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STAR:转录组数据比对工具简介

安装过程如下 wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz tar xzvf 2.6.1b.tar.gz 解压缩之后,在bin/Linux_x86...前3种类型的文件都比较容易理解,剪切位点文件实际上是根据mapping情况,估算出来的intron区间的信息,默认的文件名称为SJ.out.tab。...以上只是基本的比对,STAR官方更推荐使用2-pass比对模式,即比对两次,有以下两种方式 multi-sample 2-pass 第一次比对和上述的用法一致,比对完之后,每个样本会产生一个intron的区间文件SJ.out.tab...; 在第二次比对之前,重新构建一次基因组的索引,添加所有样本的SJ.out.tab文件,然后利用新的基因组索引重新比对。...per-sample 2-pass 对于单个样本,在比对时直接添加--twopassMode Basic参数,软件会自动进行两次比对,将第一次比对的SJ.out.tab加入到索引,然后重新比对。

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