展开

关键词

Linux CentOS记录

我自己很少参与服务器管理,所以偶尔下,老是忘记一些。人老了,啥事都记不住,各种密码也是,经靠找回密码登录一些网站。 一:解压压缩我比较tar,如果要想看里面文件就直接zip了,在当前文件夹操作:解压:tar zxvf Name.tar压缩:tar czvf Name.tar Name解压:zip -r Name.zip

46880

Samtools(CentOS Linux)安装及详解

序列比对(将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对)是高通量测序数据分析中最重要的一环,无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的,比对结果格式比较见的是sam和bam文件 samtools是一个于操作sam和bam文件的工具软件,能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总,是处理sam和bam samtools详解1. viewview的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的, bam文件优点:bam文件为二进制文件,占的磁盘空间比sam文本文件小;利bam二进制文件的运算速度快。view中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 -u uncompressed BAM output (force -b) 该参数的使需要有-b参数,能节约时间,但是需要更多磁盘空间。

30120
  • 广告
    关闭

    云产品限时秒杀

    云服务器1核2G首年50元,还有多款热门云产品满足您的上云需求

  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    centos

    12800

    Centos

    1 基础1.内部:echo查看内部帮助:help echo 或者 man echo 2.外部:ls查看外部帮助:ls --help 或者 man ls 或者 info ls 3.man 保存并退出 ll == ls+ -l 5.善于tab键2 文件相关的创建一个文件touch a.text 创建一个文件夹mkdir shi 1.进入到户根目录cd ~ 或者 cdcd ~hadoop 查找可执行的:which ls 2.查找可执行的和帮助的位置:whereis ls 3.查找文件(需要更新库:updatedb)locate hadoop.txt 4.从某个文件夹开始查找find 8.查看进程top 9.结束进程kill 1234kill -9 433311 说明:安装linux时,创建一个itcast户,然后使root户登陆系统 1.进入到户根目录cd ~ 或 userschown -R root:users itcast 将当前目录下的所有文件与子目录的户皆设为itcast,组设为userschown -R itcast:users *13 安装软件的

    53120

    Centos学习笔记 linux :压缩解压

    2012-2-9 星期4 linux :压缩解压 -gz的英文原意:Gnu zip 语法:gzip 选项 功能描述:压缩文件 压缩后文件格式: .gz1. :查看文件的格式,文件类型 zip解压缩.zip默认的win和linux的格式 语法:zip 选项-r               -r压缩目录 zip services.zip etcservices           -k产生压缩文件 保留源文件 范例:bzip2 -k file1 网络通信: 指名称:write指所在路径:usrbinwrite 语法:write 向另外一个户发信息, 所linux户都能收到shutdown -h now 立即关机 系统关机:reboot 功能:重启系统别名的定义:alias copy=cp                alias xrm ,作为另一个的输入 使方法: 1|2 范例: ls-l etc |morels -l etc|grep init |wc -l 相当于统计出了在etc目录下包含关键字init 的文件有几个

    48230

    linuxlinux目录结构::

    linux目录结构:linux不像Windows 分了盘,它根目录下有如下文件夹: home ---------- 户的家 root ---------- 超级管理员root的家 etc ---- ------ 存放配置文件 usr ---------- 存放共享资源:1、cd:①、进入某一个目录 cd 目录名②、进入多级目录 cd 目录名目录名③、返回上一级目录 cd ..④、返回根目录 6、其他:①、grep grep category a.txt 表示在a.txt中查找category字符串所在的行,前提是打开了a.txt文件。 按esc退出插入模式,回到行模式。 底行模式:行模式下按:,即可进入底行模式。底行模式有如下: q 不保存退出 q! 不保存强制退出 wq 保存退出8、管道:管道:|,将一个的输出作为另一个的输入。

    1.3K140

    Linux

    13320

    Linux

    1基础:cd -, cd .. , history, ! ,mkdir,rm,mv,cp1 ls() 最ls -alls有很多参数,的有以下 -a 显示全部文件,包括隐藏文件(开头为.)一起显示 -d 仅列出目录本身,而不是列出目录内的文件数据 -f rm - r5 复制、移动、删除:cp,rm,mv1 复制cp(copy)cp 源文件 目标文件 的参数有 -a 复制的文件属性完全一样 -i 若目标文件已经存在,会询问是否覆盖 -r 递归持续复制 打印出行号,空白行也有行号 cat -b 列出行号,但仅针对非空白行,空白行不标,注意与-n的区别 这个单独比较少,当文件行数超过40,来不及在屏幕看到结果,所以更的是more和less3 825591 829591 0NR_047519 chr1 825591 829591 0NR_047521 chr1 825591 829591 0--More--(0%)重点在最好一行,光标在这里等待

    23430

    Linux

    修改文件夹名称mv oldfolername newfoldername 删除文件包或者文件名rm -rf foldername编辑一个文件sudo vim folder1folder2filetar可以来压缩打包单文件 格式: 单个文件压缩打包 tar czvf my.tar file1 多个文件压缩打包 tar czvf my.tar file1 file2,... 同样的解包的时候使 tar -xzvf filename.tar.gz。 tar.xz$tar -xvf ***.tar手工开启目录下的php服务器php -S localhost:8000 修改文件夹权限sudo chmod -R 777 folder1folder2VIM usrlocalbincomposer检测ssh服务是否开启ps -ef | grep sshcurlcurl -X GET http:1ke.co -v发起请求时自定义头部信息curl -H API-Key

    26450

    Linux

    1、Linux文件系统名规范(1)文件名名称严格区分字符大小写; (2)文件可以使除以外任意字符; (3)文件名长度不能超过255字符; (4)以 . 开头的文件为隐藏文件。 . 2、Linux(1)pwd printing working directory,显示工作目录; (2)cd change directory,切换目录; cd cd:切换回家目录;在bash 举例:编辑网卡配置文件,通需要 cd etcsysconfignetwork-scripts,这样每次都会比较麻烦,因此我们可以通过定义别名来一个自定义的名称来代替上面的。 COMMAND,禁止使别名,直接使原始的选项: -i:交互式; -f:force 3)rm:remove rm ... FILE...

    93420

    Linux

    中,使echo $? 就能够显示上一条的状态返回值。 状态返回值范围: 0:成功 1-255:失败? find机制find的优缺点find的使find来做什么? 首先查看man文档中find的介绍,search for files in a directory hierarchy,在目录层级中查找文件。由其意可知道该来查找文件。 find机制那么find是如何查找文件的呢?find使的是遍历查询(逐个查找)的方法,在各个层级遍历,最终找到目标文件。 find的优缺点find有许多的条件限定,然后也是遍历当前文件系统所查询,因此有以下各优缺点: 优: 1 查找精确 2 实时查找 缺: 1 消耗资源,查询所需时间稍久 ### find的使

    50370

    Linux

    Linuxls   显示文件或目录 -l 列出文件详细信息l(list) -a 列出当前目录下所有文件及目录,包括隐藏的a(all)mkdir 创建目录 -p 创建目录,若无父目录,则创建 top查看进程的id,然后再kill杀死进程。 关机重启机器shutdown -r 关机重启 -h 关机不重启 now 立刻关机halt 关机reboot 重启Linux管道将一个的标准输出作为另一个的标准输入。 也就是把几个组合起来使,后一个除以前一个的结果。例:grep -r close home* | more 在home目录下所有文件中查找,包括close的文件,并分页输出。 比如安装tree的安装包,先将tree.deb传到Linux系统中。再使如下安装。

    99860

    Linux

    查看计算机名 lspci -tv # 列出所有PCI设备 lsusb -tv # 列出所有USB设备 lsmod # 列出加载的内核模块 env # 查看环境变量资源 free -m # 查看内存使量和交换区使量 uptime # 查看系统运行时间、户数、负载 cat procloadavg # 查看系统负载磁盘和分区 mount | column -t # 查看挂接的分区状态 fdisk -l # 查看所有分区 swapon -s # 查看所有交换分区 hdparm -i devhda # 查看磁盘参数(仅适于IDE设备) dmesg | grep IDE # 查看启动时IDE设备检测状况网络 ifconfig -lntp # 查看所有监听端口 netstat -antp # 查看所有已经建立的连接 netstat -s # 查看网络统计信息进程 ps -ef # 查看所有进程 top # 实时显示进程状态户 w # 查看活动户 id # 查看指定户信息 last # 查看户登录日志 cut -d: -f1 etcpasswd # 查看系统所有户 cut -d: -f1 etcgroup # 查看系统所有组

    40980

    Linux

    我总结了Linux,方便你的Linux使。下面是格式说明,你现在可以跳过,直到遇到疑问时再来查询。 $ 行提示符粗体表示斜体表示参数 filename, file1, file2 都是文件名。 有时文件名有后缀,比如file.zip command 名 dir 文件夹名 string 字符串 username 户名 groupname 组名 regex 正则表达式 path 路径 device 设备名 partition 分区名 IP IP地址 domain 域名 ID 远程户ID host 主机名,可以为IP地址或者域名 var 变量名 value 变量值帮助$man command )$su 成为root户$sudo command以root户身份执行$passwd更改密码SHELL (BASH)$history显示在当前shell下历史$alias显示所有的别称

    87070

    linux

    :返回上层目录例如:cd usrlocalqqshow2. ls:查看目录下的文件、子目录列表例如:ls –alsLinux系统使频率最多的,它的参数也是Linux中最多的。 使ls时会有几种不同的颜色,其中蓝色表示是目录,绿色表示是可执行文件,红色表示是压缩文件,浅蓝色表示是链接文件,加粗的黑色表示符号链接,灰色表示是其它格式文件。 ls最使的是ls- l3. cat:查看文件内容例如:cat test.txt4. vi:修改文件内容。文件有insert、replace两种状态。:wq!是保存修改并退出编辑状态。:q! 假设要创建的目录名是“tsk”,让所有户都有rwx(即读、写、执行的权限),那么可以使以下: $ mkdir -m 777 tsk6. useradd:添加linux户,必须是root权限才能添加户 删除目录,可rm -r

    836170

    linux

    ls          显示文件或目录     -l           列出文件详细信息l(list)     -a          列出当前目录下所有文件及目录,包括隐藏的a(all)mkdir showmeitkill                 杀死进程,可以先ps 或 top查看进程的id,然后再kill杀死进程。 也就是把几个组合起来使,后一个除以前一个的结果。例:grep -r close home* | more       在home目录下所有文件中查找,包括close的文件,并分页输出。 比如安装tree的安装包,先将tree.deb传到Linux系统中。再使如下安装。 属于户hadoop,组hadoop要想切换此文件所属的户及组。可以使

    53510

    linux

    版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。 https://blog.csdn.net/qq_25737169/article/d...

    19660

    linux

    或者date YY]]的可选项有:--help:显示辅助信息--version:显示date版本信息-u:显示目前的格林威治时间-d:做日期时间相关的运算--date=-dateStr:做日期时间的相关运算 ,并把匹配的行统计出来:grep ‘搜索字符串’ filename 参数: -c:统计符合条件的字符串出现的总行数。 文件内容并没有改变,除非你使重定向存储输出。选项: -n:一般sed会把所有数据都输出到屏幕,如果加入-n选项的话,则只会把经过sed处理的行输出到屏幕。 -e:允许对输入数据应多条sed编辑。 -i:sed的修改结果直接修改读取数据的文件,而不是由屏幕输出。动作: a:追加,在当前行后添加一行或多行。 如例子所示,第一条删除1至5行,第二条hello替换hi。的执行顺序对结果有影响。如果两个都是替换,那么第一个替换将影响第二个替换的结果。

    1.1K10

    Linux

    f.txt | grep -c SHOPBASEcat f.txt | grep -i shopbase tail tail 参数解释:-f 该参数于监视File文件增长。 ARGC 行参数个数ARGV 行参数排列ENVIRON 支持队列中系统环境变量的使FILENAME awk浏览的文件名FNR 浏览文件的记录数FS 设置输入域分隔符,等价于行 -F选项NF 例如.来表示当前目录,来表示系统根目录。-print:find将匹配的文件输出到标准输出。-exec:find对匹配的文件执行该参数所给出的shell。 -ok: 和-exec的作相同,只不过以一种更为安全的模式来执行该参数所给出的shell,在执行每一个之前,都会给出提示,让户来确定是否执行。 -prune使这一选项可以使find不在当前指定的目录中查找,如果同时使-depth选项,那么-prune将被find忽略。-user按照文件属主来查找文件。

    17830

    Linux

    Linux汇总 dirname、basename作去除路径最后一级,即hometest.sh 输出:home输出路径最后一级,即hometest.sh 输出:test.sh shell 脚本变量 是显示最后的退出状态,0表示没有错误,其他表示有错误$! Shell最后运行的后台Process的PID grepegrep作 egrep相当于grep -E,可以通过正则匹配到需要的文本-o 只输出匹配到的文本 sed使 -n :使安静(silent -e :直接在列模式上进行 sed 的动作编辑;-f :直接将 sed 的动作写在一个文件内, -f filename 则可以运行 filename 内的 sed 动作;-r :sed 的动作支持的是延伸型正规表示法的语法 切片 a=abcdefgecho ${a:0:4}out: abcdCut cut来显示行中的指定部分,删除文件中指定字段。

    27120

    相关产品

    • TencentOS Server

      TencentOS Server

      腾讯服务器操作系统(TencentOS Server,TS)是腾讯云推出的Linux操作系统,它旨在为云上运行的应用程序提供稳定、安全和高性能的执行环境。它可以运行在腾讯云CVM全规格实例上,包括黑石2.0服务器。

    相关资讯

    热门标签

    活动推荐

      运营活动

      活动名称
      广告关闭

      扫码关注云+社区

      领取腾讯云代金券