原文链接： http://www.theserverside.com/tt/articles/article.tss?...l=EclipseEquinoxOSGi http://www.theserverside.com/news/thread.tss?thread_id=43696
评估 TSS 信号 2.1. TSS 区域 如果我们的较短片段代表转录因子和转录机制周围的开放区域，我们希望在转录起始位点看到信号。...我们希望绘制 TSS 区域，因此我们首先需要为 hg19 基因组生成 TSS 位置的 GRanges。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号（< 100 个碱基对）来生成我们在 TSS 区域的图。...在这里，我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。
hib_docs/annotations/reference/en/html/lucene.html 更多信息见： http://www.theserverside.com/news/thread.tss
所谓TSS Enrichment score, 其实是所有基因TSS位点测序深度的平均值。...要计算这个值，需要两个文件，一个是bam文件，保存了测序深度信息，另外一个是参考基因组TSS位点文件，可以从gtf文件中提取得到，记录了TSS位点的染色体位置。...根据这个矩阵可以绘制TSS两侧reads分布图， 也可以计算TSS Enrichment score。 deeptools就是采用了上述策略，用法如下 ?...通过deeotools可以直接出图，tss.matrix.txt文件保存了matrix的纯文本信息，可以读取这个文件计算TSS Enrichment score。...该脚本计算TSS Enrichment score, 并绘制TSS两侧read的分布图。相比deeptools,在计算coverage的过程中进行了归一化，核心代码如下 ?
相关阅读: tss: geronimo's way of comforming of j2ee standards 关于 Geronimo的 GBeans 的介绍
评估 TSS 信号2.1. TSS 区域如果我们的较短片段代表转录因子和转录机制周围的开放区域，我们希望在转录起始位点看到信号。...我们希望绘制 TSS 区域，因此我们首先需要为 hg19 基因组生成 TSS 位置的 GRanges。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...这使我们能够仅选择我们的核小体自由信号（< 100 个碱基对）来生成我们在 TSS 区域的图。...在这里，我们看到了 TSS 上方区域中无核小体区域的预期信号峰值。
外国的程序员和国内的一样也很八卦，看看 tss 的回复吧： Re: Needs a new name!...第一次用我自己的 tss 翻译工具，很舒服，有时间会把本文完全翻译完............ 原文地址： tss中国：LimpidLog 发布了 tss中国
ubuntu18.04 软件 m4(宏处理器)(如果已存在则不用安装) cmake(如果已存在则不用安装) gcc/g++(如果已存在则不用安装) GMP(高精度运算库) tpm_emulator tss...安装TSS软件栈 安装trousers sudo apt-get install openssl sudo apt-get update sudo apt-get install trousers 启动
TSS:帮我选一个Java Web开发框架吧 最近 TheServerSide.com 上一篇文章引起了常常的讨论。地址见这里：Chose a web client framework。...Chester Chen (cchen@ascentmedia.com)的需求很简单： 他们公司的基本环境是： 开发环境: mix of Linux and Windows, Java, EJB (2...and 3); 部署环境: linux, Glassfish for the new project (UI only), existing projects using WebLogic Server...我想Chester Chen大概花5分钟写的帖子没想到上了TSS的首页，并且还引来了长篇讨论。
Linux 在初始化的过程中会进行 0 号进程的创建，fork main.c sched.c—>sched_init—>gdt linux系统级别 GDT sched_init(...= 0; p->tss.esp0 = PAGE_SIZE + (long) p; p->tss.ss0 = 0x10; p->tss.eip = eip; p->tss.eflags = eflags...; p->tss.eax = 0; p->tss.ecx = ecx; p->tss.edx = edx; p->tss.ebx = ebx; p->tss.esp = esp; p->tss.ebp...= ebp; p->tss.esi = esi; p->tss.edi = edi; p->tss.es = es & 0xffff; p->tss.cs = cs & 0xffff; p->tss.ss...内核完全注释:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf P281~P302 链接：Linux内核完全注释:基于0.11内核(修正版V3.0).pdf 提取码：ygz8 四、进程的退出 linux
本文就研究Linux内核的进程切换。我们首先理解几个概念。 1.1 硬件上下文 我们知道每个进程都有自己的地址空间，但是所有的进程却共享CPU寄存器。...旧版本的linux利用x86架构提供的硬件支持，并通过远程调转指令（GNU-ljump；Intel-jmp far）进行进程切换，跳转到下一个进程的任务状态段（TSS）描述符。...1.2 任务状态段-TSS x86架构包含一个特殊的段寄存器，称为任务状态段（TSS），用来保存硬件上下文内容。尽管Linux不使用硬件上下文切换，但还是给每个不同CPU建立一个TSS。...在Linux的设计中，每个CPU就只有一个TSS，所以，Busy位总是设为1。换句话说，Linux中Type域一般为11。...显然不能保存在TSS中，因为Linux为每个CPU就建立了一个TSS，而不是为每个进程建立TSS。
下面先来看看sys_fork执行完后的代码 将当前线程PCB赋值给eax 判断PCB的状态是否为0，在linux 0.11中，0是就绪状态，而非0是阻塞状态 如果调用了相关sys_read和...内核–进程的调度schedule和switch_to解析 任务状态段TSS及TSS描述符、局部描述符表LDT及LDT描述符 Linux 0.11用tss切换，但也可以 用栈切换，因为tss中的信息可以...； 先来看看Linux 0.11中switch_to的完整源码实现 switch_to() （sched.h 第173行） /********************************...首先，将当前父进程的eip和cs放在tss中，说明子进程一会如果执行的话，会从父进程在中断进入内核态时，压入栈中的eip和cs处开始执行 然后eax设置为了0，这一点很重要 因为linux 0.11...然后通过其文件头中定义的信息，就可以找到该文件的入口地址处 然后，通过iret中断返回后，eip会被设置为hello.exe程序的地址，因此子进程就直接去执行该hello程序了 ---- 小结 Linux
error LNK2019: 无法解析的外部符号 “void __cdecl boost::detail::set_tss_data(void const ,void (__cdecl)(void (_...set_tss_data@detail@boost@@YAXPBXP6AXP6AXPAX@Z1@Z21_N@Z)，该符号在函数 “public: __thiscall boost::thread_specific_ptr
等区域以及预测转录因子结合位点，但是怎么用Linux命令处理基因信息文件来得到关注基因的启动子和启动子区结合的TF呢？...awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if($6=="+") {tss=$2; tss_up=tss-1000; tss_dw=tss+200;} else {tss=$3; tss_up=tss...-200; tss_dw=tss+1000;} if(tss_up...GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed 关于awk命令的使用方法，可以参考Linux学习 - 常用和不太常用的实用awk命令一文。...程序不细解释，具体看文后的Linux系列教程。Bedtools使用简介 # cut时注意根据自己的文件选择对应的列 # tr转换大小写。
set_tss_desc(gdt+(nrtss)); set_ldt_desc(gdt+(nr<<1)+FIRST_LDT_ENTRY,&(p...tss中。...代码分析： 将任务n的tss描述赋值给edx寄存器 将edx寄存器的低16位内容，传给临时变量tmp.b 执行长跳转ljmp，ljmp可分为两步： 将寄存器的内容写入当前进程的tss当中去，并且把原...tss的描述符传给临时变量转给tmp.a，即给cpu寄存器拍了个照，留存下来。...还记得fork出p->tss.eax为什么等于0了嘛，此时切换的子进程tss.eax=0，那就意味着swicth_to后，cpu寄存器的eax=0，那么等中断返回后，！fork()条件就变成了真！
本文以linux0.11版本为基础，分析进程的内存布局，现代版本已经发生比较大的变化，都是很多原理都是类似的。.../* * Entry into gdt where to find first TSS. 0-nul, 1-cs, 2-ds, 3-syscall * 4-TSS0, 5-LDT0, 6-TSS1...etc ... */ #define FIRST_TSS_ENTRY 4 #define FIRST_LDT_ENTRY (FIRST_TSS_ENTRY+1) // 第一个tss选择子的偏移是4<<...3，4乘以8，等于32，即从GDT的偏移为32开始算，第一个进程的n是0，tss是32 #define _TSS(n) ((((unsigned long) n)<<4)+(FIRST_TSS_ENTRY...执行进程的时候，根据进程号，算出tss在gdt的索引，然后把索引里指向的tss里的上下文也加载到对应的寄存器，tss信息中的ldt索引首先从gdt找到进程ldt结构体数据的首地址，即desc_struct
三、进程切换 由于i386 CPU 要求软件设置TR 及TSS，Linux 内核只不过“走过场”地设置TR 及TSS，以满足CPU 的要求。...我们知道，新任务的内核栈指针（SS0 和ESP0）应当取自当前任务的TSS，可是，Linux 中并不是每个任务就有一个TSS，而是每个CPU 只有一个TSS。...Intel 原来的意图是让TR 的内容随着任务的切换而走马灯似地换，而在Linux 内核中却成了只更换TSS 中的SS0 和ESP0，而不更换TSS 本身，也就是根本不更换TR 的内容。...这是因为，改变TSS 中SS0 和ESP0 所化的开销比通过装入TR 以更换一个TSS 要小得多。因此，在Linux内核中，TSS 并不是属于某个进程的资源，而是全局性的公共资源。...在多处理机的情况下，尽管内核中确实有多个TSS，但是每个CPU 仍旧只有一个TSS。
p->tss.eax = 0; p->tss.ecx = ecx; p->tss.edx = edx; p->tss.ebx = ebx; p->tss.esp...= esp; p->tss.ebp = ebp; p->tss.esi = esi; p->tss.edi = edi; // 段选择子是16位 p->tss.es...，tss选择子被加载到tss寄存器，然后把tss里的上下文 也加载到对应的寄存器，比如cr3，ldt选择子。...(n)),"c" ((long) task[n])); \ } ljmp tss描述符后，系统会加载第n个进程的tss选择子到ltr（保存tss选择子和首地址偏移信息的寄存器），根据选择子从GDT拿到tss...最后根据tss中的cs和ip执行进程。这就是文章开头的过程。这就是linux0.11版本中进程地址管理的实现。下面是fork后的结构图。 ?
这一篇大致说一下进程的创建，有兴趣的可以参考之前的一些文章或者直接上代码https://github.com/theanarkh/read-linux-0.11。 系统有一个GDT表。...p->tss.eax = 0; p->tss.ecx = ecx; p->tss.edx = edx; p->tss.ebx = ebx; p->tss.esp...= esp; p->tss.ebp = ebp; p->tss.esi = esi; p->tss.edi = edi; // 段选择子是16位 p->tss.es...，tss选择子被加载到tss寄存器，然后把tss里的上下文 也加载到对应的寄存器，比如cr3，ldt选择子。...系统会根据tss选择子到gdt表中找到tss结构体的地址。然后使用tss结构体的内容恢复执行上下文。
网上搜索了一圈，才觉得查看GDT、IDT、TSS这些应该是属于内核调试的。...00000000 IDT: 8003f400 GDT: 8003f000 TSS...NextThread: 00000000 IdleThread: 80553840 DpcQueue: 仔细看一下，会发现里面有显示IDT、GDT、TSS...但是感觉又有点不相信，接着往下看，第一次看的时候没看懂下面的dd是干什么，后来好像有点懂了，这里dd后面加的是8003f000，这不就是GDT后面的值嘛，应该是它的地址了，那既然查看GDT是这样，那查看IDT、TSS...80548e00 8003f460 00080b1c 80548e00 00080e00 80548e00 8003f470 0008150880548e00 00081838 80548e00 查看TSS
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