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eggnog-mapper软件的安装配置

使用之前我先创建了一个python2的虚拟环境conda create -n emapper python=2.7conda activate emapper 以上是使用diamond做注释,这个软件还可以使用hmmer 做注释,印象里好像还得配置hmmer的数据库。

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eggNOG:从COG延伸出来的同源蛋白数据库

支持diamond和hmmer两种比对软件,当序列条数少于1000条时,选择hmmer,当序列多余1000条时,选择diamond, 速度更快。

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    Bioinformatics|LncADeep一种基于深度学习的从头开始识别lncRNA和功能注释工具

    ORF的EDP,Mean hexamer score, UTR coverage ,guanine-cytosine (GC) content, Fickett nucleotide feature 和HMMER 除此之外,还有ORF的EDP,Mean hexamer score, Fickett nucleotide feature 和HMMER index这些特征。

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    Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程)

    github.comEddyRivasLabhmmer.git #如果当前目录有aclocal.m4,则不需要执行 #ln -s `pwd`easelaclocal.m4 `pwd` ln -s `pwd`easelaclocal.m4 hmmer # 如果没有autoconf,找管理员配置,或查看软件安装 autoconf (cd easel; autoconf) (cd hmmer; autoconf) .configure --prefix

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    用 eggnog-mapper 进行功能注释

    Nucleic Acids Res (2019). https:doi.org10.1093nargky1085•在该版本中 HMMer 搜索模式已被弃用。

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    全基因组基因家族的分析系列之HMMER3.1使用

    速度好像有些慢,只能无奈等待wget http:eddylab.orgsoftwarehmmer33.1b2hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64.tar.gztar -zxvf hmmer

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    科研若要酷,就用TBtools!(收藏贴)

    甚至有Hmmer,使用hmmsearch等?在linux或者macOS下本地运行meme是常见的,但从某个角度来说,在windows下直接运行meme,或许只能在TBtools中找到。? 其中Check Dependency可供用户检测TBtools是否调用的所有外部程序都存在(目前仅包括Blast,RNAfold,Hmmer,MCScanX,meme,muscle)。

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    eLife | 利用进化信息预测蛋白质界面间残基-残基相互作用

    (9)对接测试集使用Jackhammer(HMMER v3.1b软件包的一部分)来识别基准集中18种复合物的子集,其中至少一种蛋白质或紧密同源物的apo形式具有可解析的结构。

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    ACS Nano | 基于计算机的抗菌肽发现框架

    校准结果然后提交给特定的计算机程序,如HMMER或Pratt。REGEX的一个重要特征是,有助于功能的氨基酸理化性质可以通过经验的方式整合到平台中。

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    lncRNA必知必会的数据库资源大全

    另外,还采用了不同软件,对蛋白编码潜能进行了评估,软件列表如下:CPC、HMMER、PRIDE、PhyloCSF、CPAT、Ribosome-profiling。

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    使用CCS序列数据改进宏基因组拼接效率和物种分类注释

    将所得蛋白质序列与使用HMMSCAN(HMMER 3.0版的一部分)的31个AMPHORA标记基因HMM进行比较,其构成了细菌序列的自动系统发育学推断流程的基础。

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