DOCK是经典的分子对接软件,很多对接软件的思路都是它的基础上发展起来的,但是无奈操作太复杂,上手的或者用来做科研的论文上少见。...http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/DOCK_Tutorials
---- DOCK教程 ---- 简介: DOCK是基于Unix的科学计算软件。 遵循通用的安装方法:下载,解压缩,配置,构建和测试。DOCK的简单配置方案基于纯文本文件。...DOCK的安装是如此简单和透明,以使用户有机会自己解决问题。 DOCK是经典的分子对接程序,用于识别潜在的结合构象以及分子与靶标的相互作用。...DOCK能做的 预测小分子-蛋白质复合物的结合模式 搜索配体的数据库,以模拟经过实验验证的抑制剂的抑制性结合相互作用的化合物 在配体数据库中搜索与特定蛋白质的特定位点结合的化合物 搜索与核酸靶标结合的化合物的配体数据库...---- 对接步骤: (1)下载蛋白结构文件: 1ABE.pdb (2)准备受体文件 删除配体分子文件 使用chimera的dock prep功能对受体文件进行准备(删除) 删除水分子,加氢,加电荷 保存为...或者说对接口袋) 需要程序/指令:showsphere sphere_selector (5)生成Grid 围绕着活性位点建立一个box 生成Grid (6)Docking 进行对接(半柔性): 需要程序/指令:dock6
Dock从初级到高级全套教程 dock是iMac中很常见的一个功能,而且非常实用,那么dock到底是什么意思呢?...1.经常使用苹果电脑的小伙伴,和大家讨论时总会听到有人在说dock栏,不过还是有很多小伙伴不知道dock到底是什么意思,接下来小编就给大家普及一下。...2.dock一般指的就是苹果操作系统中的停靠栏,也就是苹果电脑桌面中最下方,类似于Windows系统下方的任务栏,不过要比Windows任务栏更加有趣味性。...3.dock的主要作用就是启动、切换运行中的应用程序,是一种很实用的功能界面,适用于Mac OS X操作系统。不过如今不同的操作系统中,都有很多不同的dock程序。...4.如今dock已经不仅仅是用在苹果电脑中了,苹果的所有产品都有这个功能了,比如说iPad中最下方,类似于毛玻璃的那一栏,就是dock系统。同理iPhone下方那一栏也是。
要安装最新的 Docker 版本,首先需要安装 apt-transport-https 支持,之后通过添加源来安装。要安装最新的 Docker 版本,首先需要安...
对接 直接进行半柔性对接,刚性对接不感兴趣 使用指令: dock6 -i dock.in 创建文件dock.in 参数详解: http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials.../ligand_sampling_dock/ligand_sampling_dock.html 格式为: conformer_search_type...../3_grid/grid multigrid_score_secondary no dock3.5...20 rank_ligands yes 输入指令,进行运算: dock6...-i dock.in -o dock.out 输出文件: dock.out为总结的参数文件 anchor_and_grow_ranked.mol2为输出文件,里面有20个排名较高的mol 使用chimera
此外,HyperDock还支持对Dock中的文件夹、文档和网站进行快速预览和访问。它还允许用户自定义所需的快捷键和手势,以进一步提高工作效率。
FF/ UUUUUUU/ CC/ CC\ SSSSSS/ FFFFFFFFF/ University of California at San Francisco, DOCK...-1 working_directory /Users/sujiaqi/Desktop/PyDrug.0.4/PyDrug_going/PyDrug_DOCK...0.75 ____________________File_Input____________________ receptor_file rec-1htp-dock-prep.mol2...box_file rec_box.pdb vdw_definition_file /Users/sujiaqi/Program/dock6
生成Spheres 官方教程链接: http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/generating_spheres.htm...步骤 接上文,已经完成了蛋白受体以及配体的准备,加氢加电荷 现在开始准备生成Spheres 生成Sphgen是DOCK的必须 Sphgen生成多组重叠的球体,以描述分子或分子表面的形状。...生成Sphgen (1)使用chimera的工具生成dms File -> Open -> rec-1htp-dock-prep.mol2.
想知道如何获得Mac Dock截图吗?小编告诉你一个简单的快捷方式,让你可以轻松捕获没有墙纸的 Mac Dock的干净屏幕截图,包括 PNG alpha 通道中的半透明,无需裁剪。一起来学习一下吧。...捕获Mac Dock截图简单的方法 当你仅想要捕获Dock的屏幕截图时,可以按Shift+Command+4,然后按键盘上的空格键。这会将屏幕截图工具置于窗口和菜单捕获模式。...将光标放在 Dock 上。当您看到 Dock 突出显示时,单击鼠标按钮。 当你点击时,你会听到截图的声音效果。PNG 格式的 Dock 干净图像将保存到您首选的保存位置(默认为桌面)。...单击后,将鼠标指针悬停在 Dock 上,然后单击鼠标主键以捕获 Dock 的屏幕截图。...当您打开屏幕截图进行仔细查看时,您可能会注意到 PNG 文件包含一个半透明的alpha 通道区域,用于在 Dock周围和 Dock 本身提供阴影,具体取决于您使用的操作系统。
,注销进入的时候选择dock就OK了 ubuntu安装 apple的Glx-Dock / Cairo-Dock界面 点击打开链接 苹果的MAC OS里的dock任务栏让人印象深刻。...Dock是苹果公司Mac OS X操作系统,及其始祖NeXTSTEP和OPENSTEP操作系统中重要组成部分。在 Newton OS中也有dock概念的一些早期例子。...现在在不同操作系统中有很多不同的dock程序。 在ubuntu等linux系统中,现在已经可以非常方便的安装使用dock任务栏了,因为很多仿dock的程序都已经进入到ubuntu官方源中。...这个时候,可以将ubuntu自带的底部任务栏删除了。 2,点击最左端的锚状图标,可以进行设置。在这里,可以设置docky的位置,任务栏行为,还可以添加小工具和插件。...以后,Cario-Dock默认开机启动。这个时候,ubuntu自带的底部任务栏也可以删除了。 2,在Cario-Dock上右键点击设置,可以进行相关设置,这个dock可以进行更多的设置。
DockView for Mac(Dock窗口预览工具)以下是DockView的一些特点:预览窗口:DockView允许用户在Dock中预览不同应用程序的打开窗口,无需切换到该应用程序即可通过鼠标悬停在...Dock图标上进行查看。
一款好用的窗口预览工具分享给大家,DockView是一个实用程序,可在macOS Dock中添加所选应用程序窗口的预览。您只需要将鼠标移到其图标,就会显示其所有窗口的缩略图。...在所选应用程序的窗口之间快速切换窗口管理(最小化,最小化,关闭)DockView不会修改Dock或任何系统文件。
如果用户启用 Space 模式,只需把鼠标移到 Dock 正在运行的程序上,即可显示该应用程序属于第几个 Space。...HyperDock for Mac(Dock优化工具)
如何在没有 Ubuntu Dock 的情况下访问活动概览 如果没有 Ubuntu Dock,你可能无法访问活动的或已安装的应用程序列表(可以通过单击 Dock 底部的“显示应用程序”按钮从 Ubuntu...Dock 访问)。...方法 1: 移除 Gnome Shell Ubuntu Dock 包 摆脱 Ubuntu Dock 的最简单方法就是删除包。...Ubuntu Dock 只对你的桌面隐藏,当你进入叠加模式(活动)时,你仍然可以看到并从那里使用 Ubuntu Dock。...to Dock 的一个很好的替代品(Ubuntu Dock 是从 Dash to Dock 分叉而来的)。
Mac OS 做为前端开发者的首选操作系统相信大家再熟悉不过了,在电脑主界面的底部可以看到各种各样的应用程序图标。比如:App Store、Safari 浏览器、照片、短信等等。...那么,我们要如何自定义 Dock 图标呢? Dock 介绍 Dock 是 Mac OS 电脑主界面底部的应用程序集合,可以理解成 windows 下的桌面快捷方式。...通常,我们会把比较常用的软件锁定在 Dock 下,便于快速找到和使用它们。 ? 1 Dock 图标 Dock 图标在 UI 上总共包括两方面的内容:图标 Logo 和消息条数。...这个其实是正常的,BrowserWindow 对象的 icon 属性只对 windows/Linux 系统生效,对于 Mac OS 需要通过 app.dock.setIcon 进行设置。...6 Dock 弹跳 系统的了解 Dock 图标的自定义设置和 Dock 标识之后,接下来我们看看 Dock 里另一个比较重要的功能:Dock 弹跳。
nux-dextop-release-0-1.el7.nux.noarch.rpm rpm -ivh nux-dextop-release-0-1.el7.nux.noarch.rpm yum install -y cario-dock.../pan.baidu.com/s/1_AjcDCZUYsxAl8jlrSp3Dw 提取码: fe8h 下载后进入该文件夹: yum localinstall --nogpgcheck cairo-dock...-3.4.1-1.el7.nux.x86_64.rpm cairo-dock-core-3.4.1-1.el7.nux.x86_64.rpm cairo-dock-core-3.4.1-1.el7.nux.x86
DockView for Mac(Dock窗口预览工具)
HyperDock for Mac(Dock优化工具) 图片
settings will not be saved or shared with other applicat 输入这条命令 export GIO_EXTRA_MODULES=/usr/lib/x86_64-linux-gnu...添加最后一行在环境变量 export GIO_EXTRA_MODULES=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/gio/modules/ ? 这样就OK啦
readonly double ORIGNSIZE = 60; //宿主容器,即容纳SilverDock元素的父控件 internal SilverDock Dock..., Dock.MaxDistance, distance); item.Width = zoom * Dock.Size; item.Height...= zoom * Dock.Size; } } /// /// Handles the MouseLeave...) { totalWidth += item.Width; } Dock.ContentPanel.Width...SilverDockItem子元素 public void AddItem(SilverDockItem item) { item.Dock
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