咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 DIAMOND是一种高通量比对程序，可将DNA测序reads文件与蛋白质参考序列文件（如NCBI-nr）进行比较。...能够直接输出和Blast相同的格式不能不说是最大的优点之一) 一、软件安装 使用conda安装 conda install diamond 二、diamond的用法 安装完成以后，可以使用diamond...--help来查看软件的帮助文档。...我的建议是在m8格式的基础上添加qlen和qcovhsp两列信息，可在结果中直接查看query的覆盖率，有助于判断比对结果 三、软件运行命令 mkdir diamond # 构建数据库索引 nohup
一、简介 Diamond是淘宝研发的分布式配置管理系统。使用Diamond可以让集群中的服务进程动态感知数据的变化，无需重启服务就可以实现配置数据的更新。...具有简单、可靠、易用等特点 二、使用方法 服务端搭建 1 准备工作 安装jdk 安装maven 安装tomcat 安装mysql 2 启动mysql并创建数据库和表 -- 创建Diamond数据库 CREATE...DATABASE IF NOT EXISTS `diamond` /*!...4 打包 修改diamond-server/src/main/resources/system.properties文件，将diamond.server.addr的值换成Diamond服务器所在机器的...package -Dmaven.test.skip=true 5 用tomcat加载diamond-server/target/diamond-server.war 客户端使用 1 将diamond-client
说明：本文不介绍如何使用Diamond，只介绍Diamond的实现原理 一、什么是Diamond diamond是淘宝内部使用的一个管理持久配置的系统，它的特点是简单、可靠、易用，目前淘宝内部绝大多数系统的配置...，由diamond来进行统一管理。...• 数据库主库不可用，可以切换到备库，Diamond继续提供服务 • 数据库主备库全部不可用，Diamond通过本地缓存可以继续提供读服务 • 数据库主备库全部不可用，Diamond服务端全部不可用...，Diamond客户端使用缓存目录继续运行，支持离线启动 • 数据库主备库全部不可用，Diamond服务端全部不可用，Diamond客户端缓存数据被删，可以通过拷贝备份的缓存目录到容灾目录下继续使用...五、Diamond的架构图 ?
java: -source 1.5 中不支持 diamond 运算符
使用： 先拉下代码： https://github.com/gzllol/diamond 创建数据库权限和表 create database diamond; grant all on diamond...config: 123456 结果：发现这个diamond还是挺简单的。 接下来进行spring整合diamond。（发现idamond整合资料极少...）...diamond.properties diamond.port=8090 diamond.config.ip=127.0.0.1 diamond.dataId=hong com.hong.spring.config.diamond.ApplicationConfigurer...package com.hong.spring.config.diamond; import com.taobao.diamond.manager.DiamondManager; import com.taobao.diamond.manager.ManagerListener...**apollo.meta：**当前环境服务配置地址，生产环境建议至少双节点，可以填写多个逗号分隔，使用一个单独的域，如 http://config.xxx.com（由nginx等软件负载平衡器支持），
project的java level 已经核实确实为8，但是IDEA里面仍然会有如下图的提示:
继上文：spring的整合分布式配置中心(ACM diamond nacos Apollo) 注：本文篇幅有点长，所以建议各位下载源码学习。（如需要请收藏！转载请声明来源，谢谢！）...最后 不管是diamond、apollo、nacos或者其它分布式配置框架，都很好的解决一块需要动态配置的问题，当然这里推荐用nacos不仅可以作为分布配置中心也可以作为分布式注册中心，并且功能简单实用...，没有apollo学习成本那么高，api和相关文档也比diamond丰富得n倍，当然这也不一样，鞋子合不合适要由你的脚才知道，外人永远只推荐自己觉得最好的！
以上操作完毕可以发现编译不再报错（Error:(33, 51) java: -source 1.5 中不支持 diamond 运算符 (请使用 -source 7 或更高版本以启用 diamond 运算符
如果你的错误是-source 1.5中不支持diamond运算符， 就说明下面的设置有或所有设成了1.5。 看下面的设置：我的jdk是1.8，我把它们都设置成8，就解决问题了。 ? ? ? ?
diamond 可以应用于物种分类的鉴定，比对之后，直接导入 megan 软件进行物种分类以及数据可视化。相比于 blast程序，具有以下特点。...的软件版本要与数据库版本一致。...网址：https://github.com/bbuchfink/diamond 5.2 软件安装使用 1 软件安装 #bioconda 安装 mamba install -y diamond #现在预编译程序...2、物种鉴定 #检查数据库版本 diamond dbinfo -d /nr_diamond/nr.dmnd diamond dbinfo -d /diamond_20210825/nr.dmnd #diamond...比对 diamond blastx -q P15.fastq.gz --db diamond /diamond_20210825/nr -o blastx -p 12 -f 100 #可视化 diamond
一、前言 现在已经是2016年收官的一个月了，之前一直想做一个calamari的集成版本，之所以有这个想法，是因为，即使在已经打好包的情况下，因为各种软件版本的原因，造成很多人无法配置成功，calamari...发布以后，因为版本的更迭，经常出现软件版本引起的BUG 这里直接把需要的软件集成在一起了，按照本篇指导，一步一步是能够很简单的配置起来的，并且提供了一个视频的指导，应该能够很大程度上降低calamari...的部署难度，希望能够帮助到更多的人 二、集成软件版本说明 操作系统 Centos 7.3 之所以选择这个版本是因为这个是最新发布的，centos小版本的发布能够解决一些BUG，并且不会做很大的改动，并且能够让这个集成系统保持一定的生命周期...来采集一些监控信息，一个是salt-minion来采集集群的一些信息以及接收控制 修改diamond.conf cp /etc/diamond/diamond.conf.example /etc/diamond.../diamond.conf 然后修改/etc/diamond/diamond.conf [[GraphiteHandler]] ### Options for GraphiteHandler # Graphite
参考文章[http://blog.csdn.net/wave_1102/article/details/47671019]都不能解决问题。
eclipse-workspace/webservice/src/main/java/com/cntaiping/tpa/util/Dom4jUtil.java:[251,60] -source 1.5 中不支持 diamond...运算 符 (请使用 -source 7 或更高版本以启用 diamond 运算符) [ERROR] /D:/Users/chengyq/eclipse-workspace/webservice/src.../main/java/com/cntaiping/tpa/util/FileUtil.java:[170,51] -source 1.5 中不支持 diamond 运算符 解决办法： 可以在pom.xml
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！...下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 NR数据库包含了所有物种分类的蛋白序列数据，目前NR数据库大约83G大小，由于注释数据运行时间和数据库大小几乎呈集合级增长，另外防止其他物种序列影响注释结果...ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.FULL.gz step2：taxonkit、csvtk安装 咱们的软件...& # diamond blastx 比对nr_human nohup diamond blastx -e 1e-5 -d /home/data/lihe/database/blastDB/nr_human.../diamond/nr_human \ -q ..
/yum.repos.d/epel.repo sed -i 's@mirrorlist@#mirrorlist@' /etc/yum.repos.d/epel.repo 2、安装适应版本的Django软件包...diamond ：搜集器、用于搜集数据 diamond的github官方站点：https://github.com/python-diamond/Diamond/wiki 1、安装Diamond yum...2、配置 cd /etc/diamond/ cp diamond.conf.example diamond.conf 主要修改三个配置文件： [root@Allentuns diamond]# vim...host = localhost 3、启动diamond服务 chmod +x /etc/init.d/diamond /etc/init.d/diamond start chkconfig diamond...来搜集，则无需此选项，因为diamond有针对类的配置文件，在配置文件中开启会比在脚本中开启看起来更统一 4、在脚本中关闭，在diamond中的配置文件中自动启用此选项 # cd /etc/diamond
# 由于是刚开始搭建，这里没有给orthofinder单独一个环境空间，这一套下来，基本的基因分析软件都安装好了。 image.png 包括两两比对软件：blast，diamond。...# diamond快，且宣称其方法和比对结果并不比blast逊色 包括多重比对软件：mafft，muscle。...# muscle最快，mafft最准，这两个软件在多序列比对中宣称排前二 包括建树软件：fasttree，raxml，iqtree。...# fasttree最快，raxml和iqtree较准 包括聚类软件：mcl。# orthofinder套用的聚类软件 包括其他重要的包和依赖。
二、软件安装 网址：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper 在线版本：http://eggnog-mapper.embl.de/...eggnog/eggnog.db.gz axel -n 100 http://download.nmdc.cn/tools/eggnog/eggnog_proteins.dmnd.gz #基因功能注释 diamond...--version diamond version 0.8.22 #diamond提示数据库版本不对，就安装2.0.13版本 conda install diamond=2.0.13...三、软件使用 emapper.py -i mg.filter.faa --output annotation -m diamond --data_dir eggnog_database 选项参数：...-i: 输入文件，最好是基因的氨基酸文件 -o: 输出结果前缀 -m: 使用 HMMER 策略还是 DIAMOND 策略，默认使用 HMMER，新版本只支持 diamond
将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对，获得TBtools做GO注释需要的.xml格式文件 参考文献：DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件 下载swissprot数据 wget ftp...uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz bgzip uniprot_sprot.fasta.gz 下载diamond...wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz tar xzf diamond-linux64....tar.gz 无需安装，解压出来即可使用 构建数据库 ~/mingyan/Bioinformatics_tools/Diamond/diamond makedb --in uniprot_sprot.fasta.../diamond blastx --db uniprot_sprot -q output.fasta -o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步：使用TBtools
而且目前两者都可以用同一种比对软件来注释，所以不影响阅读。序列决定结构，结构决定功能。功能注释本质是目标蛋白序列同功能蛋白序列数据库的比对过程。...宏基因组数据比对神器 DIAMOND（double index alignment of next-generation sequencing data)） 2015年nature methods上发布了一款新的比对软件...DIAMOND，是一款新的用于短DNA测序reads与蛋白参考数据库比对的工具。...1）使用DIAMOND软件将 Unigenes 与各功能数据库进行比对（blastp，evalue ≤ 1e-5） 2）比对结果过滤：对于每一条序列的 比对结果，选取 score 最高的比对结果（one...HSP > 60 bits）进行后续分析 Function/DIAMOND/diamond blastp -q Unigenes_50.fa -d database/COG/cog_clean.fa
二、二代测序宏基因组分析流程 二代宏基因组分析流程图 1、数据质控：使用 kneaddata 软件，该软件先调用 Trimmomatic 过滤数据，然后利用bowtie2 或 bmtagger...如果想做基因丰度分析，有两种方案，第一种非比对方案，使用 Salmon 软件；第二种比对方案，bwa 或其他比对软件比对，bedtools 丰度统计。...humann3_databases #humann_databases --download uniref uniref90_ec_filtered_diamond humann3_databases...humann_databases --download uniref uniref50_diamond humann3_databases #humann_databases --download uniref...uniref50_ec_filtered_diamond humann3_databases humann_databases --download utility_mapping full humann3
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