mod=viewthread&tid=1227#lastpost(ledock论坛) 1,下载安装文件 #下载LeDock wget http://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86.../download/lefrag_linux_x86 2,这些文件是二进制文件，放到对应的文件夹 sudo mv ledock_linux_x86 /usr/bin/ledock sudo chmod...+x /usr/bin/ledock（注意，我这里需要使用sudo命令，且ledock_linux_x86改为ledock，与下方不同） sudo mv lepro_linux_x86 /usr/bin.../lepro chmod +x /usr/bin/lepro_linux_x86（这里名称不一样，但无需sudo命令） sudo mv lepro_linux_x86 /usr/bin/lewater...+x /usr/bin/lefrag_linux_x86（这里名称不一样，也无需sudo命令） 直接在命令行输入$ledock /lepro /lefrag /water查看是否安装成功 3，实例
备注 1. ledock需要联网使用，至少ledock的linux版本是，所以请保持网络通畅 2....本教程需要有简单的linux基础，非win下直接可视化操作 官网： http://www.lephar.com/software.htm ?...简介： Ledock是苏黎世大学ZHAO Hongtao博士期间开发的一款跨平台(Win,Linux, Mac OS)分子对接软件，在速度和准确度上均呈现出强劲的优势。...下载ledock软件 下载地址：http://www.lephar.com/download.htm 将ledock加入到环境变量中 vim ~/.bashrc 输入以下文本： # ledock...运行 其运行也非常方便 直接输入指令 ledock dock.in 6.
LeDock优于大部分商业软件，在Astex多样性集合上实现了大于90％的构象预测准确度，对接时间最快仅需三秒。 LeDock同时支持Windows、Linux和MacOS三大操作系统。...Linux版支持大规模虚拟筛选，需要通过代码操作才能实现目标。 Windows版的图形界面极大简化了药物化学家常见多重复杂的对接过程，但每次任务只能对接一个分子，效率极低，只适用于少量对接场景。...如果用Linux版，这一时长就取决于两个点：本地拥有的资源数量和IT能力的高低。 所以，他们有以下几个问题： 1. 基于现实条件，怎么快速达成用LeDock跑20万分子对接任务这个目标？ 2....实证目标 1、能否让用户拥有Windows版和Linux版的双重优点，不用写代码，也能实现大规模虚拟筛选？ 2、LeDock任务能否在fastone云平台大规模运行且效率显著提升？...实证参数 产品类型： 速石FCC-E产品 操作系统及应用： LeDock Linux版 适用场景： 研究配体和受体（药物分子）相互作用的模拟方法 云端硬件配置： 本任务属于CPU密集型任务，对内存的需求不高
points in xyz spacing 0.375 # spacing (A) gridcenter -6.120 -26.474 -22.434 # xyz-coordinates or auto LeDock...初期筛选为： image.png N端保持恒定 image.png C端保持恒定 image.png 步骤五： 对接软件使用ledock， 第一轮ledock筛选结果： '4.dok', -4.52 '...3.04 '6.dok', -3.01 '5.dok', -2.92 '3.dok', -2.88 原始配体对接结果（这里只看打分，不看结合pose）：-7.23 kcal/mol 步骤六： 第二轮ledock...对接 选择 '4，8'为初始化合物，也就是化合物中，必须有此基团： 随后产生第二次迭代的，化合物库构建，为： image.png 第二轮ledock筛选结果 4.4.dok, -5.95 4.2.dok...4.4,4.2,8.2,8.3' 步骤七： 第三轮ledock对接 接下来，左手换右手 需要寻找，在氨基化合物库中寻找含有以下片段的化合物 S1C=CC=C1C(=O)O 0 匹配后的数目 0 需要寻找
方法 作者使用了五个工具来对接活性/非活性配体与蛋白质靶点：Autodock Vina[2]、AutoDock4[3]、PLANTS[4]、rDock[5]和LeDock[6]。...LeDock 1.0版。受体文件转换为CHARMM格式，然后在它们上运行lepro可执行文件。LeDock使用基于经验/力场的评分函数。
我也不想去写（翻译）它的教程，但是里面内容想法还是知道我们学习的，所以先做一个预告，将花时间去将其官网上的教程用其它界面友好的Autodock,ledock,leadit，等软件翻做，开拓大家的视野，欢迎大家交流
KarmaDock方法的模型框架 结果与讨论 结合构象预测的精度和速度 作者选择了五种传统对接工具（即AutoDock GPU、Glide SP、Glide XP、Gold和LeDock）进行比较。...本研究评估了KarmaDock与五种传统对接工具（即Glide SP、Gold、LeDock、Surflex和AutoDock Vina）、带有打分模块的深度学习对接模型（TankBind）以及基于序列的模型...从模型角度来看，我们可以从图2中观察到筛选能力排名如下：KarmaDock FF > KarmaDock Raw > KarmaDock Aligned > Glide SP > Surflex > LeDock
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。 每打开一个文件，就创建一个文件描述符，通过文件描述符来操作文件。
linux安装.net 下载.net https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/dotnet-sdk-2.1.4-linux-x64-binaries...下载安装包后执行命令： dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz yum install libicu -y cd /root ln -s /data1/soft /data.../soft tar zxvf dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz -C /data1/soft/dotnet/ echo 'export DONET_ROOT=$PATH
为了解决内存紧缺的问题，Linux引入了虚拟内存的概念。为了解决快速存取，引入了缓存机制、交换机制等。...要深入了解Linux内存运行机制，需要知道下面提到的几个方面。 首先，Linux系统会不时地进行页面交换操作，以保持尽可能多的空闲物理内存。...其次，Linux进行页面交换是有条件的，不是所有页面在不用时都交换到虚拟内存中，Linux内核根据“最近最经常使用”算法，仅仅将一些不经常使用的页面文件交换到虚拟内存中。...Linux虽然可以在一段时间内自行恢复，但是恢复后的系统已经基本不可用了。...Linux下可以使用文件系统中的一个常规文件或者一个独立分区作为交换空间。同时Linux允许使用多个交换分区或者交换文件。
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者：IT人在线 ｜ 发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
相信很多在linux平台工作的童鞋, 都很熟悉管道符 '|', 通过它, 我们能够很灵活的将几种不同的命令协同起来完成一件任务.就好像下面的命令: echo 123 | awk '{print $0+123...EAGAIN 如果所有管道写端对应的文件描述符被关闭，则read返回0 如果所有管道读端对应的文件描述符被关闭，则write操作会产生信号SIGPIPE 当要写入的数据量不大于PIPE_BUF时，linux...当要写入的数据量大于PIPE_BUF时，linux将不再保证写入的原子性。
---- O_SYNC 缓存同步 为了保证磁盘系统与缓冲区内容一致，Linux系统提供了sync,fsync,fdatasync三个函数。...---- Linux文件IO流程图 内核中会有一个线程，不断地将高速页缓冲区中的数据写入到物理磁盘中。
shell 对于Linux，有相同的作用，主要是对我们的指令进行解析，解析指令给Linux内核。反馈结果在通过内核运行出结果，通过shell解析给用户。...2.3 Linux中的用户 Linux下有两种用户：超级管理员（root）、普通用户。 超级管理员(root)：可以再linux系统下做任何事情，不受权限约束 普通用户：在linux下做有限的事情。...Linux具有组的概念，主要是在多人协作的时候，更好的进行权限管理！...而在Linux中不通过后缀区分文件类型！但并不是说Linux不用后缀。 那通过什么区分呢？即ls -l第一个属性列。 Linux文件类型： -：普通文件。...很简单一个道理，Linux系统不以文件后缀作为区分文件类型的依据，但并不代表gcc不需要，Linux系统 != gcc。
文件锁 前言 /proc是一个特殊的文件系统。 该目录下文件用来表示与启动、内核相关的特殊信息。 /proc/cpuinfo——CPU详细信息 ...
从今天开始陆续分享Linux的知识 因为服务器基本是Linux的 所以Linux不学明白 Shell命令不熟 会让你的办事效率大打折扣。 一。...Linux文件系统 Linux文件系统是从Unix结构严进过来的。总结一下Linux顶层虚拟目录及其文件内容。 ?
Linux系统调用 前言 操作系统——管理计算机硬件与软件资源的软件，是用户和系统交互的操作接口，为它上面运行的程序提供服务。...例如Linux。 Linux操作系统——基于Linux内核的操作系统。通常由Linux内核、shell(特殊的应用程序，提供运行其他程序的接口)、文件系统和应用程序组成。...Linux的运行空间: Linux的运行空间:内核空间+用户空间 ---- 内核空间——存放的是整个内核代码和所有内核模块，以及内核所维护的数据。 用户空间——用户程序的代码和数据。...Linux系统内核响应软件中断，从用户态切换到内核态，执行相应的系统调用。
在这里，用于估计靶标和配体之间相互作用强度的对接分数是从LeDock获得的。...为了克服这一局限性，作者在强化学习过程中引入了一个基于机器学习的亲和力预测器，与LeDock结合使用。
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/129584.html原文链接：https://javaforall.cn
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
