ICGC国际癌症基因组联盟，有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目，包括25,000个肿瘤基因组。...与TCGA不同的是，ICGC里面有多个国家的人群的数据 ? 突变整体比较的经典图，每个点表示每个个体外显子区每MB区域体细胞突变的数目，不同区域的不同癌症归位一组展示。...ICGC可以做在线富集分析，队列比较分析，集合分析和利用OncoGrid展示数据。 ? 不同疾病或地域之间共有或特有的突变位点。 R语言学习 - 韦恩图 ? 搜索基因后的详情页 ?
ICGC全称如下 International Cancer Genome Consortium 称之为国际肿瘤基因组协会，成立于2007年，第一个提议是构建约25000肿瘤的基因组图谱，称之为the 25K...ICGC的网址如下 https://icgc.org/ 所有的肿瘤基因组数据通过Data Portal进行查看，分析和下载，网址如下 https://dcc.icgc.org/ ?...和TCGA类似, ICGC中中丰富的肿瘤基因组学数据，也是一个可以进行深入分析与挖掘的宝藏。
TCGA有自己的一批工具，ICGC也有自己的网站，但好的资源都是要整合起来，整合越多越好（虽然事实不一定如此，但有这个想法的人不少），用着才更方便。这就靠今天介绍的UCSC XENA来实现了。...现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。...另外 Xena 提供了ICGC Data Portal的Chrome扩展，可以在ICGC的界面加入XENA的Heatmap展示，不过没有测试成功。...这次测试Xena插件时，去ICGC的官网又看了下，网站又更新了。好在变化不是特别大，之前ICGC数据库的使用和TCGA数据库在线使用都还可以用。
另外呢，由于最近ICGC提的也比较多，所以这里也就做一下简单的介绍。 需要明确的是，这几个数据库属于原始数据储存数据库。我们在这里得到的都是相对原始的数据库，需要具备一定的数据分析能力。...ICGC ICGC (https://dcc.icgc.org/), 全称International Cancer Genome Consortium（国际癌症基因组联盟）。...这个数据库和TCGA的关系，就是ICGC数据库包括了TCGA的数据。另外呢，ICGC也纳入了其他别的地区所做的队列的测序数据。所以如果使用ICGC进行检索的话，我们可以得到更多的数据。 ?...ICGC是一个储存原始数据的地方，我们只需要检索相对应的关键词就可以得到具体的信息了。我们可以检索疾病、基因名称或者突变信息都可以。...这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据，而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序，所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。
fn=%2FPCAWG%2Fconsensus_cnv%2Fconsensus.20170119.somatic.cna.icgc.public.tar.gz download?...fn=%2FPCAWG%2Fconsensus_snv_indel%2Ffinal_consensus_passonly.snv_mnv_indel.icgc.public.maf.gz download...fn=%2FPCAWG%2Fconsensus_sv%2Ffinal_consensus_sv_bedpe_passonly.icgc.public.tgz download?...Ffinal_consensus_sv_bedpe_passonly.icgc.public.tgz Ffinal_consensus_sv_bedpe_passonly.tcga.public.tgz...Ffinal_consensus_sv_bedpe_passonly.icgc.public.tgz Ffinal_consensus_sv_bedpe_passonly.tcga.public.tgz
数据介绍 从ICGC和TCGA中获得239例PAAD患者的归一化基因表达和临床随访数据，以及103例患者的RNA-seq数据。...结果还发现，ICGC 队列中 ICP 的总体表达水平高于 TCGA 队列。...在本研究中，ICGC 和 TCGA 队列在不同免疫亚型中的 CA199 和 CA125 表达水平存在显著差异。...在 ICGC 队列中显示出相似的免疫细胞评分，但是亚型之间的免疫细胞组成存在显著差异（图 8b）。...对蓝色模块的预后相关基因的分析表明，在 ICGC 和 TCGA 队列中，较高的表达评分与较好的预后相关，这与上述发现一致（图 11f 和 g）。
ICGC 网址：https://dcc.icgc.org/ ICGC全称是International Cancer Genome Consortium (国际癌症基因组联合体)。...ICGC的主要目标是在全球范围内具有临床和社会重要性的50种不同癌症类型和/或亚型的肿瘤中生成全面的基因组异常（体细胞突变，基因异常表达，表观遗传修饰）目录数据，尽可能快地向整个研究团体提供数据，并且以最小的限制...ICGC促进了成员之间的沟通，并为广大科研人员提供了一个平台，达成治疗和预防这些疾病的最大化目标。 ?
ICGC是官网 https://dcc.icgc.org/pcawg 写清楚了两千多个病人的WGS数据来源于哪些项目哪些癌症！ ?...exploration, visualization, and discover 有介绍这4个工具：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/163907v5 分别是： The ICGC...Data Portal, ：https://dcc.icgc.org/pcawg UCSC Xena, ：https://xenabrowser.net/datapages/?
那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过，链接如下： UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC) ICGC数据库使用 TCGA
如何利用ICGC数据库来寻找一个突变相关课题 昨天我们介绍了ICGC来浏览PCAWG数据的基本功能。昨天的那样介绍，稍微有一些零散，所以我们可以假设一个例子来使用ICGC数据库分析一下看一看。...这里我们以食管癌举例： 1.1 查看食管癌当中插入突变的结果 在ICGC的数据库的筛选栏当中，我们在 Donors中的样本类型当中选择食管，在Mutations中的突变类型选择插入。...ICGC提供了交叉分析的入口。我们可以在Data Analysis当中使用Set Operations来进行交叉分析。在这里我们选择Select就可以选择数据集进行交叉了。 ?
此外，使用Cox回归分析和LASSO算法鉴定预后相关的基因，随后用于建立缺氧和免疫相关的基因特征，同时使用ICGC队列进行外部验证。...最后，作者进行单因素和多因素分析，结果表明风险打分可以作为预测TCGA和ICGC HCC预后的独立因素（表1和表2）。 ?...表2 ICGC队列中与总生存率相关临床特征的单因素和多因素Cox回归分析 ? 5. 预后特征与临床表型的关系 TCGA HCC队列共有216例病例记录了完整的临床表型数据。...ICGC HCC队列共有203例病例记录了完整的临床表型数据。风险打分与临床分期、侵犯门静脉和侵犯静脉显著相关（图4C-E）。 ?...图4 TCGA和ICGC HCC队列预后特征与临床表型的相关性 6. 高风险和低风险组缺氧状态的评估 为验证高风险组和低风险组之间的缺氧状态，作者进行GSEA分析。
下面是11月学员的投稿 最近批量下载了ICGC数据库资料，数据库长这样： 下载的数据长这样,存放在我的/bioinformatics/ICGC/SpecimenCentric文件下： (base)mk...@mk:/bioinformatics/ICGC/SpecimenCentric$ ls 发现每个文件名的前缀奇怪的的命名，每个文件最前面多了 sp%2F字符。
数据介绍 本研究从TCGA，ICGC，GEO中共获得了660 个 HCC 样本数据集。从TISIDB获得与癌症免疫治疗中对 TTK 的良好反应相关的基因，用于建立基因组，称为 GSTTKs。...接下来本研究通过生存分析评估 TTK 模式在 HCC 患者中的临床预后价值，结果发现两个集群中的患者在 TCGA 数据集（图 2E）和 ICGC 数据集（图 2F）中的存活率均显示出显著差异。...使用应用于 TCGA-LIHC 队列的公式计算 ICGC-LIRI-JP 队列患者的 TCscore，以验证 GSTTKs 特征的预后能力。...TCGA-LIHC 队列（训练集）和 ICGC-LIRI-JP 队列（测试集）中的 AUC 值分别为 0.724和0.729（图 6A、B）。...单因素和多因素 cox 回归分析表明，TCscore 是 TCGA-LIHC（图 6D） 和 ICGC-LIRI-JP（图 6F）中 HCC 患者的独立预后因素。
Cancer Genome Collaboratory https://cancercollaboratory.org/ 和Amazon Web Services访问和下载 https://dcc.icgc.org.../icgc-in-the-cloud/aws 此外需要注意的是，和其他TGCA等的项目的数据一样，germline SNPs数据是controlled，需要通过dbGaP或者是ICGC数据委员会进行申请
on a Six-Gene Signature Predicts Overall Survival in Patients With Hepatocellular Carcinoma”，作者借助GEO、ICGC...通过比较这两组中6个基因的表达情况以及生存情况，作者发现高评分组中6个基因高表达且具有不良预后（图4左） 为了进一步验证预测效果，作者从ICGC数据库中选取243个HCC样本，计算风险评分并分组，比较6...相同方法的验证应用于ICGC数据集中（见图5B和图5D） ?...（图6C）同样的分析也应用于ICGC数据集中。 单因素Cox分析表明，风险评分和病理分期与OS相关（P <0.05；图6B）。多元Cox回归分析显示，风险评分，既往恶性程度和病理分期与OS相关。
在这一较小的患者亚群中，7名患者具有吉西他滨敏感性特征，7名患者还表现出紫杉醇敏感性特征 在ICGC-CA和COMPASS研究中，PDO化疗敏感性标记能够方便地识别反应更好的患者，这表明这些标记在前瞻性临床试验中进行评估后可能具有潜在的临床实用价值...ICGC-CA ICGC全称是International Cancer Genome Consortium (国际癌症基因组联合体)。...ICGC的主要目标是在全球范围内具有临床和社会重要性的50种不同癌症类型和/或亚型的肿瘤中生成全面的基因组异常（体细胞突变，基因异常表达，表观遗传修饰）目录数据，尽可能快地向整个研究团体提供数据，并且以最小的限制...ICGC促进了成员之间的沟通，并为广大科研人员提供了一个平台，达成治疗和预防这些疾病的最大化目标。 ICGC Data Portal提供了用于可视化，查询和下已发布的数据的数据工具。...1.进入ICGC官网：https://icgc.org/，往下拉，在左下方，可以看到ICGC的数据类型 2.在网站最上方导航栏进入数据界面：Data Portal 3.进入Data Portal之后，选择
的表格看出 在数据检索方面，ICGC和UCSC XENA可以满足所有的检索方式 在数据可视化方面，每个数据库的功能则各有不同。...在数据分析方面，PCAWG Scout可以进行所有其他数据库进行的分析 在数据下载方面，尤其是最原始的BAM数据的下载ICGC数据库是可以的，别的都不行。 ?
CoMutDB 包含从三个大型联盟（TCGA、ICGC 和 DepMap）挖掘的体细胞共突变数据。...顶部的三个栏使用不同的颜色来区分源数据联盟（TCGA、ICGC 和 DepMap）。在热图中，每个细胞的颜色强度与具有统计学意义的表型相关共突变对的数量成正比。
验证集来自ICGC（https://dcc.icgc.org/releases/current/Projects/PACA-AU/）和GEO的GSE28735数据集。...此外，作者还调查了基于TCGA-PDAC队列、GEO队列和ICGC队列的曲线下面积 (AUC) 值的1、2和 3年总体生存情况（图3F、I、L）。
从GEO，TCGA和ICGC收集肝细胞癌的基因表达谱和相应的临床数据集。...作者使用TCGA，ICGC和GSE14103队列评估两个cluster之间患者生存的差异。在所有三个数据集中，cluster1 的生存优势均高于cluster 2（P≤0.05）（图2C）。...图5 作者使用两个肝细胞癌队列（ICGC和GSE14520）和两个VTE队列（GSE19151和GSE48000）作为验证集，探究了这三个凝血hub基因的表达水平。...在三个不同的数据集（TCGA、ICGC 和 GSE14520）中，与其他单因素相比，组合模型ROC曲线的AUC面积最大，这证明了组合模型的最佳预测预测效率（图7G）。...此外，多个队列（TCGA、ICGC 和 GSE76427）的校准图表明，列线图的性能与理想模型相似（图9E）。
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