来,我是aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject;一般知道它的GEO accession和...下载下来数据在windows下面Excel打开了一下再上传的,由于点了每行行尾,然后在上传上去之后生成的sra.url文件每行行尾多了特殊字符,对数据下载流程即代码都不熟悉的我,开启了为时两天的踩坑。...在这里我是在后面生成sra.download.sh的时候才发现的,vim sra.download.sh,然后出现了下面这个图,我一直没有想明白怎么回事,后来在张老师的指点下,了解到时我上面写的那个问题

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RNA-Seq数据aspera高效批量下载(万事开头难)

下载数据 由于是EBI数据库,wget下载速度太慢,Jimmy大神强烈建议aspera工具下载,于是参考生信技能树教程代码,首先需要熟悉GEO和SRA数据库: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够...使用conda安装aspera conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli...bioconda sra-tools which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 我EBI...单个样本fq下载 找到单个样本的链接很容易: (base) vip31@tpm2-WD12:~/RNA_Seq/sra$ ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect...nohup cat filereport_read_run_PRJNA229893_tsv.txt | while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera

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