HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件，提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能，运行效率高，用法简便。...HiC-Pro的一个强大功能在于可以构建单倍型级别的Hi-C图谱，单倍型级别的Hi-C图谱有助于更加精细化理解基因组三维结构，进一步对基因调控等功能进行深入细致的研究。...序列比对 HiC-Pro采用了两步比对的策略，如下所示 ?...HIC-Pro还提供了一系列的质控标准，如下图所示 ? 一个高质量的文库绝大部分肯定都能够比对上基因组，如图A所示， R1和R2的比对率都很高。...HiC-Pro所有的参数都放置在一个配置文件中，既可以一键化运行整个pipeline, 也可以分布运行，单独执行其中的某几步，灵活性很强，后续会介绍其详细用法。
现在才正式开始数据处理实战，其中实战的测试数据，参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲：流程及软件 。...Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦，我就不重复写了，大家仔细查看第3讲：流程及软件 。...很明显，前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在： source activate hic /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin...Hic-pro软件的使用。...~/data/project/hic/ cd ~/data/project/hic/ 参考基因组 mkdir -p ~/data/project/hic/ref cd ~/data/project/hic
HiC-Pro软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。.../configure make make install # HiC-Pro wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz...tar xzvf v2.11.1.tar.gz cd HiC-Pro-2.11.1 make configure make install 安装好之后，需要准备以下几种参考物种的相关文件 1....输出结果目录如下 |-- bowtie_results |-- config_test_latest.txt |-- hic_results |-- logs |-- rawdata -> /HiC-Pro...-2.11.1/test_data/ `-- tmp 其中hic_results目录下是最终结果，包含了不同分辨率下的hi-c图谱和质控的图表。
HiC Pro 是一组基因组分析套件，可提供 HiC 相关的分析。 配置运行时环境 Python 环境 和 Docker 环境 二选一即可。...v3.1.0.tar.gz # 根据 HiC Pro 项目中的配置文件创建一个全新的环境 conda env create -f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml # 激活...HiC-Pro Python 环境 conda activate HiC-Pro_v3.1.0 # 可选，AWS Ubuntu 需要安装 apt install g++ unzip # 生成配置，...；—name 代表 docker 运行时名称；-v 代表挂载目录（可挂载多个路径）； nservant/hicpro 代表镜像名称； /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC...Pro 程序参数： /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/data
HiC Pro 是一组基因组分析套件，可提供 HiC 相关的分析。配置运行时环境Python 环境 和 Docker 环境 二选一即可。....tar.gz# 根据 HiC Pro 项目中的配置文件创建一个全新的环境conda env create -f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml# 激活 HiC-Pro Python...name 代表 docker 运行时名称；-v 代表挂载目录（可挂载多个路径）；nservant/hicpro 代表镜像名称；/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC Pro...Pro 程序参数：/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/dataHic...如果是 Docker 环境: /HiC-Pro_3.1.0 (注意 3.1.0 为软件版本，后续可能改变，可通过 ls 查看根目录下判断得出具体目录)/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro
/miniconda3/envs/hic/bin/R PYTHON_PATH =/home/zengjianming/miniconda3/envs/hic/bin/python CLUSTER_SYS.../home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro -h 这样如果输出了帮助文档，说明安装成功哦。...Hic-pro教程 其说明书完全不逊于hiclib，详见：http://nservant.github.io/HiC-Pro 大体上看就6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、...构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。...当然，不得不提的是其特色功能：位基因特异性HiC分析 今天有点晚了，明天继续实战哦。
本来准备直接实战了，但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读，我还是需要带领大家看看那些已经发表的好文章到底是如何处理hic数据的。...虽然本次我们讲解HiC，但事实上这个文章利用的各种数据比较多，包括： ?...我们关心的HiC数据 主要是4个HiC样本，如下： GSM2334835: Hi-C U266 MboI; Homo sapiens; OTHER GSM2334834: Hi-C U266 HindIII...然后再看其文章描述的数据处理步骤，作者使用了2013任兵教授的nature文章的数据分析方法：GSE43070....看看数据处理的中间文件 我尝试下载了 HindIII_HiC_TAD_40kb.tar.gz 文件和HindIII_HiC_ice_matrix_500kb文件并且简单查看，如下: mkdir -p ~
Hic数据介绍及相关分析 1，什么是Hic数据？ Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。...3，目前的处理流程 图片27.png 4，分析主要工具 目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer 5，juicer的安装及使用 juicer由两部分组成：从原始数据到创建Hi-C...mkdir HIC003; cd HIC003 mkdir fastq; cd fastq wget http://juicerawsmirror.s3.amazonaws.com/opt/juicer.../work/HIC003/fastq/HIC003_S2_L001_R2_001.fastq.gz cd .....和inter_30.hic文件，其中的inter_30.hic 是设置了 MAPQ threshold >30 后得到的结果。
本文独家改进：改进点：1）backbone加入CBAM；2）backbone、neck连接处加入involution注意力；3）添加一个针对小物体的额外预测头，提升小目标检测性能；HIC-YOLOv8...我们的结果表明，HIC-YOLOv5 在 VisDrone-2019-DET 数据集上将 mAP@[.5:.95] 提高了 6.42%，将 mAP@0.5 提高了 9.38%。...YOLOv8有3个检测头，能够多尺度对目标进行检测，但对微小目标检测可能存在检测能力不佳的现象，因此添加一个微小物体的检测头，能够大量涨点，map提升明显；2.HIC-YOLOv8复现2.1加入ultralytics
不需要复杂的背景知识 该软件按照功能拆分成了三个大的分析步骤，依次运行即可得到最终的分析结果 数据预处理，将原始的fastq序列比对参考基因组，识别其中的valid pairs, 并生成一个后缀为hic...的文件 读取hic文件，创建可视化的交互图谱，也称之为contact map, 并进行归一化 采用算法预测TAD和染色质环等结构 完整功能示意如下 ?...和其他Hi-C数据处理软件相比，juicer的功能更为齐全 ?...juicer独创了一种名为hic的文件格式，用来存储Hi-C数据的相关信息，这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式，在以下链接可以查看这种格式的详细信息 https://github.com/theaidenlab.../juicebox/blob/master/HiC_format_v8.docx 在后续的文章中，会详细介绍该软件的用法。
实战我首先介绍的是：HiC数据分析实战之Hic-pro 然后关于实验细节我推荐了资源：Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源） 现在插播一个学员投稿： Lachesis安装采坑全纪录 卖萌哥倾情奉献
如果大家还记得我HIC第一讲：三维基因组学习笔记 里面提到： ?
导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1....aligned aligned目录下存放的是最终结果，包含了可以导入juicebox的后缀为hic的图谱文件, inter.hic和inter_30.hic， 30表示通过MAPQ > 30进行过滤之后的结果
TADbit是一个hi-c数据分析的软件，提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能，对应的文章链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5540598...hi-c矩阵 该软件采用python进行开发，采用了面向对象的编程思想，首先要做的就是构建一个object, 构建的过程中需要对应的hi-c交互矩阵, 软件自带的测试数据集包含了以下两个hi-c矩阵 HIC_gm06690..._chr19_chr19_100000_obs.txt HIC_k562_chr19_chr19_100000_obs.txt 对应GM06690和K562两种细胞系19号染色体100kb分辨率下的交互矩阵
在使用 R 语言的过程中，需要给函数正确的数据结构。因此，R 语言的数据结构非常重要。通常读入的数据并不能满足函数的需求，往往需要对数据进行各种转...
自己单细胞数据也鉴定出HF 间质部分的Hic1表达以及Hic1基因的调控网络。 Hic1主要分布在lower dermis中，upper dermis很少。...Hic1+ 细胞共表达fibro-adipogenic MPs的marker如PDGFRa，SCA1(Ly6a),CD29 ? ? ? ① Hic1+细胞是hfDSC吗?...使用Hic1-tdT小鼠，短期谱系追踪。Hic1+细胞标记一部分的hfDSC。 ? ②毛囊外的Hic1+细胞会在毛发生长期增殖并提供新的真皮细胞吗？ 会，而且是皮肤MP特有的。...监测更长时间的毛发周期发现，70dpw，85dpw,Hic1+细胞还是在新生的DP 中。 ? 毛囊重组实验证明，Hic1+细胞有强劲的再生毛囊能力。 ? ? 4....9.删除Hic1 通过提高fibro的密度来增加LW中的再生 在骨骼肌和心肌损伤后，Hic1的失活导致fibrosis。皮肤中的Hic1失能会对伤口造成什么影响？
ASL数据处理业务： 1.数据预处理： 具体包括：数据转换、图像复位、头动校正、配准、平滑、去除颅外体素、计算CBF等。 ? ?...2) 可根据客户需求，个性化定制数据处理过程。
数据采样： setwd("E:\\Rwork") set.seed(1234) index <- sample(1:nrow(iris),10, replace...
游戏行为数据的用户付费指标是评估玩家在游戏中消费行为的关键数据点。这些指标可以帮助游戏开发者和运营商了解玩家的付费习惯，从而优化游戏设计、提高收入和改善玩家体验...
很久没有更新文章了， 在这里分享一下关于数据处理的 步骤，方法供大家参考。 数据处理的基本内容主要包括数据清洗，数据抽取，数据交换，和数据计算等。
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