工欲善其事必先利其器 1ASCP ascp（Aspera Command Line Transfer）是一种用于高速数据传输的命令行工具，由 Aspera 开发，用于在网络上传输大型数据集和文件。...安全性：ascp 支持加密传输，通过安全的加密通道（SSH）确保数据传输过程中的安全性和隐私保护，防止数据泄露和篡改。...跨平台：ascp 工具可在多种操作系统上运行，包括 Windows、Linux 和 macOS 等主流操作系统。...命令行操作：ascp 通过命令行进行操作，提供了丰富的选项和参数，方便用户进行定制化的传输设置和管理。...list 2安装Aspera 一般推荐使用Conda安装管理软件 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查ascp是否下载成功 ascp -h 3实例演示 从NCBI-SRA
SRR10799888_1.fastq.gz 修改后：fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR107/088/SRR10799888/SRR10799888_1.fastq.gz Step3 ASCP...下载 nohup ascp -QT -l 500M -P 33001 -i "asperaweb_id_dsa.openssh" era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq...SRR107/088/SRR10799888/SRR10799888_1.fastq.gz ./ asperaweb_id_dsa.openssh 文件一般放在aspera软件etc文件夹下 首先 which ascp...介绍的ASCP进行下载，祝大家科研顺利！...https://zhuanlan.zhihu.com/p/338890534（数据来源1） https://www.jianshu.com/p/a06540027341（ascp主要参考教程） https
安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。...下载 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/092u0/0/ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12...-64.tar.gz # 解压 tar xvf ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.tar.gz # 解压后得到一个脚本文件，运行该脚本，...即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下，添加环境变量...，应该是：~/.aspera/connect/bin/ascp which ascp # 看程序是否能正常运行 ascp -h 高速下载 1.
Linux-下载bam数据 可以直接使用wget下载BAM文件，但速度较慢，所以使用ascp下载。...-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh ## 检查结果 cd ls -a ##查看是否有.aspera文件夹 ascp --help #帮助文件 1.2 下载BAM文件 （1...（2） ascp --help 查看帮助文件，并使用ascp: ## -QT Disable encryption 禁用加密 ## -l 设置最大传输速度，一般200m到500m ## -k 断点续传...ERR395/ERR3958154/lane317s0005536.star.chr.bam；将链接中的ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/替换为fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk: LInux...Linux-featureCounts 2.1 featureCounts featuresCounts软件常用于raw count定量，属于subread包； 下载安装subread：使用conda直接下载安装
2 软件环境 原始数据一般是以SRR格式存放，这个文件一般都要几个G，于是下载器首选ascp，但是直接使用ascp下载又需要配置一些参数，对于新手来说，最好是能提供一个ID，然后直接就下载，这个就需要用到...-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz #安装 bash aspera-connect-3.7.4.147727-...linux-64.sh # 然后cd到根目录下看看是不是存在了.aspera文件夹，有的话表示安装成功 cd && ls -a # 将aspera软件加入环境变量，并激活 echo 'export PATH...=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc # 最后检查ascp是不是能用了 ascp --help ascp安装成功后，prefetch...就会默认将下载方式从https转移到fasp，说明开启加速模式 一般ascp没有什么问题，出问题主要是： ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting
wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz tar...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI或 EBI 上的数据： 1.EBI 数据下载： ascp...=anonftp --mode=recv \ /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./ #或者 ascp
---- Aspera（ascp）软件优点和缺点？ ---- 优点 一个字“快”，真正的百兆宽带。下载NCBI原始文件SRA下行速度能够达到100M/s，一般SRA下载一个文件15-20分钟搞定。...首先，必须使用linux环境。ascp也有其他版本，但ncbi只允许linux版下载。这就限制了大部分使用人群，不过对搞生信的人来说这个也不是问题。比较linux系统是生信必备。 其次，安装过程复杂。...#linux Centos7环境 #登陆root，建立一个子用户，username是用户名 useradd username #设置密码 passwd username su username #安装ascp...tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh #查看是否安装成功...不过ascp支持断点续传，在同一文件夹下载会接着上次的继续下载。
Aspera软件 wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux...-64.tar.gz Step 3： 解压文件 是tar.gz格式，用tar命令和zvxf参数 tar zvxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效 source ~/.bashrc Step 8：测试Aspera路径是否成功加入环境变量 ascp
-O PATH wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux...-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz #安装 bash aspera-connect-3.7.4.147727-...linux-64.sh # 然后cd到根目录下看看是不是存在了.aspera文件夹，有的话表示安装成功 cd && ls -a # 将aspera软件加入环境变量，并激活 echo 'export PATH...=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc # 最后检查ascp是不是能用了 ascp --help 在获取到Accession...但我们还是按照当时我作为小白的情景走一遍 一般用ascp高速下载 #!
安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ ..../aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:或anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov: 3.2 输入命令 $ ~/.aspera/connect/bin/ascp...终端执行使用~/asperaweb_id_dsa.putty，ssh终端执行使用asperaweb_id_dsa.openssh 3.3 批量下载 $ ~/.aspera/connect/bin/ascp...article/7338.html https://support.asperasoft.com/hc/en-us/articles/216125578-Resuming-file-transfers-with-ascp
nohup bash ascp.command & 坑1： 报错 ascp: Source file list not specified, exiting....坑2： 关于ascp，安装ascp时为了方便使用在~/.bashrc设置了别名 alias ascp=/home/cat1988/.aspera/connect/bin/ascp 直接在shell下写...ascp命令，下载速度只有100k/s左右。...坑2总结就是ascp命令要使用全路径 坑3： 关于ascp软件下载的坑。ascp这个命令出自软件Aspera Connect。...download_aspera_chrome 鼠标点到Linux时，浏览器左下角显示： ? 下面这是360浏览器打开的状态： ?
首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http://download.asperasoft.com/download/sw.../connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz #解压缩 tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727...-linux-64.tar.gz # install bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh # check the .aspera directory...#密钥备份到/home/的家目录（后面会用，否则报错） cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/ # check help file ascp...ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk
所以, 首先你得有个带有Linux的电脑或者服务器电脑么，去搞个虚拟机，装个linux服务器么，去搞个云服务器，怎么搞看下面的教程10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 然后，安装与配置环境下载：wget...解压：tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz安装bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh...代表安装成功永久添加环境变量echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc查看帮助文档，验证是否可以调用ascp...--help这样你的电脑或者服务器就可以开启神器了下面是开启命令ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m...你可以看一下速度， 根据那个ascp帮助文档，你可以去调整速度，也不能太快了，四不四。
prefetch使用HTTPS prefetch有一个-t参数，当安装了aspera时，prefetch会优先使用fasp（ascp）进行数据传输。...wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.1/ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12...-linux-g2.12-64.sh echo 'export PATH=$PATH:$HOME/.aspera/connect/bin ' >> ~/.bashrc # 配置环境变量 source...Usage: ascp [OPTION] SRC......Aspera commands for downloading FastQ files为例，SRA-Explorer提供可以直接复制使用的代码（或脚本），但需要注意的是需要提前对私匙路径进行修改，最后到Linux
aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh # bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # echo $SHELL conda create -y -n download conda activate...download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被...最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节主要介绍如何使用python中的selenium模块自动化获取含有fastq数据的shell脚本，使用ascp来高速下载。...❞ 系统配置 安装python3 配置ascp (这里不作介绍网上很多教程) 安装需要使用的python模块 pip3 install selenium beautifulsoup4 安装chrome...# 检查chrome版本 # 下载对应版本的chromedriver https://chromedriver.chromium.org/downloads unzip chromedriver_linux64
小洁老师的耐心，一直在说新手犯错没关系，让我一直有勇气学下去；郭老师的Linux，让我从之前听到Linux就有点害怕学习这个，到现在大概了解了这个系统，初入门的感觉真好；张老师带我们做的转录组测序，虽然老师上课的时候我在上第二天的课的时候就已经跟不上了...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和...通过下面这个网站进入https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home img img show selected columns img 下载它的tsv格式文件，用xftp上传到Linux...# sra格式 ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp...由于我错误的理解了绝对路径，在前几周上郭老师的课的时候Linux掌握的不好，所以在经过这次报错之后一定要好好的把郭老师的课反复听几遍并掌握。
ena-ftp prefetch aws-http 1>down_prjan486534.log 2>&1 ##下载单个样本 kingfisher get -r SRR14615558 -m ena-ascp...4其他参数 get 模式 -m 方法 描述 ena-ascp 通过Aspera从ENA下载.fastq.gz文件，之后可以进一步转换。这是最快的方法，因为不需要使用fasterq-dump。...--ascp-ssh-key ASCP_SSH_KEY：用于Aspera的openssh密钥路径（默认：使用Kingfisher附带的密钥）。...--ascp-args ASCP_ARGS：传递给ascp的额外参数，例如'-k 2'用于通过稀疏文件校验和恢复（默认：'-k 2'）。...这仅对ena-ftp、ena-ascp和aws-http下载方法实现。prefetch、aws-cp和gcp-cp方法在下载过程中计算校验和（默认：不使用）。
前提是大家具备Linux基础哦，比如看完了《生信技能树》和《生信菜鸟团》同步宣传了：Linux公益课2021的视频。...直播是免费的哈，赶快下载钉钉软件加入吧，“Linux公益课(2021) 生物信息学”群的钉钉群号：33840083，下周六（2021-01-16）晚上八点开课哈。...activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...www.bilibili.com/video/av28836717 创建一个下载脚本，文件名是 step1-aspera.sh ，内容如下： cat fq.txt |while read id do ascp...Session Stop (Error: Failed to open TCP connection for SSH) ascp: Failed to open TCP connection for
List 使用SRA Tookit 的prefetch进行下载 prefetch 放在sratoolkit文件夹下的bin ~/utilities/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64...sra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中，perfetch 默认aspera下载（如果存在于环境变量，否则使用https下载），也可设置aspera，Ex：prefetch -t ascp...-a "/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file file.txt; file.txt
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
